16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-NGS
Kaunggulan Service
● Isolasi bébas tur gancang idéntifikasi komposisi mikroba dina sampel lingkungan
● resolusi luhur dina komponén low-loba pisan dina sampel lingkungan
● Panganyarna aliran analisa QIIME2 kalawan nganalisa rupa-rupa dina watesan database, annotation, OTU / ASV.
● High-throughput, akurasi luhur
● Lumaku pikeun studi komunitas mikroba beragam
● BMK owns pangalaman éksténsif jeung leuwih 100.000 sampel / taun, ngawengku taneuh, cai, gas, sludge, tai, peujit, kulit, kaldu fermentasi, serangga, tutuwuhan, jsb.
● BMKCloud ngagampangkeun interpretasi data anu ngandung 45 alat analisa pribadi
Spésifikasi Service
| SequencingPlatform | Perpustakaan | Disarankeun ngahasilkeun data | Diperkirakeun waktos péngkolan |
| Platform Illumina NovaSeq | PE250 | 50K / 100K / 300K Tags | 30 poé |
Analisis bioinformatika
● kadali kualitas data atah
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● annotation OTU
● Alfa diversity
● Béta diversity
● Analisis antarkelompok
● analisis Asosiasi ngalawan faktor eksperimen
● Fungsi prediksi gén
Syarat Sampel sareng Pangiriman
Syarat Sampel:
Pikeunékstrak DNA:
| Tipe Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kasucian |
| ékstrak DNA | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260 / 280 = 1,6-2,5 |
Pikeun sampel lingkungan:
| Jenis sampel | Prosedur sampling anu disarankeun |
| Taneuh | Jumlah sampling: approx.5 g;Sésana zat layu kedah dipiceun tina permukaan;Grind potongan badag sarta ngaliwatan 2 mm filter;sampel Aliquot dina EP-tube steril atawa cyrotube pikeun ngumpulkeun. |
| tai | Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung sampel aliquot dina EP-tube steril atawa cryotube pikeun reservasi. |
| eusi peujit | Sampel kedah diolah dina kaayaan aseptik.Ngumbah jaringan dikumpulkeun kalawan PBS;Centrifuge PBS sarta ngumpulkeun precipitant dina EP-tabung. |
| Sludge | Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung aliquot sampel sludge dina steril EP-tube atawa cryotube pikeun reservasi |
| Awak cai | Pikeun sampel kalawan jumlah kawates mikroba, kayaning cai ketok, cai sumur, jsb, Kumpulkeun sahenteuna 1 L cai sarta ngaliwatan 0,22 μm filter pikeun enrich mikroba dina mémbran.Simpen mémbran dina tabung steril. |
| Kulit | Taliti kerok beungeut kulit ku swab katun steril atawa sabeulah bedah jeung nempatkeun eta dina tube steril. |
Disarankeun Pangiriman Sampel
Freeze sampel dina nitrogén cair pikeun 3-4 jam tur nyimpen dina nitrogén cair atawa -80 derajat pikeun reservasi jangka panjang.pengiriman sampel kalawan és garing diperlukeun.
Aliran Gawé Palayanan
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
1.Distribusi Spésiés
2. Peta panas: Spésiés richness clustering
3. Kurva fraksi Langka
4. Analisis NMDS
5. Analisis Lefse
Kasus BMK
Individu obese sareng sareng tanpa Diabetes Tipe 2 nunjukkeun kapasitas fungsional sareng komposisi mikroba usus anu béda
Diterbitkeun:Cell Host & Mikroba, 2019
Strategi urutan:
Lean non-diabetes (n=633);Obese non-diabetes (n=494);Obese-Tipe 2 diabetes (n=153);
Wewengkon sasaran: 16S rDNA V1-V2
Platform: Illumina Miseq (urutan amplicon basis NGS)
Subset tina ekstrak DNA anu subjected kana sequencing metagénomic on Illumina Hiseq
Hasil konci
Profil mikroba panyakit métabolik ieu suksés dibédakeun.
Ku ngabandingkeun fitur mikroba dihasilkeun ku sequencing 16S, obesitas kapanggih pakait sareng parobahan komposisi mikroba, fitur individu, utamana panurunan signifikan dina Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, jsb Sajaba ti éta, T2D kapanggih pakait sareng paningkatan dina Escherichia / shigella. .
Rujukan
Thingholm, LB, et al."Individu Obese sareng sareng tanpa Diabetes Tipe 2 Témbongkeun Kapasitas Fungsi Mikroba Gut Béda sareng Komposisi."Host sél & mikroba26.2 (2019).
