Spésifik-Locus Amplified Fragmén Sequencing (SLAF-Seq)
Rincian Service
Skéma teknis
Aliran gawé
Keunggulan Service
Efisiensi panemuan spidol anu luhur- Téknologi pangurutan throughput tinggi ngabantosan SLAF-Seq dina mendakan ratusan rébu tag dina sakabéh génom.
Katergantungan rendah kana génom- Ieu bisa dilarapkeun ka spésiés boh kalawan atawa tanpa génom rujukan.
Desain skéma fléksibel- Enzim tunggal, dual-énzim, nyerna multi-énzim sareng rupa-rupa jinis énzim, sadayana tiasa dipilih pikeun nyayogikeun tujuan atanapi spésiés panalungtikan anu béda.Pra-evaluasi dina silico dianggo pikeun mastikeun desain énzim anu optimal.
Éfisién nyerna énzimatik- Pra-eksperimen dilaksanakeun pikeun ngaoptimalkeun kaayaan, anu ngajantenkeun percobaan formal stabil sareng dipercaya.Efisiensi ngumpulkeun fragmen tiasa ngahontal langkung ti 95%.
tag SLAF disebarkeun merata- tag SLAF disebarkeun merata dina sakabéh kromosom ka extent greatest, ngahontal rata-rata 1 SLAF per 4 kb.
Ngahindarkeun épéktip tina ulangan- Runtuyan repetitive dina data SLAF-Seq diréduksi jadi leuwih handap 5%, utamana dina spésiés kalawan tingkat tinggi ulang, kayaning gandum, jagung, jsb.
pangalaman éksténsif-Leuwih ti 2000 nutup proyék SLAF-Seq dina ratusan spésiés ngawengku tutuwuhan, mamalia, manuk, serangga, aqua-organisme, jsb.
Aliran kerja bioinformatik anu dikembangkeun sorangan- Aliran kerja bioinformatic terpadu pikeun SLAF-Seq dikembangkeun ku BMKGENE pikeun mastikeun réliabilitas sareng akurasi kaluaran ahir.
Spésifikasi Service
| Platform | Conc.(ng/gl) | Total (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Jilid > 15μl) | 1.6-2.5 |
Dianjurkeun Stratégi Sequencing
Jero runtuyan: 10X/Tag
| Ukuran génom | Disarankeun SLAF Tags |
| <500 Mb | 100K atanapi WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Génom raksasa atawa kompléks | 300 - 400K |
| Aplikasi
| Dianjurkeun Skala Populasi
| Sequencing strategi jeung jero
| |
| Jerona
| Nomer Tag
| ||
| GWAS
| Jumlah sampel ≥ 200
| 10X
|
Numutkeun kana ukuran génom
|
| Évolusi genetik
| Individu masing-masing subgroup ≥ 10; total sampel ≥ 30
| 10X
| |
Disarankeun Pangiriman Sampel
Wadahna: 2 ml centrifuge tube
Kanggo sabagéan ageung conto, kami nyarankeun henteu ngawétkeun étanol.
Labeling Sampel: Sampel kedah dilabélan sacara jelas sareng idéntik sareng formulir inpormasi sampel anu dikintunkeun.
Kiriman: Garing-és: Sampel kedah dibungkus heula dina kantong sareng dikubur dina és garing.
Alur Palayanan
Sampel QC
percobaan pilot
SLAF-percobaan
Persiapan Perpustakaan
Sequencing
Analisis Data
Jasa saatos-diobral
1. Statistik hasil peta
2. ngembangkeun SLAF spidol
3. Anotasi variasi
| Taun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Dasar génomik tina giga-kromosom jeung giga-génome tina tangkal peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist Anyar | 7.433 | Doméstikasi footprints jangkar wewengkon génomik pentingna agronomic di kadelé | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Panalungtikan Advanced | 12.822 | Introgressions jieunan génom-lega tina Gossypium barbadense kana G. hirsutum nembongkeun loci unggul pikeun ngaronjatkeun simultaneous kualitas serat katun sarta ngahasilkeun sipat | SLAF-Évolusionér genetik |
| 2019 | Tutuwuhan Molekul | 10.81 | Analisis Génom Populasi sareng Majelis De Novo Ngungkabkeun Asal Usul Weedy Béas salaku Game Évolusionér | SLAF-Évolusionér genetik |
| 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Runtuyan génom jeung karagaman genetik lauk mas umum, Cyprinus carpio | SLAF-Patalina peta |
| 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Génom kacang dibudidayakan nyadiakeun wawasan kana karyotypes legume, polyploid évolusi sareng doméstikasi pepelakan. | SLAF-Patalina peta |
| 2022 | Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan | 9.803 | Idéntifikasi ST1 nembongkeun pilihan ngalibetkeun hitchhiking morfologi siki jeung kandungan minyak salila doméstikasi kedelé | ngembangkeun SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Internasional Élmu Molekul | 6.208 | Idéntifikasi sareng Pangembangan Marker DNA pikeun Gandum-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | ngembangkeun SLAF-Marker |
