page_head_bg

Вести

ЕВОЛУЦИЈА ГЕНОМЕ

Геном Де ново
Монтажа|Одређивање пола Целокупни радови на секвенцирању и делимичне биоинформатичке услуге су обезбеђени од стране Биомаркер Тецхонологиес.

Апстрактан

Иконични фенотип морских змајева укључује листове налик на додатке, безуба цеваста уста и мушку трудноћу која укључује инкубацију оплођених јаја на отвореном „мјесту легла“.Ми смо де ново секвенционирали мушке и женске геноме обичног морског змаја (Пхиллоптерик таениолатус) и његове блиско сродне врсте, алигаторске рибе (Сингнатхоидес биацулеатус).Профили транскрипције из еволуционе новине, листова сличних додацима, показују да је скуп гена који су типично укључени у развој пераја кооптиран, као и обогаћивање транскрипта за потенцијалну поправку ткива и гене за имунолошку одбрану.Утврђено је да мутанти зебрице за сцпп5, који је изгубљен у свим сингнатидима, немају или имају деформисане фарингеалне зубе, подржавајући хипотезу да је губитак сцпп5 допринео губитку зуба код сингнатида.Идентификован је наводни локус који одређује пол који кодира амхр2и ген специфичан за мушкарце који деле обични морски змај и алигаторска риба. 

Материјали и методе:

Материјали

Fнаш заједнички морски змај (П. таениолатус) и две алигаторске луле (С. биацулеатус) примерци.Два обична морског змаја (један мужјак и једна женка) и две алигаторске рибе (један мушкарац и једна женка) коришћене су за секвенцирање целог генома, а две друге мушке јединке морског змаја коришћене су за поновно секвенцирање генома.

Стратегија секвенцирања генома

2Библиотека 70/350 бп (Хисек 2500) + Пацбио 20Кб (Секуел) или Нанопоре 30 Кб (МинИОН)+ Хи-Ц (НоваСек 6000).секвенционирање, и две друге мушке индивидуе морског змаја коришћене су за поновно секвенцирање генома.

Секвенцирање транскриптома

Fили обични морски змај, мозак, око, шкрге, јетра, срце, бубрег, мезентеријум, црева, мишићи, пераја, кожа, листови налик на додаци, тестис и јајник су сакупљени.

Стратегија састављања генома де ново

Cану (исправка) + ВТДБГ2 (састављање) + Пилон (пољски) + Лацхесис (Хи-Ц).

Главни резултати

Fig.-1.-Key-features-of-the-common-seadragon-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S

Слика 1. Кључне карактеристике обичног морског змаја (П. таениолатус) и алигаторске рибе (С. биацулеатус) и њихове филогенетске позиције.

Fig.-2.-Morphology-and-genetic-makeup-of-the-leaf-like-appendages-in-the-common-seadragon-P

Сл. 2. Морфологија и генетски састав лиснатих додатака код обичног морског змаја (П. таениолатус).

Fig.-3.-Putative-sex-determination-gene-in-the-common-seadragon-P.-taeniolatus-and-the-alligator-pipefish-S.-biaculeatus

Слика 3. Претпостављени ген за одређивање пола код обичног морског змаја (П. таениолатус) и алигаторске рибе (С. биацулеатус).

Fig.-4

Слика 4. Фенотипови фарингеалних зуба код хомозиготних мутаната сцпп5 зебрице.


Време поста: Јан-08-2022

Пошаљите нам своју поруку: