Sekuensing Fragmen anu Diamplifikasi Lokus Spésifik (SLAF-Seq)
Alur kerja
Layanan ieu ngagaduhan sababaraha desain sateuacanna in silico pikeun ngajamin pilihan énzim anu optimal dina persiapan perpustakaan.
Skema Téknis
Fitur Layanan
● Ngaruntuykeun runtuyan dina NovaSeq nganggo PE150.
● Persiapan perpustakaan nganggo barcoding ganda, ngamungkinkeun pangumpulan langkung ti 1000 sampel.
● Henteu gumantung kana génom rujukan:
Kalayan génom rujukan: kapanggihna SNP sareng InDel
Tanpa génom rujukan: klaster sampel sareng panemuan SNP
● Dinain-silicoKombinasi énzim réstriksi sababaraha tahap pra-desain disaring pikeun mendakan anu ngahasilkeun distribusi tag SLAF anu seragam sapanjang génom.
● Salila pra-ékspérimén, tilu kombinasi énzim diuji dina 3 sampel pikeun ngahasilkeun 9 pustaka SLAF, sareng inpormasi ieu dianggo pikeun milih kombinasi énzim réstriksi anu optimal pikeun proyék éta.
Kauntungan Layanan
●Kapanggihna Marker Genetik LuhurKami ngahijikeun sistem barkod ganda throughput tinggi anu ngamungkinkeun sekuensing simultan populasi ageung, sareng amplifikasi spésifik lokus ningkatkeun efisiensi, mastikeun yén nomer tag nyumponan rupa-rupa sarat tina rupa-rupa patarosan panalungtikan.
● Gumantungna Leutik kana GénomIeu tiasa diterapkeun kana spésiés anu gaduh atanapi tanpa génom rujukan.
●Desain Skema FleksibelPencernaan énzim tunggal, énzim ganda, énzim multi-énzim, sareng rupa-rupa jinis énzim sadayana tiasa dipilih pikeun nyumponan tujuan panalungtikan atanapi spésiés anu béda.
● Efisiensi Luhur dina Pencernaan Énzimatik: Konduksi hijiin-silicopra-desain sareng pra-ékspérimén mastikeun desain anu optimal kalayan distribusi tag SLAF anu rata dina kromosom (1 tag SLAF / 4Kb) sareng runtuyan anu diulang-ulang anu dikirangan (<5%).
●Kaahlian anu legaKami mawa seueur pangalaman kana unggal proyék, kalayan rékor jejak nutup langkung ti 5000 proyék SLAF-Seq dina ratusan spésiés, kalebet pepelakan, mamalia, manuk, serangga, sareng organisme akuatik.
● Alur Kerja Bioinformatika anu dikembangkeun soranganKami ngembangkeun alur kerja bioinformatika terpadu pikeun SLAF-Seq pikeun mastikeun reliabilitas sareng akurasi kaluaran ahir.
Spésifikasi Layanan
| Jenis analisis | Skala populasi anu disarankeun | Strategi sekuensing | |
| Jero sekuensing tag | Nomer tag | ||
| Peta Genetik | 2 kolot sareng >150 turunan | Kolot: 20x WGS Dileupaskeun: 10x | Ukuran génom: <400 Mb: WGS disarankeun <1Gb: 100K tag 1-2Gb:: 200K tag >2Gb: 300K tag Tag maksimal 500k |
| Studi Asosiasi Sakumna Génom (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Évolusi Génétik | ≥30 sampel, kalayan >10 sampel ti unggal subgrup | 10x | |
Sarat Layanan
Konsentrasi ≥ 5 ng/µL
Jumlah total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel agarose: teu aya atanapi degradasi atanapi kontaminasi terbatas
Pangiriman Sampel anu Disarankeun
Wadahna: tabung centrifuge 2 ml
(Pikeun kaseueuran sampel, disarankeun ulah diawetkeun dina étanol)
Labél conto: Sampel kedah dilabélan kalayan jelas sareng sami sareng formulir inpormasi conto anu dikintunkeun.
Pangiriman: És garing: Sampel kedah dipak dina kantong heula teras dikubur dina és garing.
Alur Kerja Layanan
QC conto
Ékspérimén pilot
Ékspérimén SLAF
Persiapan Perpustakaan
Urutan
Analisis Data
Layanan Purna Jual
Analisis bioinformatika kami ngawengku:
QC data sareng pangkas data pikeun miceun bacaan anu beunghar N, bacaan adaptor, atanapi bacaan kualitas handap.
Kontrol kualitas kadua tina bacaan bersih pikeun mariksa distribusi basa, kualitas runtuyan sareng penilaian data, tapi ogé pikeun mariksa efisiensi pencernaan sareng sisipan anu diala.
Sakali bacaan parantos dipariksa, aya dua pilihan:
- Pemetaan kana génom rujukan
- Tanpa génom rujukan: klasterisasi
Saatos éta, analisis tag SLAF dianggo pikeun ngalakukeun sababaraha variant calling pikeun ngabantosan panemuan marker: SNP, InDel, SNV, CV calling sareng anotasi.
Distribusi tag SLAF dina kromosom:
Distribusi SNP dina kromosom:
Anotasi SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X sareng Shi C (2023) Pemetaan QTL sareng analisis transkriptom eusi gula salami pematangan buahPyrus pyrifolia.Hareup. Élmu Tutuwuhan.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Idéntifikasi st1 ngungkabkeun pilihan anu ngalibatkeun hitchhiking morfologi siki sareng eusi minyak nalika domestikasi kacang kedelai.Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.jeung sajabana.Urutan génom sareng karagaman genetik lauk mas biasa,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.jeung sajabana.Génom suuk anu dibudidayakeun méré wawasan ngeunaan kariotipe legum, évolusi poliploid, sareng domestikasi pepelakan.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Taun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Dasar génomik tina kromosom giga sareng génom giga tina peony tangkal Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ahli Fitologi Anyar | 7.433 | Tapak suku domestikasi nahan daérah génomik anu penting sacara agronomis dina kacang kedelai | SLAF-GWAS |
| 2022 | Jurnal Panalungtikan Lanjutan | 12.822 | Introgrési jieunan Gossypium barbadense kana G. hirsutum sacara gembleng génom ngungkabkeun lokus anu unggul pikeun ningkatkeun kualitas sareng hasil serat kapas sacara simultan sipat-sipat | SLAF-Genetika évolusionér |
| 2019 | Tutuwuhan Molekul | 10.81 | Analisis Génomi Populasi sareng Majelis De Novo Ngungkabkeun Asal Usul Weedy Sangu salaku Kaulinan Évolusi | SLAF-Genetika évolusionér |
| 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Urutan génom sareng karagaman genetik lauk mas biasa, Cyprinus carpio | Peta SLAF-Linkage |
| 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Génom kacang taneuh anu dibudidayakeun masihan wawasan ngeunaan kariotipe legum, poliploid évolusi sareng domestikasi pepelakan. | Peta SLAF-Linkage |
| 2022 | Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan | 9.803 | Idéntifikasi ST1 ngungkabkeun pilihan anu ngalibatkeun hitchhiking morfologi siki jeung kandungan minyak nalika domestikasi kedelai | Pangwangunan SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Internasional Élmu Molekuler | 6.208 | Idéntifikasi sareng Pangwangunan Marker DNA pikeun Gandum-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | Pangwangunan SLAF-Marker |
| Taun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| 2023 | Wates dina élmu tutuwuhan | 6.735 | Pemetaan QTL sareng analisis transkriptom kandungan gula salami pematangan buah Pyrus pyrifolia | Peta Genetik |
| 2022 | Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan | 8.154 | Idéntifikasi ST1 ngungkabkeun pilihan anu ngalibatkeun hitchhiking morfologi siki sareng eusi minyak nalika domestikasi kacang kedelai.
| Telepon SNP |
| 2022 | Wates dina élmu tutuwuhan | 6.623 | Pemetaan Asosiasi Sakabéh Génom pikeun Fenotipe Hulless Barely dina Lingkungan Halodo.
| GWAS |
