Секвенцирање амплификованих фрагмената специфичног локуса (SLAF-Seq)
Ток рада
Услуга има одређени претходни дизајн in silico како би се гарантовао оптималан избор ензима приликом припреме библиотеке.
Техничка шема
Карактеристике услуге
● Секвенцирање на NovaSeq-у са PE150.
● Припрема библиотеке са двоструким баркодирањем, омогућавајући обједињавање преко 1000 узорака.
● Независно од референтног генома:
Са референтним геномом: откриће SNP-а и InDel-а
Без референтног генома: груписање узорака и откривање SNP-ова
● Уин силиконуУ фази претходног дизајна, вишеструке комбинације рестрикционих ензима се тестирају како би се пронашле оне које генеришу равномерну дистрибуцију SLAF ознака дуж генома.
● Током претходног експеримента, три комбинације ензима се тестирају у 3 узорка да би се генерисало 9 SLAF библиотека, а ове информације се користе за избор оптималне комбинације рестрикционих ензима за пројекат.
Предности услуге
●Откривање високог генетског маркераИнтегришемо систем двоструких баркодова високог протока који омогућава истовремено секвенцирање великих популација и ефикасност побољшања амплификације специфичне за локус, осигуравајући да бројеви ознака задовољавају различите захтеве различитих истраживачких питања.
● Мала зависност од геномаМоже се применити на врсте са или без референтног генома.
●Флексибилан дизајн шемеЈедноензимска, двоензимска, вишеензимска дигестија и различите врсте ензима могу се одабрати како би се задовољили различити истраживачки циљеви или врсте.
● Висока ефикасност у ензимској дигестијиПровођењеин силиконуПрелиминарни дизајн и прелиминарни експеримент осигуравају оптималан дизајн са равномерном расподелом SLAF ознака на хромозому (1 SLAF ознака/4Kb) и смањеном понављајућом секвенцом (<5%).
●Опсежна стручностУ сваки пројекат доносимо богато искуство, са досадашњим успехом у закључивању преко 5000 SLAF-Seq пројеката на стотинама врста, укључујући биљке, сисаре, птице, инсекте и водене организме.
● Самостално развијен биоинформатички ток радаРазвили смо интегрисани биоинформатички ток рада за SLAF-Seq како бисмо осигурали поузданост и тачност коначног резултата.
Спецификације услуге
| Врста анализе | Препоручена скала популације | Стратегија секвенцирања | |
| Дубина секвенцирања ознака | Број ознаке | ||
| Генетске мапе | 2 родитеља и >150 потомака | Родитељи: 20x WGS Потомство: 10x | Величина генома: <400 Mb: Препоручује се WGS <1 Гб: 100 хиљада ознака 1-2 Гб:: 200 хиљада ознака >2 Гб: 300 хиљада ознака Максимално 500 хиљада ознака |
| Студије асоцијације целог генома (GWAS) | ≥200 узорака | 10 пута | |
| Генетска еволуција | ≥30 узорака, са >10 узорака из сваке подгрупе | 10 пута | |
Захтеви за услугу
Концентрација ≥ 5 нг/µЛ
Укупна количина ≥ 80 нг
Нанокап OD260/280=1,6-2,5
Агарозни гел: без или ограничена разградња или контаминација
Препоручена испорука узорка
Посуда: епрувета за центрифугирање од 2 мл
(За већину узорака, препоручујемо да се не конзервира у етанолу)
Означавање узорака: Узорци морају бити јасно обележени и идентични достављеном обрасцу са информацијама о узорку.
Пошиљка: Суви лед: Узорке прво треба спаковати у вреће и закопати у суви лед.
Ток рада услуге
Узорак контроле квалитета
Пилот експеримент
SLAF-експеримент
Припрема библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Постпродајне услуге
Наша биоинформатичка анализа обухвата:
Контрола квалитета података и скраћивање података ради уклањања N-богатих очитавања, очитавања адаптера или очитавања ниског квалитета.
Друга контрола квалитета чистих очитавања ради провере расподеле база, квалитета секвенце и процене података, али и ради провере ефикасности варења и добијених уметака.
Када се очитавања провере, постоје две опције:
- Мапирање на референтни геном
- Без референтног генома: груписање
Након тога, анализа SLAF ознака се користи за позивање неких варијанти како би се помогло у откривању маркера: SNP, InDel, SNV, CV позивање и анотација.
Дистрибуција SLAF ознака на хромозомима:
Дистрибуција SNP-ова на хромозомима:
SNP анотација
Ђијанг С, Ли С, Луо Ј, Ванг Кс и Ши Ц (2023) QTL мапирање и анализа транскриптома садржаја шећера током сазревања плодаПирус пирифолија.Фронт. Биљне науке.14:1137104. дои: 10.3389/фплс.2023.1137104
Ли, Ј., Жанг, Ј., Ма, Р., Хуанг, В., Хоу, Ј., Фанг, К., и Сун, Л. (2022). Идентификација st1 открива селекцију која укључује „стопирање“ морфологије семена и садржаја уља током доместикације соје.Часопис за биљну биотехнологију, 20(6), 1110–1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Ксу, П., Зханг, Кс., Ванг, Кс.и др.Секвенца генома и генетска разноликост обичног шарана,Ципринус карпио.Нат Женет 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Зхуанг, В., Цхен, Х., Ианг, М.и др.Геном култивисаног кикирикија пружа увид у кариотипове махунарки, полиплоидну еволуцију и припитомљавање усева.Нат Женет 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Година | Дневник | IF | Наслов | Апликације |
| 2022. | Комуникације у природи | 17.694 | Геномска основа гига-хромозома и гига-генома дрвеног божура Паеонија остии | СЛАФ-ГВАС |
| 2015. | Нови фитолог | 7.433 | Трагови припитомљавања учвршћују геномске регионе агрономског значаја у соја | СЛАФ-ГВАС |
| 2022. | Часопис за напредна истраживања | 12.822 | Вештачке интрогресије Gossypium barbadense у G. hirsutum на нивоу целог генома откривају супериорне локусе за истовремено побољшање квалитета и приноса памучних влакана особине | СЛАФ - Еволуциона генетика |
| 2019. | Молекуларна биљка | 10,81 | Анализа популационог генома и Де Ново склапање откривају порекло корова Пиринач као еволутивна игра | СЛАФ - Еволуциона генетика |
| 2019. | Природна генетика | 31.616 | Секвенца генома и генетска разноликост обичног шарана, Cyprinus carpio | Мапа повезивања SLAF-а |
| 2014. | Природна генетика | 25.455 | Геном култивисаног кикирикија пружа увид у кариотипове махунарки, полиплоидне еволуција и припитомљавање усева. | Мапа повезивања SLAF-а |
| 2022. | Часопис за биљну биотехнологију | 9.803 | Идентификација СТ1 открива селекцију која укључује аутостопирање морфологије семена и садржај уља током доместикације соје | Развој SLAF-маркера |
| 2022. | Међународни часопис за молекуларне науке | 6.208 | Идентификација и развој ДНК маркера за пшеницу - Leymus mollis 2Ns (2D) Дисомска хромозомска супституција | Развој SLAF-маркера |
| Година | Дневник | IF | Наслов | Апликације |
| 2023. | Границе у биљној науци | 6.735 | QTL мапирање и транскриптомска анализа садржаја шећера током сазревања плодова Pyrus pyrifolia | Генетска мапа |
| 2022. | Часопис за биљну биотехнологију | 8.154 | Идентификација ST1 открива селекцију која укључује аутостопирање морфологије семена и садржаја уља током припитомљавања соје
| Позив СНП-а |
| 2022. | Границе у биљној науци | 6.623 | Мапирање асоцијација целог генома фенотипова Халес Барли у окружењу суше.
| ГВАС |
