Produk

Hi-C dumasar Génom Majelis

Hi-C nyaéta métode anu dirancang pikeun nangkep konfigurasi kromosom ku cara ngagabungkeun probing interaksi dumasar-deukeut jeung sequencing throughput tinggi.Inténsitas interaksi ieu dipercaya aya hubunganana négatip sareng jarak fisik dina kromosom.Ku alatan éta, data Hi-C bisa pituduh clustering, susunan jeung orienting runtuyan dirakit dina draf génom sarta anchoring maranéhanana kana sababaraha kromosom.Téknologi ieu nguatkeun rakitan génom tingkat kromosom dina henteuna peta genetik dumasar populasi.Unggal génom tunggal peryogi Hi-C.

Platform: Platform Illumina NovaSeq / DNBSEQ

Taros Kami

Rincian Service

Hasil demo

Studi Kasus

Keunggulan Service

Tinjauan Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Élmu, 2009)

● Teu perlu dina ngawangun populasi genetik pikeun contig anchoring;
● dénsitas spidol luhur ngarah kana rasio anchoring contigs luhur di luhur 90%;
● Aktipkeun evaluasi sarta koréksi on rakitan génom aya;
● waktos péngkolan-sabudeureun pondok kalawan akurasi luhur di assembly génom;
● pangalaman loba pisan jeung leuwih 1000 perpustakaan Hi-C diwangun pikeun leuwih 500 spésiés;
● Leuwih 100 kasus suksés jeung akumulatif diterbitkeun faktor dampak leuwih 760;
● Hi-C dumasar assembly génom keur polyploid génom, 100% laju anchoring kahontal dina proyék saméméhna;
● In-house patén-patén jeung hak cipta software pikeun percobaan Hi-C jeung analisis data;
● Timer dimekarkeun visualized software tuning data, nyandak blok manual pindah, reversing, revoking na redoing.

Spésifikasi Service

Jenis Perpustakaan

Platform

Panjang Baca

Nyarankeun Stratégi

Hi-C

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 100X

Analisis bioinformatika

● kadali kualitas data atah

● Hi-C kontrol kualitas perpustakaan

● Hi-C dumasar génom assembly

● evaluasi Post-assembly

Syarat Sampel sareng Pangiriman

Syarat Sampel:

sasatoan	Jamur	Tatangkalan
jaringan beku: 1-2g per perpustakaan Sél: 1x 10^7 sél per perpustakaan	jaringan beku: 1g per perpustakaan	jaringan beku: 1-2g per perpustakaan
*Kami nyarankeun pisan ngirimkeun sahenteuna 2 aliquots (masing-masing 1 g) pikeun percobaan Hi-C.

Disarankeun Pangiriman Sampel

Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)
Kanggo sabagéan ageung conto, kami nyarankeun henteu ngawétkeun étanol.
Labeling Sampel: Sampel kedah dilabélan sacara jelas sareng idéntik sareng formulir inpormasi sampel anu dikintunkeun.
Kiriman: Garing-és: Sampel kedah dibungkus heula dina kantong sareng dikubur dina és garing.

Aliran Gawé Palayanan

Desain ékspérimén

pangiriman sampel

ékstraksi DNA

Pangwangunan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

jasa saatos-diobral

saméméhna: Tutuwuhan / Sato De Novo Génom Sequencing

Teras: Genetika évolusionér

*Hasil demo anu dipidangkeun di dieu sadayana tina génom anu diterbitkeun ku Biomarker Technologies

1.Hi-C peta panas interaksi tinaCamptotheca acuminatagénom.Sapertos anu dipidangkeun dina peta, inténsitas interaksi pakait négatip sareng jarak linier, anu nunjukkeun susunan tingkat kromosom anu akurat pisan.(Bandingan Anchoring: 96,03%)

3Hi-C-interaction-heatmap-showing-contigs-anchoring-in-génome-assembly

Kang M et al.,Komunikasi Alam, 2021

2.Hi-C facilitated validasi inversions antaraGossypium hirsutumL. TM-1 A06 jeungG. arboreumChr06

4Hi-C-heatmap-ngagampangkeun-ngungkabkeun-inversions-antara-génom

Yang Z et al.,Komunikasi Alam, 2019

3.Assembly jeung diferensiasi biallelic tina génom singkong SC205.Peta panas Hi-C nunjukkeun pamisah anu jelas dina kromosom homolog.

5Hi-C-heatmap-némbongkeun-homolog-kromosom

Hu W et al.,Tutuwuhan Molekul, 2021

4.Hi-C heatmap dina dua spésiés Ficus assembly génom:F. mikrokarpa(rasio anchoring: 99,3%) jeungF.hispida (rasio jangkar: 99,7%)
6Hi-C-heatmap-némbongkeun-contig-anchoring-of-Ficus-génoms

Zhang X et al.,Sél, 2020

Kasus BMK

Génom Tangkal Banyan sareng Nyiruan Pollinator Nyadiakeun Wawasan Ka Koevolusi Tawon-Anjir

Diterbitkeun: Sél, 2020

Strategi urutan:

F. mikrokarpa génom: Approx.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

F. hispidagénom: Approx.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

Eupristina verticillatagénom: Approx.170 X PacBio RSII (65 Gb)

Hasil konci

1.Dua génom tangkal banyan jeung hiji génom tawon pollinator diwangun ngagunakeun PacBio sequencing, Hi-C jeung peta linkage.
(1)F. mikrokarpagénom: Hiji assembly of 426 Mb (97,7% tina estimasi ukuran génom) didirikan kalawan contig N50 908 Kb, BUSCO skor 95,6%.Jumlahna aya 423 Mb sekuen ditambatkeun ka 13 kromosom ku Hi-C.Anotasi génom ngahasilkeun 29.416 gén protéin-coding.
(2)F. Hispidagénom: Hiji rakitan 360 Mb (97,3% tina estimasi ukuran génom) ieu ngahasilkeun kalawan contig N50 492 Kb jeung skor BUSCO 97,4%.Jumlahna aya runtuyan 359 Mb anu anchored on 14 kromosom ku Hi-C sarta pohara idéntik jeung peta linkage dénsitas luhur.
(3)Eupristina verticillatagénom: Hiji assembly of 387 Mb (Diperkirakeun ukuran génom: 382 Mb) diadegkeun kalawan contig N50 3,1 Mb jeung skor BUSCO 97,7%.

2.Analisis génomics komparatif nembongkeun jumlah badag variasi struktur antara duaFicusgénom, nu nyadiakeun sumberdaya genetik invaluable pikeun studi évolusi adaptif.Ulikan ieu, pikeun kahiji kalina, masihan wawasan ngeunaan coevolution Gbr-wasp dina tingkat génomik.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Circos diagram on fitur génomik duaFicusgénom, kaasup kromosom, duplikasi ségméntal (SDs), transposon (LTR, TEs, DNA TEs), éksprési gén jeung synteny.