Urutan RNA prokariot

Sequencing RNA prokariot ngagunakeun next generation sequencing (NGS) pikeun nembongkeun ayana jeung kuantitas RNA dina momen nu tangtu, ku cara nganalisis parobahan transkriptom sélular.Sequencing RNA prokariot perusahaan kami, khususna ditujukeun pikeun prokariot sareng génom rujukan, nyayogikeun profil transkriptom, analisis struktur gen, sareng sajabana.

Platform: Platform Illumina NovaSeq

Taros Kami

Rincian Service

Spésifikasi Service

Platform: platform Illumina NovaSeq, PE150

Jenis perpustakaan: 350bp nyelapkeun perpustakaan cDNA (gumantung kana distribusi puncak)

Strategi sequencing: Dipasangkeun-Tungtung 150 bp

Nyarankeun jumlah data: 2 Gb data atah / sampel

Bioinformatika

(1) Sequencing kontrol kualitas data: sebaran nukléotida, sebaran kualitas Base, assessment ratio rRNA;

(2) Analisis alignment runtuyan: Statistik hasil alignment, jenuh runtuyan, Cakupan runtuyan;

(3) Rujukan annotation génom (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Analisis éksprési: Distribusi éksprési (Kalayan dua atawa leuwih sampel), Analisis éksprési antara sampel (Analisis Venn, analisis Korelasi, analisis PCA);

(5) Analisis éksprési diferensial (Kalayan dua atawa leuwih sampel);

(6) Analisis susunan gén: analisis Venn, analisis Klaster, Analisis annotation Fungsi (COG, GO, KEGG), Analisis pengayaan Fungsi (GO, KEGG), grafik chordal pengayaan Fungsi, analisis Ipath;

(7) analisis sRNA: prediksi sRNA, annotation sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), sRNA prediksi struktur sekundér, sRNA target gén prediksi;

(8) Analisis struktur Transkrip: Analisis Operan, Transkripsi ngamimitian jeung tungtung prediksi situs, UTR annotation jeung analisis, Promotor runtuyan prediksi, SNP / analisis InDel (SNP / InDel annotation, SNP / InDel sebaran régional, statistik SNP).