Lebet BMKCloud

Produk

Sekuensing mRNA Panjang Pinuh-Nanopore

Sanaos sekuensing mRNA berbasis NGS mangrupikeun alat anu serbaguna pikeun ngitung éksprési gén, gumantungna kana bacaan pondok ngawatesan éféktivitasna dina analisis transkriptomik anu rumit. Di sisi anu sanés, sekuensing nanopore nganggo téknologi bacaan panjang, anu ngamungkinkeun sekuensing transkrip mRNA panjang pinuh. Pendekatan ieu ngagampangkeun éksplorasi komprehensif ngeunaan splicing alternatif, fusi gén, poli-adenilasi, sareng kuantifikasi isoform mRNA.

Sekuensing nanopore, hiji metode anu ngandelkeun sinyal listrik nanopore molekul tunggal sacara real-time, nyadiakeun hasil sacara real-time. Dipandu ku protéin motor, DNA untaian ganda ngabeungkeut protéin nanopore anu dipasang dina biofilm, ngaleupaskeun nalika ngaliwat saluran nanopore dina bédana tegangan. Sinyal listrik anu khas anu dihasilkeun ku basa anu béda dina untaian DNA dideteksi sareng diklasifikasikeun sacara real-time, ngagampangkeun sekuensing nukléotida anu akurat sareng kontinyu. Pendekatan inovatif ieu ngungkulan watesan bacaan pondok sareng nyayogikeun platform dinamis pikeun analisis génomik anu rumit, kalebet studi transkriptomik anu rumit, kalayan hasil anu langsung.

Platform: Nanopore PromethION 48

Taros Kami

Rincian Layanan

Bioinformatika

Hasil Démo

Publikasi Unggulan

Fitur

● Nangkep mRNA poli-A dituturkeun ku sintésis cDNA sareng persiapan pustaka

● Urutan transkrip lengkep

● Analisis bioinformatika dumasar kana panyelarasan kana génom rujukan

● Analisis bioinformatika henteu ngan ukur ngawengku éksprési dina tingkat gén sareng isoform tapi ogé analisis lncRNA, fusi gén, poli-adenilasi sareng struktur gén

Kauntungan Layanan

●Kuantifikasi éksprési dina tingkat isoform: ngamungkinkeun analisis éksprési anu lengkep sareng akurat, ngungkabkeun parobahan anu tiasa disumputkeun nalika nganalisis sakabéh éksprési gén

●Ngurangan Paménta Data:Dibandingkeun sareng Next-Generation Sequencing (NGS), sekuensing Nanopore nunjukkeun sarat data anu langkung handap, anu ngamungkinkeun tingkat saturasi kuantifikasi éksprési gén anu sami sareng data anu langkung alit.

●Akurasi kuantifikasi éksprési anu langkung luhur: boh dina tingkat gén sareng isoform

●Idéntifikasi informasi transkriptomik tambahanpoliadenilasi alternatif, gén fusi sareng lcnRNA sareng gén targetna

●Kaahlian anu legaTim kami mawa seueur pangalaman ka unggal proyék, parantos ngalengkepan langkung ti 850 proyék transkriptom Nanopore lengkep sareng ngolah langkung ti 8.000 sampel.

●Dukungan Pasca-PenjualanKomitmen kami ngaleuwihan réngséna proyék kalayan periode layanan purna jual 3 bulan. Salila waktos ieu, kami nawiskeun tindak lanjut proyék, bantosan ngungkulan masalah, sareng sesi tanya jawab pikeun ngawaler patarosan anu aya hubunganana sareng hasilna.

Sarat jeung Pangiriman Conto

Perpustakaan	Strategi sekuensing	Data anu disarankeun	Kontrol Kualitas
Diperkaya Poli A	Nanopore PromethION 48	6/12 Gb	Skor kualitas rata-rata: Q10

Sarat Conto:

Nukléotida:

Konsentrasi (ng/μl)

Jumlah (μg)

Kamurnian

Integritas

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Kontaminasi protéin atanapi DNA kawates atanapi teu aya pisan anu katingali dina gél.

Pikeun pepelakan: RIN≥7.0;

Pikeun sasatoan: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

élévasi dasar anu terbatas atanapi henteu aya

● Tutuwuhan:

Akar, Batang atanapi Kelopak: 450 mg

Daun atawa Sikina: 300 mg

Buah: 1,2 g

● Sasatoan:

Jantung atawa Peujit: 300 mg

Jeroan atawa Otak: 240 mg

Otot: 450 mg

Tulang, Rambut atanapi Kulit: 1 g

● Arthropoda:

Serangga: 6g

Krustasea: 300 mg

● Getih lengkep1 tabung

● Sél: 10⁶sél

Pangiriman Sampel anu Disarankeun

Wadahna: tabung centrifuge 2 ml (Foil timah teu disarankeun)

Conto panyiri: Grupkeun+réplikasi contona A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Pangiriman:

1. És garing: Sampel kedah dipak dina kantong teras dikubur dina és garing.

2. Tabung RNAstabil: Sampel RNA tiasa dikeringkeun dina tabung stabilisasi RNA (contona RNAstable®) sareng dikirim dina suhu kamar.

Aliran Padamelan Layanan

Nukléotida:

Pangiriman conto

Pangwangunan perpustakaan

Urutan

Analisis data

Layanan saatos penjualan

Aliran Padamelan Layanan

Jaringan:

Desain ékspérimén

Pangiriman conto

Ékstraksi RNA

Pangwangunan perpustakaan

Urutan

Analisis data

Layanan saatos penjualan

Saméméhna: Sekuensing mRNA lengkep -PacBio

Teras: 10x Genomics Visium Spasial Transkriptom

● Ngolah data atah

● Idéntifikasi transkrip

● Sambungan alternatif

● Kuantifikasi éksprési dina tingkat gén sareng tingkat isoform

● Analisis éksprési diferensial

● Anotasi sareng pangayaan fungsi (DEG sareng DET)

Analisis splicing alternatif Analisis Poliadenilasi Alternatif (APA)

Prediksi lncRNA

Anotasi gén anyar

Klasterisasi DET

Jaringan Protéin-Protéin dina DEG

Jajagi kamajuan anu difasilitasi ku layanan sekuensing mRNA panjang Nanopore BMKGene ngalangkungan koleksi publikasi anu dikuratori.

Gong, B. et al. (2023) 'Aktivasi épigenetik sareng transkripsi tina kinase sekretori FAM20C salaku onkogen dina glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

He, Z. et al. (2023) 'Sekuensing transkriptom lengkep limfosit ngaréspon kana IFN-γ ngungkabkeun réspon imun anu condong ka Th1 dina flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

Ma, Y. et al. (2023) 'Analisis komparatif metode sekuensing RNA PacBio sareng ONT pikeun idéntifikasi racun Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

Yu, D. et al. (2023) 'Analisis nano-seq ngungkabkeun kacenderungan fungsional anu béda antara éksosom sareng mikrovesikel anu diturunkeun tina hUMSC', Panalungtikan sareng Terapi Sél Induk, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.