page_head_bg

Производи

Нереферентно секвенционирање мРНК-Иллумина

Секвенцирање мРНК усваја технику секвенцирања следеће генерације (НГС) за хватање гласничке РНК (мРНК) из Еукариота у одређеном периоду када се неке посебне функције активирају.Најдужи транскрипт спојен је назван 'Унигене' и коришћен је као референтна секвенца за накнадну анализу, што је ефикасно средство за проучавање молекуларног механизма и регулаторне мреже врсте без референце.

Након састављања података транскриптома и унигене функционалне напомене

(1) СНП анализа, ССР анализа, ЦДС предвиђање и структура гена ће бити припремљени.

(2) Извршиће се квантификација експресије унигена у сваком узорку.

(3) Диференцијално изражени унигени између узорака (или група) биће откривени на основу унигене експресије

(4) Радиће се груписање, функционална анотација и анализа обогаћивања различито изражених унигена


Детаљи услуге

Биоинформатика

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Карактеристике

ØНезависно од било ког референтног генома,

ØПодаци би се могли користити за анализу структуре и експресије транскрипата

ØИдентификујте променљива места за исечак

Предности услуге

ØИспорука резултата заснована на БМКЦлоуд-у: Резултати се испоручују као датотека са подацима и интерактивни извештај преко БМКЦлоуд платформе, која омогућава једноставно читање сложених излазних анализа и прилагођено рударење података на основу стандардне биоинформатичке анализе.

ØУслуге након продаје: Услуге након продаје важе 3 месеца по завршетку пројекта, укључујући праћење пројекта, решавање проблема, питања и одговоре о резултатима итд.

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

нуклеотиди:

Чистоћа Интегритет Контаминација Износ
ОД260/280≥1,7-2,5; ОД260/230≥0,5-2,5; За биљке: РИН≥6,5;За животиње: РИН≥7;28С/18С≥1.0;ограничена или никаква почетна висина Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу. Цонц.≥30 нг/μл;Запремина ≥ 10 μл;Укупно ≥ 1,5 μг

Ткиво: Тежина (суво): ≥1 г
*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.

Суспензија ћелија: Број ћелија = 3×107
*Препоручујемо да пошаљете замрзнути лизат ћелија.У случају да та ћелија броји мањи од 5×105, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту.

Узорци крви:
ПА×генеБлоодРНАТубе;
6мЛТРИзола и 2мЛ крви (ТРИзол:Крв=3:1)

Препоручена достава узорка

Контејнер:
2 мл епрувета за центрифугу (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3... ...

испорука:
1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.

Ток рада услуге

logo_01

Дизајн експеримента

logo_02

Испорука узорка

logo_03

Екстракција РНК

logo_04

Изградња библиотеке

logo_05

Секвенцирање

logo_06

Анализа података

logo_07

Услуге након продаје


  • Претходна:
  • Следећи:

  • Биоинформатика

    CircRNA-sequencing-analysis-workflow

    1.мРНА(деново) Принцип састављања

    Од стране Тринитија, читања су подељена на мање делове, познате као К-мер.Ови К-мери се затим користе као семе које се проширује у контиге, а затим компоненте на основу преклапања контига.Коначно, Де Бруијн је овде примењен да препозна транскрипте у компонентама.

    mRNA-(De-novo)-Overview-of-Trinity

    мРНА (Де ново) Преглед Тринитија

    2.мРНА (Де ново) Дистрибуција нивоа генске експресије

    РНА-Сек је у стању да постигне веома осетљиву процену експресије гена.Нормално, опсег ФПКМ експресије транскрипта који се може открити креће се од 10^-2 до 10^6

    mRNA-(De-novo)-Distribution-of-FPKM-density-in-each-sample

    мРНА (Де ново) Дистрибуција густине ФПКМ у сваком узорку

    3.мРНА (Де ново) ГО анализа обогаћивања ДЕГ

    ГО (Гене Онтологи) база података је структурирани систем биолошких анотација који садржи стандардни речник функција гена и генских производа.Садржи више нивоа, при чему што је ниво нижи, то су функције специфичније.

    mRNA-(De-novo)-GO-classification-of-DEGs-at-second-level

    мРНА (Де ново) ГО класификација ДЕГ на другом нивоу

    БМК Цасе

    Транскриптомска анализа метаболизма сахарозе током бубрења и развоја луковице у луку (Аллиум цепа Л.)

    Објављено: границе у науци о биљкама2016

    Стратегија секвенцирања

    Иллумина ХиСек2500

    Узимање узорака

    У овој студији је коришћена сорта Утах Иеллов Свеет Спаин „И1351“.Број прикупљених узорака је био
    15. дан након бубрења (ДАС) луковице (пречник 2 цм и тежина 3–4 г), 30. ДАС (пречник 5 цм и тежина 100–110 г), и ~3 на 40. ДАС (пречник 7 цм и 260–300 грама).

    Кључни резултати

    1. у Веновом дијаграму, откривено је укупно 146 ДЕГ у сва три пара развојних фаза
    2. „Транспорт и метаболизам угљених хидрата“ је представљен са само 585 унигена (тј. 7% означеног ЦОГ).
    3. Унигени који су успешно обележени у ГО бази података су класификовани у три главне категорије за три различите фазе развоја сијалице.Најзаступљенији у главној категорији „биолошки процеси“ били су „метаболички процес“, а затим „ћелијски процес“.У главној категорији „молекуларне функције” две категорије су најзаступљеније биле „везивање” и „каталитичка активност”.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Хистограм класификације кластера ортологних група (ЦОГ).

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Хистограм класификације онтологије гена (ГО) за унигене изведене из луковица у три развојне фазе

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Венов дијаграм који приказује гене различито изражене у било које две фазе развоја луковице лука

    Референца

    Зханг Ц, Зханг Х, Зхан З, ет ал.Транскриптомска анализа метаболизма сахарозе током бубрења и развоја луковице у луку (Аллиум цепа Л.)[Ј].Границе у науци о биљкама, 2016, 7:1425-.ДОИ: 10.3389/фплс.2016.01425

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: