-
Метагеномско секвенцирање (НГС)
Метагеном се односи на колекцију укупног генетског материјала мешовите заједнице организама, као што је метагеном животне средине, људски метагеном, итд. Садржи геноме микроорганизама који се могу култивисати и који се не могу култивисати.Метагеномско секвенцирање је молекуларни алат који се користи за анализу мешовитих геномских материјала екстрахованих из узорака животне средине, који пружа детаљне информације о разноликости и бројности врста, структури популације, филогенетском односу, функционалним генима и корелационој мрежи са факторима животне средине.
Платформа:Иллумина НоваСек6000
-
Метагеномско секвенцирање-Нанопоре
Метагеномика је молекуларни алат који се користи за анализу мешовитих геномских материјала екстрахованих из узорака животне средине, који пружа детаљне информације о разноликости и бројности врста, структури популације, филогенетском односу, функционалним генима и корелационој мрежи са факторима животне средине, итд. Платформе за секвенцирање нанопора су недавно уведене на метагеномске студије.Његове изванредне перформансе у дужини читања у великој мери су побољшале низводну метагеномску анализу, посебно склапање метагенома.Користећи предности дужине читања, метагеномска студија заснована на Нанопореу је у стању да постигне континуиранији склоп у поређењу са метагеномиком сачмарица.Објављено је да је метагеномика заснована на Нанопоре успешно генерисала комплетне и затворене бактеријске геноме из микробиома (Мосс, ЕЛ, ет. ал,Натуре Биотецх, 2020)
Платформа:Нанопоре ПрометхИОН П48
-
16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-ПацБио
Подјединица на 16С и 18С рРНА која садржи и високо конзервиране и хипер-варијабилне регионе је савршен молекуларни отисак прста за идентификацију прокариотских и еукариотских организама.Користећи предности секвенцирања, ови ампликони могу бити циљани на основу очуваних делова, а хипер-варијабилни региони могу бити у потпуности окарактерисани за идентификацију микроба, доприносећи студијама које покривају анализу микробне разноврсности, таксономију, филогенију, итд. Један молекул у реалном времену (СМРТ ) секвенцирање ПацБио платформе омогућава добијање високо прецизних дугих читања, која могу да покрију ампликоне пуне дужине (око 1,5 Кб).Проширени поглед на генетско поље увелико је побољшао резолуцију у бележењу врста у заједници бактерија или гљива.
Платформа:ПацБио Секуел ИИ
-
16С/18С/ИТС ампликонско секвенцирање-НГС
Секвенцирање ампликона 16С/18С/ИТС има за циљ откривање филогеније, таксономије и обиља врста у микробној заједници истраживањем ПЦР производа кућних генетских маркера који садрже и високо конвертоване и хиперваријабилне делове.Увођење ових савршених молекуларних отисака прстију од стране Воесес ет ал, (1977) омогућава профилисање микробиома без изолације.Секвенцирање 16С (бактерије), 18С (гљиве) и интерног транскрибованог размакнице (ИТС, гљиве) омогућава идентификацију како распрострањених врста, тако и ретких и неидентификованих врста.Ова технологија је постала широко примењено и главно средство у идентификацији диференцијалног микробног састава у различитим срединама, као што су људска уста, црева, измет итд.
Платформа:Иллумина НоваСек6000
-
Поновно секвенцирање целог генома бактерија и гљивица
Поновно секвенцирање целог генома бактерија и гљивица је критично средство за комплетирање генома познатих бактерија и гљивица, као и за упоређивање више генома или мапирање генома нових организама.Од велике је важности да се секвенционирају читави геноми бактерија и гљивица како би се генерисали тачни референтни геноми, да се уради микробна идентификација и друге компаративне студије генома.
Платформа: Иллумина НоваСек 6000
-
Гљивични геном
Биомаркер Тецхнологиес обезбеђује преглед генома, фини геном и пене-комплетан геном гљивица у зависности од специфичног циља истраживања.Секвенцирање генома, склапање и функционално означавање могу се постићи комбиновањем секвенцирања следеће генерације + секвенцирања треће генерације да би се постигло састављање генома на високом нивоу.Хи-Ц технологија се такође може користити за олакшавање склапања генома на нивоу хромозома.
Платформа:ПацБио Секуел ИИ
Нанопоре ПрометхИОН П48
Иллумина НоваСек 6000
-
Комплетан геном бактерија
Биомаркер Тецхнологиес пружа услугу секвенцирања за конструисање комплетног генома бактерија са нултом празнином.Главни ток рада комплетне конструкције генома бактерије укључује секвенцирање треће генерације, склапање, функционалну анотацију и напредну биоинформатичку анализу која испуњава специфичне циљеве истраживања.Свеобухватније профилисање генома бактерија омогућава откривање фундаменталних механизама који леже у основи њихових биолошких процеса, што би такође могло пружити вредну референцу за геномска истраживања виших еукариотских врста
Платформа:Нанопоре ПрометхИОН П48 + Иллумина НоваСек 6000
ПацБио Секуел ИИ
