mRNA-секвенцирање (NGS) – De novo

Секвенцирање мРНК омогућава профилисање свих транскрипата мРНК у ћелијама под специфичним условима и широко је коришћена технологија у различитим истраживачким областима. BMKCloud De novo mRNA-seq цевовод је дизајниран за анализу библиотека секвенцирања обогаћених поли-А када није доступан референтни геном. Цевовод почиње контролом квалитета, након чега следиде новосклапање транскрипта и селекција унигенског скупа. Анализа структуре унигена предвиђа кодирајућу секвенцу (CDS) и једноставна понављања секвенци (SSR). Након тога, анализа диференцијалне експресије проналази диференцијално експримиране гене (DEG) међу тестираним условима, након чега следи функционална анотација и обогаћивање DEG-ова како би се извукли биолошки увиди.