10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Tekniskt system
Drag
● Upplösning: 100 µM
● Punktdiameter: 55 µM
● Antal platser: 4992
● Upptagningsområde: 6,5 x 6,5 mm
● Varje streckkodad punkt är laddad med primers som består av fyra sektioner:
- poly(dT)-svans för mRNA-priming och cDNA-syntes
- Unik molekylär identifierare (UMI) för att korrigera amplifieringsbias
- Spatial streckkod
- Bindningssekvens för partiell läsning 1-sekvenseringsprimer
● H&E-färgning av snitt
Fördelar
●Allt på ett ställeintegrerar alla erfarenhets- och färdighetsbaserade steg, inklusive kryosektionering, färgning, vävnadsoptimering, spatial streckkodning, bibliotekspreparering, sekvensering och bioinformatik.
● Högkvalificerat tekniskt teammed erfarenhet av över 250 vävnadstyper och 100+ arter inklusive människa, möss, däggdjur, fisk och växter.
●Realtidsuppdatering av hela projektetmed full kontroll över experimentets framsteg.
●Omfattande standardbioinformatik:Paketet innehåller 29 analyser och 100+ högkvalitativa siffror.
●Anpassad dataanalys och visualiseringtillgänglig för olika forskningsförfrågningar.
●Valfri ledanalys med mRNA-sekvensering av enstaka celler
Specifikationer
| Exempelkrav | Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data | Kvalitetskontroll |
| OCT-inbäddade kryoprover (Optimal diameter: ca. 6x6x6 mm³) 2 block per prov | 10X Visium cDNA-bibliotek | Illumina PE150 | 50 000 PE-avläsningar per punkt (60 GB) | RIN > 7 |
För mer information om vägledning för provberedning och servicearbetsflöde, vänligen prata med enBMKGENE-expert
Servicearbetsflöde
I provberedningfasen utförs en initial bulk-RNA-extraktionstest för att säkerställa att ett högkvalitativt RNA kan erhållas. I vävnadsoptimeringsfasen färgas och visualiseras sektionerna och permeabiliseringsförhållandena för mRNA-frisättning från vävnad optimeras. Det optimerade protokollet tillämpas sedan under bibliotekskonstruktionen, följt av sekvensering och dataanalys.
Hela arbetsflödet för tjänsten innefattar uppdateringar i realtid och kundbekräftelser för att upprätthålla en responsiv feedback-slinga och säkerställa ett smidigt projektgenomförande.
Inkluderar följande analys:
Datakvalitetskontroll:
o Datautdata och fördelning av kvalitetspoäng
o Gendetektering per fläck
o Vävnadstäckning
Inre provanalys:
o Genrikedom
o Punktklustring, inklusive analys av reducerade dimensioner
o Differentiell uttrycksanalys mellan kluster: identifiering av markörgener
o Funktionell annotering och anrikning av markörgener
Intergruppsanalys
o Rekombination av fläckar från båda proverna (t.ex. sjuka och kontroll) och omklustring
o Identifiering av markörgener för varje kluster
o Funktionell annotering och anrikning av markörgener
o Differentiell uttryckning av samma kluster mellan grupper
Inre provanalys
Punktklustring
Identifiering av markergener och rumslig distribution
Intergruppsanalys
Datakombination från båda grupperna och omklustring
Markörgener för nya kluster
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes rumsliga transkriptomiktjänst från 10X Visium i dessa utvalda publikationer:
Chen, D. et al. (2023) 'mthl1, en potentiell Drosophila-homolog av däggdjursadhesions-GPCR, är involverad i antitumörreaktioner mot injicerade onkogena celler i flugor',Förhandlingar från National Academy of Sciences i Amerikas förenta stater, 120(30), s. e2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al. (2023) 'STEEL möjliggör högupplöst avgränsning av spatiotemporal transkriptomisk data',Genomgångar inom bioinformatik, 24(2), s. 1–10. doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al. (2022) 'En spatiotemporal atlas över organogenes i utvecklingen av orkidéblommor',Forskning om nukleinsyror, 50(17), s. 9724-9737. doi: 10.1093/NAR/GKAC773.
Wang, J. et al. (2023) 'Integrering av spatial transkriptomik och sekvensering av enkelkärnig RNA avslöjar potentiella terapeutiska strategier för leiomyom i livmodern',Internationell tidskrift för biologiska vetenskaper, 19(8), s. 2515–2530. doi: 10.7150/IJBS.83510.
