-
Секвенцирање РНК са једним језгром
Напредак у хватању једне ћелије и техника изградње индивидуалне библиотеке у комбинацији са секвенционирањем високе пропусности омогућава студије експресије гена на бази ћелије по ћелију.Омогућава дубљу и потпунију системску анализу сложених ћелијских популација, у којој се у великој мери избегава маскирање њихове хетерогености узимајући просек свих ћелија.
Међутим, неке ћелије нису погодне за претварање у једноћелијску суспензију, па су потребне друге методе припреме узорака – екстракција језгра из ткива, односно, језгро се директно екстрахује из ткива или ћелије и припрема у једнонуклеусну суспензију за једноструке ћелије. секвенцирање ћелија.
БМК пружа 10× Геномицс ЦхромиумТМ услугу секвенцирања једноћелијске РНК.Ова услуга се широко користи у студијама о студијама везаним за болести, као што су диференцијација имуних ћелија, хетерогеност тумора, развој ткива итд.
Чип просторног транскриптома: 10× Геномика
Платформа: Иллумина НоваСек платформа
-
Секвенцирање целог генома биљке/животиње
Поновно секвенцирање целог генома, такође познато као ВГС, омогућава откривање уобичајених и ретких мутација на целом геному, укључујући полиморфизам једног нуклеотида (СНП), брисање уметања (ИнДел), варијацију структуре (СВ) и варијацију броја копија (ЦНВ). ).СВ чине већи део базе варијација од СНП-а и имају већи утицај на геном, што има значајан утицај на живе организме.Поновно секвенцирање дугог читања омогућава прецизнију идентификацију великих фрагмената и компликованих варијација јер дуга читања знатно олакшавају хромозомско укрштање преко компликованих региона као што су тандем понављања, региони богати ГЦ/АТ и хипер-варијабилни региони.
Платформа: Иллумина, ПацБио, Нанопоре
-
БМКМАНУ С1000 просторни транскрипт
Просторна транскриптомика стоји на челу научне иновације, оснажујући истраживаче да се удубе у сложене обрасце експресије гена унутар ткива, истовремено чувајући њихов просторни контекст.Усред различитих платформи, БМКГене је развио БМКМану С1000 просторни транскриптомски чип, који се може похвалитипобољшана резолуцијаод 5µМ, достижући субћелијски опсег и омогућавајуподешавања резолуције на више нивоа.Чип С1000, који има приближно 2 милиона тачака, користи микро-отворе са слојевима са перлицама напуњеним просторно баркодираним сондама за хватање.Библиотека цДНК, обогаћена просторним бар кодовима, припремљена је од С1000 чипа и потом секвенцирана на Иллумина НоваСек платформи.Комбинација просторно бар кодованих узорака и УМИ-ја обезбеђује тачност и специфичност генерисаних података.Јединствени атрибут БМКМану С1000 чипа лежи у његовој свестраности, нудећи подешавања резолуције на више нивоа која се могу фино подесити према различитим ткивима и нивоима детаља.Ова прилагодљивост позиционира чип као изванредан избор за различите студије просторне транскриптомике, обезбеђујући прецизно просторно груписање уз минималну буку.
Користећи БМКМану С1000 чип и друге технологије просторне транскриптомике, истраживачи могу боље разумети просторну организацију ћелија и сложене молекуларне интеракције које се дешавају унутар ткива, пружајући непроцењив увид у механизме који леже у основи биолошких процеса у широком спектру области, укључујући онкологију, неуронауку, развојну биологију, имунологију и ботаничке студије.
Платформа: БМКМану С1000 чип и Иллумина НоваСек
-
10к Геномицс Висиум просторни транскрипт
Просторна транскриптомика је најсавременија технологија која омогућава истраживачима да истражују обрасце експресије гена унутар ткива уз очување њиховог просторног контекста.Једна моћна платформа у овом домену је 10к Геномицс Висиум у комбинацији са Иллумина секвенцирањем.Принцип 10Кс Висиум-а лежи на специјализованом чипу са одређеним подручјем за хватање где се постављају делови ткива.Ово подручје снимања садржи тачке са бар кодом, од којих свака одговара јединственој просторној локацији унутар ткива.Ухваћени молекули РНК из ткива се затим обележавају јединственим молекуларним идентификаторима (УМИ) током процеса реверзне транскрипције.Ове тачке са бар кодом и УМИ омогућавају прецизно просторно мапирање и квантификацију експресије гена у резолуцији једне ћелије.Комбинација просторно бар кодованих узорака и УМИ-ја обезбеђује тачност и специфичност генерисаних података.Коришћењем ове технологије просторне транскриптомике, истраживачи могу да стекну дубље разумевање просторне организације ћелија и сложених молекуларних интеракција које се дешавају унутар ткива, нудећи непроцењив увид у механизме који леже у основи биолошких процеса у више области, укључујући онкологију, неуронауку, развојну биологију, имунологију. , и ботаничке студије.
Платформа: 10Кс Геномицс Висиум и Иллумина НоваСек
-
Секвенцирање мРНА пуне дужине-Нанопоре
Док секвенционирање мРНК засновано на НГС служи као свестран алат за квантификацију експресије гена, његово ослањање на кратко читање ограничава његову ефикасност у сложеним транскриптомским анализама.Секвенцирање нанопора, с друге стране, користи технологију дугог читања, омогућавајући секвенцирање мРНА транскрипата пуне дужине.Овај приступ олакшава свеобухватно истраживање алтернативног спајања, фузије гена, полиаденилације и квантификације изоформа мРНА.
Секвенцирање нанопора се ослања на електричне сигнале у реалном времену са једним молекулом нанопора.Вођена моторним протеинима, дволанчана ДНК се везује за протеине нанопора уграђене у биофилм, одмотавајући се док пролази кроз канал нанопора под разликом напона.Карактеристични електрични сигнали генерисани различитим базама на ДНК ланцу се детектују и класификују у реалном времену, олакшавајући прецизно и континуирано секвенцирање нуклеотида.Овај иновативни приступ превазилази ограничења кратког читања и пружа динамичку платформу за сложену геномску анализу, укључујући комплексне транскриптомске студије.
Платформа: Нанопоре Прометхион П48
-
Секвенцирање мРНА пуне дужине -ПацБио
Док је секвенцирање мРНК засновано на НГС-у свестран алат за квантификацију експресије гена, његово ослањање на кратко читање ограничава његову употребу у сложеним транскриптомским анализама.ПацБио секвенцирање (Исо-Сек), с друге стране, користи технологију дугог читања, омогућавајући секвенцирање мРНА транскрипата пуне дужине.Овај приступ олакшава свеобухватно истраживање алтернативног спајања, фузије гена и полиаденилације иако није примарни избор за квантификацију експресије гена, због велике количине потребних података.
ПацБио технологија секвенцирања се ослања на секвенцирање у реалном времену са једним молекулом (СМРТ), пружајући изразиту предност у хватању мРНА транскрипата пуне дужине.Овај иновативни приступ укључује употребу нултог мода таласовода (ЗМВ), микрофабрикованих бунара који омогућавају посматрање активности ДНК полимеразе у реалном времену током секвенцирања.Унутар ових ЗМВ-ова, ПацБио-ова ДНК полимераза синтетише комплементарни ланац ДНК, генеришући дуга читања која обухватају целину транскрипата мРНА.ПацБио рад у режиму кружног консензуса секвенцирања (ЦЦС) побољшава прецизност понављањем секвенцирања истог молекула.Генерисани ХиФи читања имају тачност упоредиву са НГС, што додатно доприноси свеобухватној и поузданој анализи сложених транскриптомских карактеристика.Платформа: ПацБио Секуел ИИ
-
Еукариотска мРНА Секуенцинг-Иллумина
Секвенцирање мРНК омогућава свеобухватно профилисање свих транскрипата мРНК унутар ћелија под специфичним условима.Ова најсавременија технологија служи као моћан алат, откривајући сложене профиле експресије гена, структуре гена и молекуларне механизме повезане са различитим биолошким процесима.Широко прихваћено у фундаменталним истраживањима, клиничкој дијагностици и развоју лекова, секвенцирање мРНА нуди увид у замршеност ћелијске динамике и генетске регулације.
Платформа: Иллумина НоваСек Кс
-
Нереферентно засновано мРНА секвенцирање-Иллумина
Секвенцирање мРНК омогућава свеобухватно профилисање свих транскрипата мРНК унутар ћелија под специфичним условима.Ова најсавременија технологија служи као моћан алат, откривајући сложене профиле експресије гена, структуре гена и молекуларне механизме повезане са различитим биолошким процесима.Широко прихваћено у фундаменталним истраживањима, клиничкој дијагностици и развоју лекова, секвенцирање мРНА нуди увид у замршеност ћелијске динамике и генетске регулације.
Платформа: Иллумина НоваСек Кс
-
Дуго некодирајуће секвенцирање-Иллумина
Дуге некодирајуће РНК (лнцРНА) су РНК дуже од 200 нуклеотида које поседују минимални потенцијал кодирања и кључни су елементи унутар некодирајуће РНК.Пронађене у језгру и цитоплазми, ове РНК играју кључну улогу у епигенетској, транскрипционој и пост-транскрипционој регулацији, наглашавајући њихов значај у обликовању ћелијских и молекуларних процеса.Секвенцирање ЛнцРНА је моћно средство у ћелијској диференцијацији, онтогенези и људским болестима.
Платформа: Иллумина НоваСек
-
Мала РНК секвенцирање-Иллумина
Мали РНК (сРНК) молекули, обично испод 200 нуклеотида у дужини, укључују микроРНК (миРНА), мале интерферирајуће РНК (сиРНА) и РНК које интерагују са пиви (пиРНА).Међу њима, миРНА, дугачке око 20-24 нуклеотида, су посебно вредне пажње због своје кључне регулаторне улоге у различитим ћелијским процесима.Са ткивно-специфичним и специфичним обрасцима експресије, миРНА показују високу конзервацију међу различитим врстама.
Платформа: Иллумина НоваСек
-
секвенцирање цирцРНА-Иллумина
Кружно РНК секвенцирање (цирцРНА-сек) је да профилише и анализира кружне РНК, класу молекула РНК који формирају затворене петље због неканонских догађаја спајања, обезбеђујући овим РНК повећану стабилност.Док се показало да неке циркРНК делују као микроРНК сунђери, секвестрирају микроРНК и спречавају их да регулишу своје циљне мРНК, друге цирцРНК могу да комуницирају са протеинима, модулирају експресију гена или имају улогу у ћелијским процесима.Анализа експресије цирцРНА даје увид у регулаторне улоге ових молекула и њихов значај у различитим ћелијским процесима, развојним фазама и стањима болести, доприносећи дубљем разумевању сложености регулације РНК у контексту експресије гена.
-
Секвенцирање целог транскриптома – Иллумина
Секвенцирање целог транскриптома нуди свеобухватан приступ профилисању различитих РНК молекула, обухватајући и кодирајуће (мРНА) и некодирајуће РНК (лнцРНА, цирцРНА и миРНА).Ова техника обухвата пун транскриптом специфичних ћелија у датом тренутку, омогућавајући холистичко разумевање ћелијских процеса.Такође познат као „укупно секвенцирање РНК“, има за циљ да открије сложене регулаторне мреже на нивоу транскриптома, омогућавајући дубинску анализу као што је конкурентска ендогена РНК (цеРНА) и заједничка анализа РНК.Ово означава почетни корак ка функционалној карактеризацији, посебно у откривању регулаторних мрежа које укључују цеРНА интеракције засноване на цирцРНА-миРНА-мРНА.
