BMKCloud Log in
条形баннер-03

Производи

Секвенцирање целог генома биљке/животиње

Поновно секвенцирање целог генома, такође познато као ВГС, омогућава откривање уобичајених и ретких мутација на целом геному, укључујући полиморфизам једног нуклеотида (СНП), брисање уметања (ИнДел), варијацију структуре (СВ) и варијацију броја копија (ЦНВ). ).СВ чине већи део базе варијација од СНП-а и имају већи утицај на геном, што има значајан утицај на живе организме.Поновно секвенцирање дугог читања омогућава прецизнију идентификацију великих фрагмената и компликованих варијација јер дуга читања знатно олакшавају хромозомско укрштање преко компликованих региона као што су тандем понављања, региони богати ГЦ/АТ и хипер-варијабилни региони.

Платформа: Иллумина, ПацБио, Нанопоре


Детаљи услуге

Демо резултат

Феатуред Публицатион

1. Предности услуге

Велико искуство у секвенцирању генома за преко 1000 врста.

Преко 800 објављених случајева са акумулативним фактором утицаја од преко 4000.

Свеобухватна биоинформатичка анализа позивања варијација и анализе функција.

2. Спецификације услуге

Платформа

Библиотека

Препоручена дубина секвенце

Иллумина

ПЕ 150

За СНП, ИнДел позивање ≥ 10к

За СВ, ЦНИ позиве ≥ 30к

 

 

Нанопоре

 

8 кб

За СВ, ЦНИ позивање ≥ 20к

Пацбио

ЦЦС

15 кб

За СНП, ИнДел, СВ, ЦНИ позиве ≥ 10к

3. Захтеви за узорке

Платформа

Конц.(нг/μL)

 

Количина (нг)

 

Чистоћа

 

Агарозни гел

 

ОД260/280

ОД260/230

1. Јасан главни опсег без или ограничендеградација примећена на гелу.

2. Нема или је ограничена контаминација РНК или протеина

 

Иллумина

≥1

≥30

 

-

-

Нанопоре

 

≥30

Зависи од приноса података

10μг/ћелији

1.7-2.2

≥1.5

Пацбио

ЦЦС

≥50

1.7-2.2

1.8-2.5

4. Анализа биоинформација

впс_доц_3

5. Ток рада услуге

достава узорка

Испорука узорка

Пилот експеримент

Екстракција ДНК

Припрема библиотеке

Изградња библиотеке

Секуенцинг

Секуенцинг

Анализа података

Анализа података

数据上传-03

Испорука података


  • Претходна:
  • Следећи:

  • 1) Статистика мапирања генома

    Табела 1 Статистика резултата мапирања

    впс_доц_5

    Слика 1 Дистрибуција величине уметка и покривености читања.

    впс_доц_14 впс_доц_6

     

    2) Детекција варијација

    Слика 2 Статистика и напомена СНП/ИНДЕЛ/СВ међу узорцима

    впс_доц_7 впс_доц_8

     

    Слика 3 Дистрибуција варијација на нивоу генома

    впс_доц_9

    3) Функционално означавање варијација

    впс_доц_10 впс_доц_11 впс_доц_12

     

    2019

    Комуникације у природи

    Поновно секвенцирање цијелог генома открива поријекло Брассица напус и генетске локусе укључене у његово побољшање

    2020

    ПНАС

    Еволуционо порекло и историја припитомљавања златне рибице (Царассиус ауратус)

    2021

    Плант Биотецхнологи Јоурнал

    Референтни геноми две култивисане врсте јуте

    2021

    Плант Биотецхнологи Јоурнал

    Геномски потписи алополиплоида из семена поврћа и уљарица Брассицајунцеа и генетски локуси који контролишу акумулацију глукозинолата

    2019

    Молецулар Плант

    Ресеквенционисање целог генома светске колекције семена уљане репице открива генетску основу њихове дивергенције екотипа

    2022

    Хортицултуре Ресеарцх

    Анализа повезаности на нивоу генома пружа молекуларни увид у природну варијацију величине семена лубенице

    2021

    Часопис за експерименталну ботанику

    Студија асоцијације на читав геном идентификује варијанте ГхСАД1 које даје хладноћу у памуку

    2021

    Часопис за експерименталну ботанику

    Студија асоцијације на нивоу генома и поређење транскриптома откривају нове КТЛ и гене кандидате који контролишу величину латица у семену уљане репице

    добили Цитат

    Напишите своју поруку овде и пошаљите нам је

    Пошаљите нам своју поруку: