Lebet BMKCloud

Produk

Sekuensing mRNA lengkep -PacBio

Sekuensing mRNA lengkep - Gambar Unggulan PacBio

Sanaos sekuensing mRNA berbasis NGS mangrupikeun alat anu serbaguna pikeun ngitung éksprési gén, gumantungna kana bacaan pondok ngawatesan panggunaanana dina analisis transkriptomik anu rumit. Di sisi anu sanés, sekuensing PacBio (Iso-Seq) nganggo téknologi bacaan panjang, anu ngamungkinkeun sekuensing transkrip mRNA panjang pinuh. Pendekatan ieu ngagampangkeun éksplorasi komprehensif ngeunaan splicing alternatif, fusi gén, sareng poli-adenilasi. Nanging, aya pilihan sanés pikeun kuantifikasi éksprési gén kusabab jumlah data anu diperyogikeun. Téknologi sekuensing PacBio ngandelkeun sekuensing molekul tunggal, waktos nyata (SMRT), nyayogikeun kaunggulan anu béda dina néwak transkrip mRNA panjang pinuh. Pendekatan inovatif ieu ngalibatkeun ngagunakeun pandu gelombang mode nol (ZMW) sareng sumur mikrofabrikasi anu ngamungkinkeun observasi waktos nyata tina aktivitas polimérase DNA salami sekuensing. Dina ZMW ieu, polimérase DNA PacBio nyintésis untaian DNA anu saling ngalengkepan, ngahasilkeun bacaan panjang anu ngawengku sakabéh transkrip mRNA. Operasi PacBio dina mode sekuensing Konsensus Sirkular (CCS) ningkatkeun akurasi ku cara ngurut molekul anu sami sacara berulang. Bacaan HiFi anu dihasilkeun gaduh akurasi anu sami sareng NGS, anu langkung nyumbang kana analisis anu komprehensif sareng tiasa dipercaya ngeunaan fitur transkriptomik anu rumit.

Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio

Taros Kami

Rincian Layanan

Bioinformatika

Hasil Démo

Publikasi Unggulan

Fitur

● sintésis cDNA tina mRNA poli-A dituturkeun ku persiapan pustaka

● Ngaruntuykeun dina modeu CCS, ngahasilkeun bacaan HiFi

● Urutan transkrip lengkep

● Analisis ieu henteu meryogikeun génom rujukan; kumaha ogé, éta tiasa dianggo

● Analisis bioinformatika ngamungkinkeun analisis isoform transkrip lncRNA, fusi gén, poli-adenilasi, sareng struktur gén

Kauntungan Layanan

●Akurasi LuhurHiFi maca kalayan akurasi >99.9% (Q30), sami sareng NGS

● Analisis Sambungan Alternatif: sekuensing sadaya transkrip ngamungkinkeun idéntifikasi sareng karakterisasi isoform

●Kaahlian anu legaKalayan rekam jejak ngalengkepan langkung ti 1100 proyék transkriptom PacBio lengkep sareng ngolah langkung ti 2300 sampel, tim kami mawa seueur pangalaman ka unggal proyék.

●Dukungan Pasca-PenjualanKomitmen kami ngaleuwihan réngséna proyék kalayan periode layanan purna jual 3 bulan. Salila waktos ieu, kami nawiskeun tindak lanjut proyék, bantosan ngungkulan masalah, sareng sesi tanya jawab pikeun ngawaler patarosan anu aya hubunganana sareng hasilna.

Sarat jeung Pangiriman Conto

Perpustakaan

Strategi sekuensing

Data anu disarankeun

Kontrol Kualitas

Perpustakaan CCS mRNA anu diperkaya ku PolyA

Sekuel PacBio II

PacBio Revio

20/40 GB

5/10 M CCS

Q30≥85%

Sarat Conto:

Nukléotida:

● Tutuwuhan:

Akar, Batang atanapi Kelopak: 450 mg

Daun atawa Sikina: 300 mg

Buah: 1,2 g

● Sasatoan:

Jantung atawa Peujit: 300 mg

Jeroan atawa Otak: 240 mg

Otot: 450 mg

Tulang, Rambut atanapi Kulit: 1 g

● Arthropoda:

Serangga: 6g

Krustasea: 300 mg

● Getih lengkep1 tabung

● Sél: 10⁶sél

Konsentrasi (ng/μl)

Jumlah (μg)

Kamurnian

Integritas

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Kontaminasi protéin atanapi DNA kawates atanapi teu aya pisan anu katingali dina gél.

Pikeun pepelakan: RIN≥7.5;

Pikeun sasatoan: RIN≥8.0;

5.0≥ 28S/18S≥1.0;

élévasi dasar anu terbatas atanapi henteu aya

Pangiriman Sampel anu Disarankeun

Wadah: Tabung centrifuge 2 ml (Foil timah teu disarankeun)

Conto panyiri: Grupkeun+réplikasi contona A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Pangiriman:

1. És garing: Sampel kedah dipak dina kantong teras dikubur dina és garing.

2. Tabung RNAstabil: Sampel RNA tiasa dikeringkeun dina tabung stabilisasi RNA (contona RNAstable®) sareng dikirim dina suhu kamar.

Aliran Padamelan Layanan

Desain ékspérimén

Pangiriman conto

Ékstraksi RNA

Pangwangunan perpustakaan

Urutan

Analisis data

Layanan saatos penjualan

Saméméhna: Sequencing mRNA eukariotik-NGS

Teras: Sekuensing mRNA Panjang Pinuh-Nanopore

Ngawengku analisis ieu:

● Kontrol kualitas data atah

● Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

● Analisis transkrip fusi

● Analisis Sambungan Alternatif

● Analisis Tolok Ukur Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)

● Analisis transkrip anyar: prediksi runtuyan kode (CDS) sareng anotasi fungsional

● analisis lncRNA: prediksi lncRNA sareng target

● Idéntifikasi MikroSatelit (SSR)

Analisis BUSCO

Analisis Penyambungan Alternatif

Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

Anotasi fungsional transkrip novel

Telusuri kamajuan anu difasilitasi ku layanan sekuensing mRNA panjang Nanopore BMKGene dina publikasi unggulan ieu.

Ma, Y. et al. (2023) 'Analisis komparatif metode sekuensing RNA PacBio sareng ONT pikeun idéntifikasi racun Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Chao, Q. et al. (2019) 'Dinamika perkembangan transkriptom batang Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.

Deng, H. et al. (2022) 'Parobahan Dinamis dina Kandungan Asam Askorbat salami Kamekaran Buah sareng Pamatangan Actinidia latifolia (Pepelakan Buah anu Beunghar Askorbat) sareng Mékanisme Molekuler anu Pakait', Jurnal Internasional Élmu Molekuler, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.

Hua, X. et al. (2022) 'Prediksi efektif gén jalur biosintésis anu kalibet dina polifilin bioaktif dina Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.

Liu, M. et al. (2023) 'Analisis Gabungan PacBio Iso-Seq sareng Illumina RNA-Seq tina Transkriptom Tuta absoluta (Meyrick) sareng Gén Sitokrom P450', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.

Wang, Lijun et al. (2019) 'Survei ngeunaan kompleksitas transkriptom nganggo analisis real-time molekul tunggal PacBio digabungkeun sareng sekuensing RNA Illumina pikeun pamahaman anu langkung saé ngeunaan biosintésis asam risinoleat dina Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.