-
Interaksi Kromatin dumasar Hi-C
Hi-C nyaéta hiji métode anu dirancang pikeun nangkep konfigurasi génomik ku cara ngagabungkeun interaksi anu dumasar kana jarak sareng sekuensing throughput anu luhur. Métode ieu dumasar kana crosslinking kromatin sareng formaldehida, dituturkeun ku pencernaan sareng re-ligasi ku cara anu ngan ukur fragmen anu dihijikeun sacara kovalén anu bakal ngabentuk produk ligasi. Ku cara ngurutkeun produk ligasi ieu, dimungkinkeun pikeun nalungtik organisasi 3D génom. Hi-C ngamungkinkeun nalungtik distribusi bagian génom anu dipak enteng (kompartemen A, eukromatin) sareng langkung condong aktip sacara transkripsi, sareng daérah anu langkung pageuh dipak (kompartemen B, Heterokromatin). Hi-C ogé tiasa dianggo pikeun nangtukeun Domain Anu Terkait Topologis (TAD), daérah génom anu gaduh struktur anu dilipet sareng kamungkinan gaduh pola éksprési anu sami, sareng pikeun ngaidentipikasi puteran kromatin, daérah DNA anu dihijikeun ku protéin sareng anu sering diperkaya ku unsur pangaturan. Layanan sekuensing Hi-C BMKGene ngamungkinkeun para panaliti pikeun ngajalajah diménsi spasial génomik, muka jalan anyar pikeun ngartos pangaturan génom sareng implikasina dina kaséhatan sareng panyakit.
-
Sekuensing Imunoprésipitasi Kromatin (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) nyaéta téknik anu ngamangpaatkeun antibodi pikeun sacara selektif ngabeungharan protéin anu ngiket DNA sareng target génomik anu saluyu. Integrasina sareng NGS ngamungkinkeun profiling target DNA anu aya hubunganana sareng modifikasi histon, faktor transkripsi, sareng protéin anu ngiket DNA anu sanés dina sakumna génom. Pendekatan dinamis ieu ngamungkinkeun babandingan situs ngiket dina rupa-rupa jinis sél, jaringan, atanapi kaayaan. Aplikasi ChIP-Seq mimitian ti nalungtik régulasi transkripsi sareng jalur perkembangan dugi ka ngajelaskeun mékanisme panyakit, jantenkeun éta alat anu teu tiasa dipisahkeun pikeun ngartos bentang régulasi génomik sareng ningkatkeun wawasan terapi.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Sekuensing bisulfit génom lengkep (WGBS)
Téhnik ieu, dumasar kana perlakuan bisulfit DNA pikeun ngainduksi konvérsi sitosin anu teu termetilasi jadi urasil (C ka U), bari ngantepkeun sitosin anu termetilasi teu robah, nangtung salaku metodologi standar emas pikeun éksplorasi metilasi DNA anu jero, khususna posisi kalima dina sitosin (5-mC), régulator penting éksprési gén sareng aktivitas sélular.
Téhnik ieu nawiskeun résolusi basa tunggal, anu ngamungkinkeun para panalungtik pikeun nalungtik sacara komprehensif métilom sareng ngungkabkeun pola métilasi anu teu normal dina sampel. Ku ngagunakeun WGBS, para ilmuwan tiasa kéngingkeun wawasan anu teu aya tandinganna kana bentang métilasi sakumna génom, nyayogikeun pamahaman anu lengkep ngeunaan mékanisme épigenetik anu mendasari rupa-rupa prosés biologis sareng panyakit.
-
Uji pikeun Kromatin anu Bisa Diaksés Transposase kalayan Sekuensing Throughput Tinggi (ATAC-seq)
ATAC-seq nyaéta téknik sekuensing throughput tinggi anu dianggo pikeun analisis aksésibilitas kromatin sakumna génom. Panggunaanana nyayogikeun pamahaman anu langkung jero ngeunaan mékanisme kompléks kontrol épigenetik global kana éksprési gén. Métode ieu nganggo transposase Tn5 hiperaktif pikeun sacara simultan ngabagi sareng nandaan daérah kromatin kabuka ku cara nyelapkeun adaptor sekuensing. Amplifikasi PCR salajengna ngahasilkeun perpustakaan sekuensing, anu ngamungkinkeun pikeun idéntifikasi komprehensif daérah kromatin kabuka dina kaayaan rohangan-waktos anu khusus. ATAC-seq nyayogikeun pandangan holistik ngeunaan bentang kromatin anu tiasa diaksés, teu sapertos metode anu ngan ukur fokus kana situs pangiket faktor transkripsi atanapi daérah anu dimodifikasi histon khusus. Ku cara ngurutkeun daérah kromatin kabuka ieu, ATAC-seq ngungkabkeun daérah anu langkung condong kana sekuen pangaturan aktif sareng situs pangiket faktor transkripsi poténsial, nawiskeun wawasan anu berharga kana modulasi dinamis éksprési gén di sakumna génom.
-
Sekuensing Bisulfit Representasi Dikirangan (RRBS)
Sekuensing bisulfit répréséntasi anu dikirangan (RRBS) ngandelkeun kana pangayaan daérah anu beunghar pulo CpG ku cara beulah MspI dituturkeun ku pilihan ukuran fragmen 200-500/600 bps. Hasilna, ngan ukur daérah anu proksimal ka pulo CpG anu diurutkeun, sedengkeun anu gaduh pulo CpG anu jauh dikaluarkeun tina analisis. Prosés ieu, digabungkeun sareng sekuensing bisulfit, ngamungkinkeun deteksi métilasi DNA résolusi luhur, sareng pendekatan sekuensing, PE150, museur khusus kana tungtung sisipan tinimbang tengahna, ningkatkeun efisiensi profil métilasi.
Téhnik ieu parantos muncul salaku alternatif anu hemat biaya sareng efisien pikeun Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) dina panalungtikan metilasi DNA. Sanaos WGBS nyayogikeun wawasan anu komprehensif ku cara nalungtik sakumna génom dina résolusi basa tunggal, biaya anu luhur tiasa janten faktor anu ngawatesan, anu sacara strategis dikurangi ku RRBS ku cara nganalisis sacara selektif bagian anu ngawakilan génom. Metodologi ieu mangrupikeun alat anu teu ternilai anu ngamungkinkeun panalungtikan metilasi DNA anu hemat biaya sareng ningkatkeun pangaweruh ngeunaan mékanisme épigenetik.
