Секвенцирање целог транскриптома – Иллумина
Предности услуге
● Процена свих типова РНК у смислу бројања, експресије и релативне експресије засноване на хромозомима
● Идентификација различито експримираних РНК и одговарајућа експресија
● Анализа коекспресије гена
● цеРНА анализа мреже
● Кључни гени су укључивали анализу пута
● Испорука резултата заснована на БМКЦлоуд-у: Прилагођено рударење података доступно на платформи
● Услуге након продаје важе 3 месеца по завршетку пројекта
Захтеви за узорке и достава
| Библиотека | Платформа | Препоручени подаци | КЦ података |
| Укупна РНК | Иллумина ПЕ150&СЕ50 | Цирц/лнц/мРНА: 16Г;миРНА: 10М читања | К30≥85% |
Захтеви за пример:
нуклеотиди:
| Чистоћа | Интегритет | Контаминација | Износ |
| ОД260/280≥1,7-2,5； ОД260/230≥0,5-2,5； | За биљке: РИН≥6,5;За животиње: РИН≥7;28С/18С≥1.0;ограничена или никаква почетна висина | Ограничена или никаква контаминација протеина или ДНК приказана на гелу. | Цонц.≥100 нг/μл;Запремина ≥ 10 μл;Укупно ≥ 2 μг |
Ткиво: Тежина (суво): ≥1 г
*За ткиво мање од 5 мг, препоручујемо да пошаљете флеш замрзнут (у течном азоту) узорак ткива.
Суспензија ћелија: Број ћелија = 3×107
*Препоручујемо да пошаљете замрзнути ћелијски лизат.У случају да је та ћелија мањи од 5×105, препоручује се брзо замрзавање у течном азоту.
Узорци крви:
ПА×генеБлоодРНАТубе;
6мЛТРИзола и 2мЛ крви (ТРИзол:Крв=3:1)
Препоручена достава узорка
Контејнер:
2 мл епрувета за центрифугу (не препоручује се лимена фолија)
Означавање узорка: Група+репликација нпр. А1, А2, А3;Б1, Б2, Б3 ... ...
испорука:
1. Суви лед: Узорци се морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
2. РНК стабилне епрувете: Узорци РНК се могу осушити у епрувети за стабилизацију РНК (нпр. РНАстабле®) и послати на собној температури.
Ток рада услуге
Дизајн експеримента
Испорука узорка
Екстракција РНК
Изградња библиотеке
Секвенцирање
Анализа података
Услуге након продаје
Биоинформатика
1. Процена релативне експресије на основу свих типова РНК
Цирцос о значају разлика у експресији РНК
2. Интегрисана КЕГГ мрежа путева
Интегрисана КЕГГ мрежа путева
3.цеРНА анализа мреже
Интеракције ДЕ-цирцРНА-миРНА-мРНК засноване на мрежи цеРНА
БМК Цасе
ЦирцРНА експресиони образац и мреже цеРНА и миРНА-мРНА укључене у развој антера у ЦМС линији Брассица цампестрис
Објављено:Међународни часопис за молекуларне науке,2019
НОНММУТ015812-кноцкдовн КП (схРНА-2) ћелије и ћелије негативне контроле (сх-Сцр) су добијене 6. дана специфичне вирусне инфекције.
Кључни резултати
Овом студијом установљена је линија мушке стерилности цитоплазме Полима (ЦМС) “Бцпол97-05А” и фертилна линија “Бцајх97-01Б” у Брассица цампестрис Л. ссп.цхиненсис Макино, син.Б. рапа ссп.цхиненсис, и извршио поређења профилисања РНК експресије између цветних пупољака стерилне линије и плодне линије секвенцирањем целог транскриптома.
1. Укупно је идентификована 31 различито експримирана (ДЕ) цирцРНА, 47 ДЕ миРНА и 4779 ДЕ мРНК.
2. Анализа онтологије гена (ГО) је показала да је већина гена ДЕ била укључена у развој зида полена
3. Анализа КЕГГ пута обогаћивања ДЕ мРНК (укључујући мРНК регулисане навише и наниже у стерилној линији у поређењу са плодном линијом) показала је да „метаболизам скроба и сахарозе“, „биосинтеза фенилпропаноида“ и „интерконверзије пентозе и глукуроната ” су били најбогатији метаболички путеви.
 Анализа КЕГГ пута обогаћивања различито експримираних мРНК |  Онтолошка класификација гена (ГО) за различито експримиране мРНК |  Поглед на троструку мрежу ДЕцирцРНА–ДЕмиРНА–ДЕмРНА |
Референца
Лианг И, Зханг И, Ксу Л, ет ал.ЦирцРНА експресиони образац и мреже цеРНА и миРНА-мРНА укључене у развој антера у ЦМС линији Брассица цампестрис [Ј].Међународни часопис за молекуларне науке, 2019, 20(19):4808-.ДОИ: 10.3390/ијмс20194808
