Spésifik-Locus Amplified Fragmén Sequencing (SLAF-Seq)
Alur gawé
jasa ngabogaan sababaraha pre-desain di silico pikeun ngajamin pilihan énzim optimal dina persiapan perpustakaan.
Skéma teknis
Fitur Service
● Sequencing on NovaSeq kalawan PE150.
● Persiapan Perpustakaan kalawan barcoding ganda, sangkan pooling leuwih 1000 sampel.
● Teu gumantung génom rujukan:
Kalawan génom rujukan: SNP na InDel kapanggihna
Tanpa génom rujukan: clustering sampel sarta kapanggihna SNP
● Dinadina-silikotahap pra-desain kombinasi énzim sababaraha larangan anu diayak pikeun manggihan nu ngahasilkeun sebaran seragam tag SLAF sapanjang génom.
● Salila pre-percobaan, tilu kombinasi énzim anu diuji dina 3 sampel ngahasilkeun 9 perpustakaan SLAF, sarta informasi ieu dipaké pikeun milih kombinasi énzim pangwatesan optimal pikeun proyék nu.
Keunggulan Service
●Papanggihan spidol genetik tinggi: Urang ngahijikeun sistem barkod ganda-throughput tinggi ngamungkinkeun pikeun sequencing simultaneous populasi badag, sarta amplifikasi locus-spésifik enhancing efisiensi, mastikeun yén nomer tag minuhan sarat rupa-rupa patarosan panalungtikan.
● Gumantungna low kana Génom: Ieu bisa dilarapkeun ka spésiés kalawan atawa tanpa génom rujukan.
●Desain skéma fléksibel: Énzim-tunggal, énzim-ganda, nyerna multi-énzim, sareng rupa-rupa jinis énzim sadayana tiasa dipilih pikeun nyayogikeun tujuan atanapi spésiés panalungtikan anu béda.
● Efisiensi Tinggi dina Pencernaan énzimatik: Konduksi andina-silikopra-desain sareng pra-percobaan ngajamin desain optimal kalayan distribusi tag SLAF anu rata dina kromosom (1 tag SLAF / 4Kb) sareng réduksi repetitive sekuen (<5%).
●Kaahlian éksténsif: Urang mawa kabeungharan pangalaman ka unggal proyék, kalawan catetan lagu nutup leuwih 5000 proyék SLAF-Seq on ratusan spésiés, kaasup tutuwuhan, mamalia, manuk, serangga, jeung organisme akuatik.
● Self-dimekarkeun Bioinformatic Workflow: Urang ngembangkeun hiji workflow bioinformatic terpadu pikeun SLAF-Seq pikeun mastikeun reliabilitas jeung akurasi kaluaran ahir.
Spésifikasi Service
| Jenis analisis | Skala populasi anu disarankeun | Stratégi sequencing | |
| Jero tina sequencing tag | Nomer tag | ||
| Peta genetik | 2 kolot jeung > 150 turunan | Kolot: 20x WGS Kaluaran: 10x | Ukuran génom: <400 Mb: WGS disarankeun <1Gb: 100K tag 1-2Gb:: 200K tags > 2Gb: 300K tags Max 500k tag |
| Studi Asosiasi Genom-Wide (GWAS) | ≥200 sampel | 10x | |
| Évolusi genetik | ≥30 sampel, kalawan> 10 sampel ti unggal subgroup | 10x | |
Sarat Service
Konsentrasi ≥ 5 ng/µL
Jumlah total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gél Agarose: henteu aya atanapi dugi ka degradasi atanapi kontaminasi
Disarankeun Pangiriman Sampel
Wadahna: 2 ml centrifuge tube
(Kanggo sabagéan ageung conto, kami nyarankeun henteu ngawétkeun étanol)
Labeling Sampel: Sampel kedah dilabélan sacara jelas sareng idéntik sareng formulir inpormasi sampel anu dikintunkeun.
Kiriman: Garing-és: Sampel kedah dibungkus heula dina kantong sareng dikubur dina és garing.
Alur Palayanan
Sampel QC
percobaan pilot
SLAF-percobaan
Persiapan Perpustakaan
Sequencing
Analisis Data
Jasa saatos-diobral
Analisis bioinformatika kami ngawengku:
Data QC jeung data trimming pikeun miceun N-euyeub berbunyi, adaptor maca atawa kualitas low dibaca.
A kontrol kualitas kadua bacaan bersih pikeun mariksa distribusi basa, kualitas runtuyan jeung assessment data, tapi ogé pikeun pariksa efisiensi nyerna jeung inserts diala.
Sakali bacaan dipariksa, aya dua pilihan:
- Mapping pikeun rujukan génom
- Tanpa génom rujukan: clustering
Saatos éta, analisa tag SLAF dianggo pikeun ngalakukeun sababaraha varian nelepon pikeun ngabantosan pananda pananda: SNP, InDel, SNV, nelepon CV sareng anotasi.
Distribusi tag SLAF dina kromosom:
Distribusi SNP dina kromosom:
SNP annotation
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X jeung Shi C (2023) pemetaan QTL jeung analisis transcriptome eusi gula salila ripening buah.Pirus pyrifolia.Hareupeun. Tutuwuhan Sci.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Idéntifikasi st1 nembongkeun pilihan ngalibetkeun hitchhiking morfologi siki jeung kandungan minyak salila doméstikasi kedelé.Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.jeung sajabana.Sekuen génom sareng karagaman genetik lauk mas umum,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.jeung sajabana.Génom kacang tanah anu dibudidayakeun masihan wawasan ngeunaan kariotipe legum, évolusi polyploid sareng doméstikasi pepelakan.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Taun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| 2022 | Komunikasi alam | 17.694 | Dasar génomik tina giga-kromosom jeung giga-génome tina tangkal peony Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Phytologist Anyar | 7.433 | Doméstikasi footprints jangkar wewengkon génomik pentingna agronomic di kadelé | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Panalungtikan Advanced | 12.822 | Introgressions jieunan génom-lega tina Gossypium barbadense kana G. hirsutum nembongkeun loci unggul pikeun ngaronjatkeun simultaneous kualitas serat katun sarta ngahasilkeun sipat | SLAF-Évolusionér genetik |
| 2019 | Tutuwuhan Molekul | 10.81 | Analisis Génom Populasi sareng Majelis De Novo Ngungkabkeun Asal Usul Weedy Béas salaku Game Évolusionér | SLAF-Évolusionér genetik |
| 2019 | Genetika Alam | 31.616 | Runtuyan génom jeung karagaman genetik lauk mas umum, Cyprinus carpio | SLAF-Patalina peta |
| 2014 | Genetika Alam | 25.455 | Génom kacang dibudidayakan nyadiakeun wawasan kana karyotypes legume, polyploid évolusi sareng doméstikasi pepelakan. | SLAF-Patalina peta |
| 2022 | Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan | 9.803 | Idéntifikasi ST1 nembongkeun pilihan ngalibetkeun hitchhiking morfologi siki jeung kandungan minyak salila doméstikasi kedelé | ngembangkeun SLAF-Marker |
| 2022 | Jurnal Internasional Élmu Molekul | 6.208 | Idéntifikasi sareng Pangembangan Marker DNA pikeun Gandum-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitusi Kromosom Disomik | ngembangkeun SLAF-Marker |
| Taun | Jurnal | IF | Judul | Aplikasi |
| 2023 | Frontiers dina elmu tutuwuhan | 6.735 | Pemetaan QTL sareng analisis transkriptom tina kandungan gula nalika ripening buah Pyrus pyrifolia | Peta genetik |
| 2022 | Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan | 8.154 | Idéntifikasi ST1 ngungkabkeun pilihan anu ngalibatkeun hitchhiking morfologi siki sareng kandungan minyak nalika doméstikasi kedelé
| SNP nelepon |
| 2022 | Frontiers dina elmu tutuwuhan | 6.623 | Génom-Wide Association Mapping of Hulless bieu Phenotypes di Lingkungan halodo.
| GWAS |
