Long non-coding sequencing-Illumina
Kaunggulan Service
● Service Kauntungannana
● Sélular jeung jaringan husus
● Tahap spésifik expresses na presents robah ekspresi dinamis
● pola tepat waktu jeung spasi éksprési
● Analisis gabungan sareng data mRNA.
● pangiriman hasil basis BMKCloud: ngaropéa data-pertambangan sadia on platform.
● jasa saatos-diobral valid pikeun 3 bulan sanggeus proyék parantosan
Syarat Sampel sareng Pangiriman
| Perpustakaan | Platform | data dianjurkeun | Data QC |
| réduksi rRNA | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kasucian | Integritas |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Kawates atanapi henteu aya kontaminasi protéin atanapi DNA anu dipidangkeun dina gél. | Pikeun tutuwuhan: RIN≥6.5; Pikeun sato: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; kawates atawa euweuh élévasi dasar |
Nukléotida:
Tisu: Beurat (garing): ≥1 g
*Pikeun jaringan anu langkung alit ti 5 mg, kami nyarankeun ngirim sampel jaringan flash beku (dina nitrogén cair).
Suspénsi sél: Jumlah sél = 3 × 107
* Kami nyarankeun pikeun ngirim lysate sél beku.Upami sél éta cacah langkung alit ti 5×105, flash beku dina nitrogén cair disarankeun.
Sampel getih:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol sareng 2mL getih (TRIzol:Getih=3:1)
Disarankeun Pangiriman Sampel
Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)
Sampel panyiri: Grup + ulangan misalna A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Pangiriman:
1.Dry-és: Sampel kudu dipak dina kantong jeung dikubur di garing-és.
2.RNA tabung stabil: sampel RNA bisa garing dina tube stabilisasi RNA (misalna RNAstable®) jeung shipped dina suhu kamar.
Aliran Gawé Palayanan
Desain ékspérimén
pangiriman sampel
ékstraksi RNA
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
Bioinformatika
1. Klasifikasi LncRNA
LncRNA anu diprediksi ku opat software di luhur digolongkeun kana 4 kategori: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;rasa-LncRNA.Klasifikasi LncRNA dipidangkeun dina histogram di handap ieu.
Klasifikasi LncRNA
2.Cis-sasaran gén analisis pengayaan DE-lncRNA
ClusterProfiler dianggo dina analisis pengayaan GO dina gén cis-target tina lncRNA (DE-lncRNA), dina hal prosés biologis, fungsi molekular sareng komponén sélulér.Analisis pengayaan GO mangrupikeun prosés pikeun ngaidentipikasi istilah GO anu diarahkeun DEG sacara signifikan dibandingkeun sareng sadayana génom.Istilah enriched dibere dina histogram, bagan gelembung, jsb sakumaha ditémbongkeun di handap ieu.
Gén Cis-sasaran analisis pengayaan DE-lncRNA - Bagan gelembung
3. Ku ngabandingkeun panjang, jumlah exon, ORF jeung jumlah éksprési mRNA na lncRNA, urang bisa ngarti béda dina struktur, runtuyan jeung saterusna antara aranjeunna, sarta ogé pariksa naha novel lncRNA diprediksi ku urang conforms kana ciri umum.
Kasus BMK
Profil éksprési lncRNA deregulasi dina adenokarsinoma paru-paru beurit kalayan mutasi KRAS-G12D sareng knockout P53
Diterbitkeun:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Stratégi sequencing
Illumina
kempelan sampel
Sél NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) sareng sél kontrol négatip (sh-Scr) dicandak dina dinten 6 tina inféksi virus khusus.
Hasil konci
Ulikan ieu nalungtik lncRNAs anu aberrantly dikedalkeun dina adenocarcinoma paru beurit kalayan knockout P53 sareng mutasi KrasG12D.
1.6424 lncRNAs dikedalkeun sacara béda (≥ parobahan 2-melu, P <0.05).
2. Di antara sakabeh 210 lncRNAs(FC≥8), 11 lncRNAs éksprési diatur ku P53, 33 lncRNAs ku KRAS jeung 13 lncRNAs ku hypoxia dina sél KP primér, masing-masing.
3.NONMMUT015812, nu ieu estu up-diatur dina adenocarcinoma lung mouse na diatur négatip ku P53 ulang éksprési, ieu kauninga pikeun nganalisis fungsi sélular na.
4.Knockdown of NONMMUT015812 ku shRNAs turun proliferasi sarta migrasi abilities sél KP.NONMMUT015812 éta poténsi onkogén.
 Analisis jalur KEGG tina gén anu dibédakeun dina sél KP NONMMUT015812-knockdown |  Analisis Gene Ontology tina gén anu dikedalkeun sacara béda dina sél KP NONMMUT015812-knockdown |
Rujukan
Profil éksprési lncRNA deregulasi dina adenokarsinoma paru-paru beurit kalayan mutasi KRAS-G12D sareng knockout P53 [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
