Génomics komparatif
Kaunggulan Service
● pakét analisis komprehensif, ngandung dalapan analisis paling ilahar diperlukeun
● reliabiliti High dina analisis jeung interpretasi lengkep jeung gampang kaharti dina hasil
● well-dirancang siap-to-medarkeun inohong
● Tim bioinformatika anu terampil pisan minuhan tungtutan analisa pribadi anu rupa-rupa
● waktos péngkolan-sabudeureun pondok kalawan akurasi luhur dina analisis
● pangalaman loba pisan jeung leuwih 90 kasus suksés jeung akumulatif diterbitkeun faktor dampak leuwih 900
Spésifikasi Service
| Diperkirakeun waktos péngkolan | Jumlah spésiés | Nganalisis |
| 30 poé gawé | 6 - 12 | Klaster kulawarga Gene ékspansi kulawarga Gene jeung kontraksi Pangwangunan tangkal filogenetik Estimasi waktos divergence (Kalibrasi fosil diperyogikeun) Waktu sisipan LTR (Pikeun pepelakan) Duplikasi genom sakabeh (Pikeun tutuwuhan) Tekanan selektif Analisis sintétik |
Analisis bioinformatika
● kulawarga Gene
● Phylogenetics
● waktos divergence
● tekanan selektif
● Analisis Syntény
Syarat Sampel sareng Pangiriman
Syarat Sampel:
Tisu atawa DNA pikeun sequencing génom sarta assembly
Pikeun Tissue
| Jenis | Tisu | Survey | PacBio CCS |
| sasatoan | Jaringan viseral | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5g |
| Jaringan otot | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5,0 ml | |||
| Getih mamalia | |||
| ≥ 0,5 ml | |||
| Darah Unggas/Lauk | |||
| Tutuwuhan | Daun Seger | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Petal / Batang | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Akar/Biji | 1 ~ 2g | ≥ 20,0g | |
| Sél | Sél anu dibudayakeun | - | ≥ 1 x 108 |
Data
File runtuyan génom(.fasta) jeung file annotation (.gff3) spésiés nu raket patalina
Aliran Gawé Palayanan
Desain ékspérimén
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
*Hasil demo anu dipidangkeun di dieu sadayana tina génom anu diterbitkeun ku Biomarker Technologies
1.Estimasi waktu sisipan LTR: inohong ditémbongkeun sebaran bimodal unik dina LTR-RTs kali sisipan di Weining Rye génom, dibandingkeun spésiés séjén.Puncak panganyarna mucunghul sabudeureun 0,5 juta taun ka tukang.
Li Guang et al.,Genetika Alam, 2021
2. Analisis filogeni sareng kulawarga gen dina labu siam (Sechium edule): Ku cara nganalisa labu siam sareng 13 spésiés anu aya hubunganana dina kulawarga gen, Labu Siam kapanggih paling raket hubunganana sareng labu oray (Trichosanthes anguina).Chayote diturunkeun tina labu oray dina sakitar 27-45 Mya sareng duplikasi genom sadayana (WGD) dititénan dina labu siam dina 25±4 Mya, anu mangrupikeun acara WGD katilu dina cucuibitaceae.
Fu A et al.,Panalungtikan Hortikultura, 2021
3. Analisis Synteny: Sababaraha gén nu patali jeung phytohormones dina ngembangkeun buah kapanggih dina chayote, gourd oray jeung squash.Korélasi antara labu siam sareng squash rada luhur tibatan antara labu siam sareng labu oray.
Fu A et al.,Panalungtikan Hortikultura, 2021
Analisis kulawarga 4.Gene: Pengayaan KEGG on ékspansi kulawarga gén jeung kontraksi dina G.thurberi na G.davidsonii génom ditémbongkeun yén biosintésis stéroid jeung gén patali biosintésis brassinosteroid dimekarkeun.
Yang Z et al.,BMC Biologi, 2021
Analisis duplikasi génom 5.Whole: 4DTV jeung analisis distribusi Ks ditémbongkeun sakabeh acara duplikasi génom.Puncak tina intraspésiés ditémbongkeun acara duplikasi.Puncak interspésiés ditémbongkeun acara speciation.Analisis nunjukkeun yén ngabandingkeun jeung tilu spésiés séjén nu patali raket, O. europaea ngaliwatan duplikasi gén skala badag leuwih anyar.
Rao G et al.,Panalungtikan Hortikultura, 2021
Kasus BMK
Mawar tanpa prickle: wawasan génomik numbu ka adaptasi Uap
Diterbitkeun: Review Élmu Nasional, 2021
Strategi urutan:
'Basye urangTeu aya duri' (R.Wichurainan) génom:
Kira-kira.93 X PacBio + kira-kira.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Hasil konci
1. Génom R.wichuraiana kualitas luhur diwangun ngagunakeun téhnik sequencing lila-dibaca, nu ngahasilkeun hiji assembly of 530.07 Mb (Estimasi ukuran génom éta kira 525.9 Mb ku aliran cytometry jeung 525.5 ku survey génom; Hétérozigosity éta sabudeureun 1.03%).BUSCO diperkirakeun skor éta 93,9%.Ngabandingkeun sareng "Old Blush" (haploOB), kualitas sareng kasampurnaan génom ieu dikonfirmasi ku akurasi basa tunggal sareng indéks rakitan LTR (LAI = 20.03).Génom R.wichuraiana ngandung 32.674 gén pengkodean protéin.
2.Multi-omics analisis gabungan, diwangun ku génomics komparatif, transcriptomics, analisis QTL populasi genetik, wangsit nu speciation krusial antara R. wichuraiana na Rosa chinensis.Ogé, variasi éksprési gén anu aya hubunganana dina QTL kamungkinan aya hubunganana sareng pola prickle batang.
Anasis génomics komparatif antara Basye;s Thornless sareng Rosa chinensis kalebet analisis synteni, klaster kulawarga gen, ékspansi sareng analisis kontraksi, ngungkabkeun sajumlah ageung variasi, anu aya hubunganana sareng sipat penting dina mawar.Ekspansi unik dina kulawarga gén NAC sareng FAR1 / FRS kamungkinan pisan aya hubunganana sareng résistansi kana titik hideung.
Analisis génomics komparatif antara génom BT na haploOB.
Zhong, M., jeung sajabana."Rose tanpa prickle: wawasan génomik numbu ka adaptasi Uap"Review Élmu Nasional, 2021;, nwab092.
