Секвенцирање малих РНК - Илумина
Карактеристике
● Припрема библиотеке за избор величине.
● Биоинформатичка анализа усмерена на предвиђање и циљеве miRNA.
Предности услуге
●Опсежна стручностОбрадили смо преко 300 узорака, који обухватају различите типове узорака. У сваки пројекат доносимо богатство стручности.
●Ригорозна контрола квалитетаПримењујемо основне контролне тачке у свим фазама, од припреме узорака до припреме библиотеке, секвенцирања и биоинформатике. Наше пажљиво праћење осигурава константно добијање висококвалитетних резултата.
●Свеобухватна биоинформатичка анализа:Омогућава идентификацију и познатих и нових miRNA, идентификацију циљева miRNA и одговарајућу функционалну анотацију и обогаћивање са вишеструким базама података (KEGG, GO).
●Постпродајна подршкаРазумемо колико је важно бити присутан, зато се наша посвећеност протеже и након завршетка пројекта, уз тромесечни постпродајни период услуге. Током овог периода, нудимо праћење пројекта, помоћ у решавању проблема и сесије питања и одговора како бисмо одговорили на сва питања у вези са резултатима.
Захтеви за узорке и испорука
| Библиотека | Платформа | Препоручени подаци | Контрола квалитета података |
| Изабрана величина | Илумина SE50 | 10-20 милиона читања | К30≥85% |
Захтеви за узорке:
Нуклеотиди:
| Конц. (нг/μл) | Количина (μг) | Чистоћа | Интегритет |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ограничена или никаква контаминација протеинима или ДНК приказана на гелу. | РИН≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; ограничена или никаква елевација основне основе |
● Биљке:
Корен, стабљика или латица: 450 мг
Лист или семе: 300 мг
Воће: 1,2 г
● Животиња:
Срце или црева: 450 мг
Унутрашњи органи или мозак: 240 мг
Мишић: 600 мг
Кости, коса или кожа: 1,5 г
● Артроподи:
Инсекти: 9 г
Ракови: 450 мг
● Пуна крв2 цеви
● Ћелије: 106 ћелије
● Серум и плазма:6 мл
Препоручена испорука узорка
Посуда: епрувета за центрифугирање од 2 мл (алуминијумска фолија се не препоручује)
Пример обележавања: Група + понављање, нпр. А1, А2, А3; Б1, Б2, Б3.
Пошиљка:
1. Суви лед: Узорке треба спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: РНК узорци се могу сушити у РНК стабилизационој епрувети (нпр. RNAstable®) и транспортовати на собној температури.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Постпродајне услуге
Биоинформатика
● Контрола квалитета сирових података
● Класификација малих РНК
● Анализа експресије miRNA и диференцијалне експресије
● Анотација циљног гена miRNA и диференцијално експресованог циљног гена miRNA
● Анотација циљног гена и обогаћивање функције гена miRNA са диференцијалном експресијом
Идентификација миРНК: структура и дубина
Диференцијална експресија miRNA – хијерархијско груписање
Функционална анотација циља диференцијално експримираних миРНК
Истражите истраживачки напредак који су омогућиле услуге секвенцирања sRNA компаније BMKGene кроз курирану колекцију публикација.
Чен, Х. и др. (2023) „Вирусне инфекције инхибирају биосинтезу сапонина и фотосинтезу код Panax notoginseng“,Физиологија и биохемија биљака, 203, стр. 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Ли, Х. и др. (2023) „Протеин FREE1 који садржи биљни FYVE домен повезује се са компонентама микропроцесора како би потиснуо биогенезу miRNA“.Извештаји ЕМБО-а, 24(1). дои: 10.15252/ЕМБР.202255037/СУППЛ_ФИЛЕ/ЕМБР202255037-СУП-0004-СДАТАФИГ4.ТИФ.
Ју, Ј. и др. (2023) „МикроРНК Ame-Bantam-3p контролише развој ларвних лутака циљањем гена вишеструких домена сличних епидермалном фактору раста 8 (megf8) код медоносне пчеле, Apis mellifera“,Међународни часопис за молекуларне науке, 24(6), стр. 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Жанг, М. и др. (2018) „Интегрисана анализа миРНК и гена повезаних са квалитетом меса открива да Gga-MiR-140-5p утиче на интрамускуларно таложење масти код пилића“,Ћелијска физиологија и биохемија, 46(6), стр. 2421–2433. дои: 10.1159/000489649.
