BMKCloud Log in
条形banner-03

Produk

16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Subunit dina rRNA 16S sareng 18S anu ngandung daérah anu sangat konservasi sareng hiper-variabel nyaéta sidik molekul anu sampurna pikeun identifikasi organisme prokariot sareng eukariot.Ngamangpaatkeun sequencing, amplicons ieu bisa sasaran dumasar kana bagian conserved jeung wewengkon hyper-variabel bisa pinuh dicirikeun pikeun idéntifikasi mikroba contributing kana studi ngawengku analisis diversity mikroba, taksonomi, filogeni, jsb molekul tunggal real-time (SMRT). ) sequencing platform PacBio ngamungkinkeun pikeun ménta bacaan panjang akurat pisan, nu bisa nutupan amplicons full-panjangna (approx. 1,5 Kb).Panempoan anu lega ngeunaan widang genetika ningkatkeun résolusi dina anotasi spésiés dina komunitas baktéri atanapi jamur.

Platform:PacBio Sequel II


Rincian Service

Hasil demo

Studi Kasus

Kaunggulan Service

1

● Long-maca nembongkeun runtuyan full-panjangna 16S / 18S / ITS

● Kacida akurat basa nelepon jeung PacBio CCS mode sequencing

● Resolusi tingkat spésiés dina anotasi OTU/ASV

● Panganyarna aliran analisa QIIME2 kalawan nganalisa rupa-rupa dina watesan database, annotation, OTU / ASV.

● Lumaku pikeun studi komunitas mikroba beragam

● BMK owns pangalaman éksténsif jeung leuwih 100.000 sampel / taun, ngawengku taneuh, cai, gas, sludge, tai, peujit, kulit, kaldu fermentasi, serangga, tutuwuhan, jsb.

● BMKCloud ngagampangkeun interpretasi data anu ngandung 45 alat analisa pribadi

Spésifikasi Service

SequencingPlatform

Perpustakaan

data dianjurkeun

Waktos Turnaround

PacBio Sequel II

SMRT-bel

5K / 10K / 20K Tag

44 poé gawé

Analisis bioinformatika

● kadali kualitas data atah

● OTU clustering/De-noise(ASV)

● annotation OTU

● Alfa diversity

● Béta diversity

● Analisis antarkelompok

● analisis Asosiasi ngalawan faktor eksperimen

● Fungsi prediksi gén

16sPacbio

Syarat Sampel sareng Pangiriman

Syarat Sampel:

Pikeunékstrak DNA:

Tipe Sampel

Jumlah

Konsentrasi

Kasucian

ékstrak DNA

> 1 ug

> 20 ng/μl

OD260 / 280 = 1,6-2,5

Pikeun sampel lingkungan:

Jenis sampel

Prosedur sampling anu disarankeun

Taneuh

Jumlah sampling: approx.5 g;Sésana zat layu kedah dipiceun tina permukaan;Grind potongan badag sarta ngaliwatan 2 mm filter;sampel Aliquot dina EP-tube steril atawa cyrotube pikeun ngumpulkeun.

tai

Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung sampel aliquot dina EP-tube steril atawa cryotube pikeun reservasi.

eusi peujit

Sampel kedah diolah dina kaayaan aseptik.Ngumbah jaringan dikumpulkeun kalawan PBS;Centrifuge PBS sarta ngumpulkeun precipitant dina EP-tabung.

Sludge

Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung aliquot sampel sludge dina steril EP-tube atawa cryotube pikeun reservasi

Awak cai

Pikeun sampel kalawan jumlah kawates mikroba, kayaning cai ketok, cai sumur, jsb, Kumpulkeun sahenteuna 1 L cai sarta ngaliwatan 0,22 μm filter pikeun enrich mikroba dina mémbran.Simpen mémbran dina tabung steril.

Kulit

Taliti kerok beungeut kulit ku swab katun steril atawa sabeulah bedah jeung nempatkeun eta dina tube steril.

Disarankeun Pangiriman Sampel

Freeze sampel dina nitrogén cair pikeun 3-4 jam tur nyimpen dina nitrogén cair atawa -80 derajat pikeun reservasi jangka panjang.pengiriman sampel kalawan és garing diperlukeun.

Aliran Gawé Palayanan

pangiriman sampel

pangiriman sampel

Persiapan Perpustakaan

Pangwangunan perpustakaan

Sequencing

Sequencing

Analisis data

Analisis data

Jasa saatos jual

jasa saatos-diobral


  • saméméhna:
  • Teras:

  • 1.Laju annotation of V3 + V4 (Illumina) -Profil komunitas mikroba basis vs Full-panjangna (PacBio) basis Profiling.
    (Data 30 proyék anu dipilih sacara acak diterapkeun pikeun statistik)

    3

    Laju 2.Annotation of full-panjangna amplicon sequencing di spésiés-tingkat dina tipe sampel béda

    4

    3. Distribusi spésimén

    5
    4. Tangkal filogenetik

    6

    Kasus BMK

    Paparan arsén nyababkeun karusakan halangan peujit sareng akibatna aktivasina sumbu usus-ati ngarah kana peradangan sareng pyroptosis ati dina bebek.

    Diterbitkeun:Élmu ngeunaan Total Lingkungan,2021

    Strategi urutan:

    Sampel: Kontrol vs 8 mg / kg ATO grup kakeunaan
    Sequencing data ngahasilkeun: 102.583 runtuyan CCS atah total
    Kontrol: 54.518 ± 747 CCS éféktif
    kakeunaan ATO: 45.050 ± 1675 CCS éféktif

    Hasil konci

    Keragaman alfa:Paparan ATO sacara signifikan ngarobih kabeungharan mikroba peujit sareng karagaman dina bebek.

    Analisis metastats:
    Dina tingkat filum: 2 filum baktéri ngan dideteksi dina grup kontrol
    Dina tingkat genus: 6 genera kapanggih béda signifikan dina kaayaanana relatif
    Dina tingkat spésiés: 36 spésiés diidentifikasi sacara total, kalayan 6 di antarana béda sacara signifikan dina kaayaan rélaviving.

    Rujukan

    Thingholm, LB, et al."Individu Obese sareng sareng tanpa Diabetes Tipe 2 Témbongkeun Kapasitas Fungsi Mikroba Gut Béda sareng Komposisi."Host sél & mikroba26.2 (2019).

    meunang cutatan

    Tulis pesen anjeun di dieu sareng kirimkeun ka kami

    Kirim pesen anjeun ka kami: