Tutuwuhan / Sasatoan sakabeh Génom Sequencing

Urutan ulang génom sakabeh, ogé katelah WGS, ngamungkinkeun pikeun nembongkeun mutasi umum jeung langka dina sakabéh génom kaasup Single Nucleotide Polymorphism (SNP), Insertion Deletion (InDel), Structure Variation (SV), jeung Copy Number Variation (CNV). ).SV ngabentuk bagian gedé tina basa variasi ti SNPs sarta boga dampak gede dina génom, nu boga pangaruh signifikan dina organisme hirup.Resequencing lila-dibaca ngamungkinkeun pikeun idéntifikasi leuwih tepat fragmen badag sarta variasi pajeulit sabab maca panjang ngajadikeun leuwih gampang kromosom nyebrang ngaliwatan wewengkon pajeulit kayaning ulang tandem, GC / AT-euyeub wewengkon, sarta wewengkon hyper-variabel.

Platform: Illumina, PacBio, Nanopore

Taros Kami

Rincian Service

Hasil demo

Publikasi Diulas

1.Kaunggulan Service

Pangalaman éksténsif dina urutan génom pikeun leuwih ti 1000 spésiés.

Langkung ti 800 kasus anu diterbitkeun kalayan faktor dampak akumulatif langkung ti 4000.

Analisis bioinformatics komprehensif ngeunaan nelepon variasi sareng analisis fungsi.

2. Spésifikasi Service

Platform		Perpustakaan	Disarankeun seq jero
Illumina		PE 150	Pikeun SNP, InDel nelepon ≥ 10x Pikeun SV, CNY nelepon ≥ 30x
Nanoporé		8 kb	Pikeun SV, CNY nelepon ≥ 20x
Pacbio	CCS	15 kb	Pikeun SNP, InDel, SV, CNY nelepon ≥ 10x

3. Sarat Sampel

Platform		Conc.(ng/μL)	Jumlah (ng)	Kasucian		gél agarose
				OD260/280	OD260/230	1. Jelas band utama kalawan euweuh atawa kawatesdegradasi dititénan dina gél. 2. Taya atawa kawates RNA atawa kontaminasi protéin
Illumina		≥1	≥30	-	-
Nanoporé		≥30	Gumantung kana hasil data 10 μg/sel	1.7-2.2	≥1.5
Pacbio	CCS	≥50		1.7-2.2	1.8-2.5

4. Analisis Bioinformation

5. Aliran Gawé Palayanan

pangiriman sampel

ékstraksi DNA

Pangwangunan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

Pangiriman data

saméméhna: Transkriptom Spasial BMKMANU S1000

Teras: Sequencing RNA inti tunggal

1) Statistik Pemetaan Génom

Tabél 1 Statistik hasil pemetaan

angka 1 Distribusi ukuran sisipan jeung maca sinyalna.

2) Deteksi Variasi

angka 2 Statistik jeung annotation of SNP / INDEL / SV diantara Sampel

Gambar 3 Sebaran génom-lega vatiations

3) Anotasi fungsional variasi

2019	Komunikasi alam	Resequencing sakabeh génom nembongkeun asal Brassica napus jeung loci genetik aub dina perbaikan na
2020	PNAS	Asal muasal évolusionér sareng sajarah doméstikasi lauk mas (Carassius auratus)
2021	Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan	Génom rujukan tina dua spésiés jute dibudidayakan
2021	Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan	Tanda tangan génomik sayuran sareng siki minyak allopolyploid Brassicajuncea sareng lokus genetik anu ngatur akumulasi glukosinolat
2019	Tutuwuhan Molekul	Resequencing sakabeh génom tina kumpulan aksési rapeseed sakuliah dunya nembongkeun dasar genetik divergénsi ecotype maranéhanana.
2022	Panalungtikan Hortikultura	Analisis asosiasi génom-lega nyadiakeun wawasan molekular kana variasi alami ukuran siki samangka
2021	Journal of Ékspérimén Botani	Ulikan pakaitna génom-lega nangtukeun varian GhSAD1 conferring kasabaran tiis dina katun
2021	Journal of Ékspérimén Botani	Studi asosiasi genom-lega sareng perbandingan transkriptom ngungkabkeun novél QTL sareng gén calon anu ngatur ukuran kelopak dina rapeseed.