Производи

Нереферентно засновано мРНА секвенцирање-Иллумина

Нереферентна слика за секвенцирање мРНА-Иллумина

Секвенцирање мРНК усваја технику секвенцирања следеће генерације (НГС) за хватање гласничке РНК (мРНК) из еукариота у одређеном периоду када се неке посебне функције активирају.Најдужи транскрипт спојен је назван 'Унигене' и коришћен је као референтна секвенца за накнадну анализу, што је ефикасно средство за проучавање молекуларног механизма и регулаторне мреже врсте без референце.

Након састављања података транскриптома и унигене функционалне анотације

(1) ССР анализа, ЦДС предвиђање и структура гена ће бити припремљени.

(2) Извршиће се квантификација експресије унигена у сваком узорку.

(3) Диференцијално изражени унигени између узорака (или група) биће откривени на основу унигене експресије

(4) Радиће се груписање, функционална анотација и анализа обогаћивања различито изражених унигена

Контактирајте нас

Детаљи услуге

Биоинформатика

Демо Ресултс

Истраживање случаја

Карактеристике

● Независно од било ког референтног генома,

● Подаци се могу користити за анализу структуре и израза транскрипата

● Идентификујте променљива места за исечак

Предности услуге

● Испорука резултата заснована на БМКЦлоуд-у: Резултати се испоручују као датотека са подацима и интерактивни извештај преко БМКЦлоуд платформе, која омогућава читање сложених резултата анализе и прилагођено истраживање података на основу стандардне биоинформатичке анализе.

● Услуге након продаје: Услуге након продаје важе 3 месеца по завршетку пројекта, укључујући праћење пројекта, решавање проблема, питања и одговоре о резултатима итд.

Захтеви за узорке и достава

Захтеви за пример:

нуклеотиди:

Конц. (нг/μл)

Количина (μг)

Чистоћа

Интегритет

≥ 20

≥ 0,5

ОД260/280=1,7-2,5

ОД260/230=0,5-2,5

Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу.

За биљке: РИН≥6,5;

За животиње: РИН≥7,0;

5.0≥28С/18С≥1.0;

ограничена или никаква почетна висина

Ткиво: Тежина (суво): ≥1 г
*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.

Суспензија ћелија: Број ћелија = 3×10⁷
*Препоручујемо да пошаљете замрзнути ћелијски лизат.У случају да та ћелија броји мањи од 5×10⁵, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту.

Узорци крви:
ПА×генеБлоодРНАТубе;
6мЛТРИзола и 2мЛ крви (ТРИзол:Крв=3:1)

Препоручена достава узорка

Контејнер:
2 мл епрувета за центрифугу (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3 ... ...

испорука:
1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.

Ток рада услуге

Дизајн експеримента

Испорука узорка

Екстракција РНК

Изградња библиотеке

Секуенцинг

Анализа података

Услуге након продаје

Претходна: Дуго некодирајуће секвенцирање-Иллумина

Следећи: Еукариотска мРНА Секуенцинг-Иллумина

Биоинформатика

1.мРНА(деново) Принцип састављања

До Тринитија, читања су фрагментирана на мање комаде, познате као К-мер.Ови К-мери се затим користе као семе које се проширује у контиге, а затим компоненте на основу преклапања контига.Коначно, Де Бруијн је овде примењен да препозна транскрипте у компонентама.

мРНА-(Де-ново)-Овервиев-оф-Тринити

мРНА (Де ново) Преглед Тринитија

2.мРНА (Де ново) Дистрибуција нивоа генске експресије

РНА-Сек је у стању да постигне високо осетљиву процену експресије гена.Нормално, опсег ФПКМ експресије транскрипта који се може открити креће се од 10^-2 до 10^6

мРНА-(Де-ново)-Дистрибуција-ФПКМ-густине-у-сваком-узорку

мРНА (Де ново) Дистрибуција густине ФПКМ у сваком узорку

3.мРНА (Де ново) ГО анализа обогаћивања ДЕГ

ГО (Гене Онтологи) база података је структурирани систем биолошких анотација који садржи стандардни речник функција гена и генских производа.Садржи више нивоа, при чему што је ниво нижи, то су функције специфичније.

мРНА-(Де-ново)-ГО-класификација-ДЕГ-на-другом нивоу

мРНА (Де ново) ГО класификација ДЕГ на другом нивоу

БМК Цасе

Транскриптомска анализа метаболизма сахарозе током бубрења и развоја луковице у луку (Аллиум цепа Л.)

Објављено: границе у науци о биљкама2016

Стратегија секвенцирања

Иллумина ХиСек2500

Узимање узорака

У овој студији је коришћена сорта Утах Иеллов Свеет Спаин „И1351“.Број прикупљених узорака је био
15. дан након бубрења (ДАС) луковице (пречник 2 цм и тежина 3–4 г), 30. ДАС (пречник 5 цм и тежина 100–110 г), и ~3 на 40. ДАС (пречник 7 цм и 260–300 грама).

Кључни резултати

1. у Веновом дијаграму, откривено је укупно 146 ДЕГ у сва три пара развојних фаза
2. „Транспорт и метаболизам угљених хидрата“ представља само 585 унигена (тј. 7% означеног ЦОГ).
3. Унигени који су успешно обележени у ГО бази података су класификовани у три главне категорије за три различите фазе развоја сијалице.Најзаступљенији у главној категорији „биолошки процеси“ били су „метаболички процес“, а затим „ћелијски процес“.У главној категорији „молекуларне функције” две категорије су најзаступљеније биле „везивање” и „каталитичка активност”.

ПБ-пуна-ленгтх-РНА-Секуенцинг-студи-цасе-студи

Хистограм класификације кластера ортологних група (ЦОГ).

Хистограм класификације онтологије гена (ГО) за унигене изведене из луковица у три развојне фазе

Венов дијаграм који приказује гене различито експримиране у било које две фазе развоја луковице лука

Референца

Зханг Ц, Зханг Х, Зхан З, ет ал.Транскриптомска анализа метаболизма сахарозе током бубрења и развоја луковице у луку (Аллиум цепа Л.)[Ј].Границе у науци о биљкама, 2016, 7:1425-.ДОИ: 10.3389/фплс.2016.01425