Évolusi génom
Génom De novo
Majelis|Tekad kelamin Sakabeh karya urutan jeung jasa bioinformatic parsial disadiakeun ku Biomarker Techonologies.
Abstrak
“Fenotipe iconic tina seadragons ngawengku appendages daun-kawas, sungut tubular ompong, sarta kakandungan lalaki ngalibetkeun inkubasi endog dibuahan dina hiji "brood patch" kabuka.Urang de novo-sequenced génom jalu jeung bikang tina seadragon umum (Phyllopteryx taeniolatus) jeung spésiés nu raket patalina, alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Propil transkripsi tina novelty évolusionér, appendages kawas daun, némbongkeun yén susunan gén ilaharna kalibet dina ngembangkeun sirip geus co-opted ogé hiji pengayaan skrip tran pikeun perbaikan jaringan poténsial jeung gén pertahanan imun.Mutan zebrafish pikeun scpp5, nu leungit dina sakabéh syngnathids, kapanggih kakurangan atawa geus cacad huntu pharyngeal, ngarojong hipotesa yén leungitna scpp5 geus nyumbang kana leungitna huntu di syngnathids.Lokus penentu kelamin putative anu ngodekeun gén amhr2y khusus jalu anu dibagi ku seadragon umum sareng pipa buaya diidentifikasi. ”
Bahan sareng métodeu:
Bahan
Fnaga laut umum urang (P. taeniolatus) jeung dua buaya pipefish (S. biaculeatus) spésimén.Dua seadragon umum (hiji jalu jeung hiji bikang) jeung dua buaya pipefish (hiji jalu jeung hiji bikang) individu dipaké pikeun sakabeh génom sequencing, sarta dua individu seadragon umum jalu lianna dipaké pikeun resequencing génom.
strategi Génom Sequencing
270/350 perpustakaan bp (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) atanapi Nanopore 30 Kb (MinION) + Hi-C (NovaSeq 6000) .sequencing, sareng dua individu seadragon umum jalu lianna dipaké pikeun resequencing génom.
Urutan Transkriptom
Fatawa seadragon umum, otak, panon, gill, ati, jantung, ginjal, mesenterium, peujit, otot, fin, kulit, appendages daun-kawas, téstis, jeung ovarium dikumpulkeun.
strategi assembly Genome de novo
Canu (Koreksi) + WTDBG2 (Majelis) + Pilon (Polandia) + Lachesis (Hi-C).
Hasil Utama
Gbr. 1. Fitur konci tina seadragon umum (P. taeniolatus) jeung pipefish buaya (S. biaculeatus) jeung posisi filogenetik maranéhna.
Gbr. 2. Morfologi jeung susunan genetik tina appendages daun-kawas dina seadragon umum (P. taeniolatus).
Gbr. 3. Gén determinasi kelamin Putative dina seadragon umum (P. taeniolatus) jeung pipefish buaya (S. biaculeatus).
Gbr. 4. Pharyngeal phenotypes huntu di zebrafish scpp5 mutan homozygous.
waktos pos: Jan-08-2022