16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Servicefördelar
● Isoleringsfri och snabb identifiering av mikrobiell sammansättning i miljöprover
● Hög upplösning i låga mängd komponenter i miljöprover
● Senaste QIIME2-analysflöde med olika analyser vad gäller databas, anteckningar, OTU/ASV.
● Hög genomströmning, högre noggrannhet
● Tillämplig för olika mikrobiella samhällen studier
● BMK har lång erfarenhet av över 100 000 prover/år, som täcker jord, vatten, gas, slam, avföring, tarmar, skinn, jäsningsbuljong, insekter, växter, etc.
● BMKCloud underlättade datatolkning med 45 personliga analysverktyg
Servicespecifikationer
| SekvenseringPlattform | Bibliotek | Rekommenderat datautbyte | Beräknad handläggningstid |
| Illumina NovaSeq-plattformen | PE250 | 50K/100K/300K Taggar | 30 dagar |
Bioinformatikanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● OTU-klustring/de-brus (ASV)
● OTU-anteckning
● Alfa-mångfald
● Beta-mångfald
● Intergruppsanalys
● Associationsanalys mot experimentella faktorer
● Funktionsgenförutsägelse
Exempel på krav och leverans
Exempelkrav:
FörDNA-extrakt:
| Provtyp | Belopp | Koncentration | Renhet |
| DNA-extrakt | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
För miljöprover:
| Provtyp | Rekommenderat provtagningsförfarande |
| Jord | Provtagningsmängd: ca.5 g;Återstående vissnat ämne måste avlägsnas från ytan;Mal stora bitar och passera genom 2 mm filter;Alikvotera prover i sterilt EP-rör eller cyrotub för reservation. |
| Avföring | Provtagningsmängd: ca.5 g;Samla och alikvotera prover i sterilt EP-rör eller kryotub för reservation. |
| Tarminnehåll | Prover måste bearbetas under aseptiska förhållanden.Tvätta uppsamlad vävnad med PBS;Centrifugera PBS och samla upp fällningsmedlet i EP-rör. |
| Slam | Provtagningsmängd: ca.5 g;Samla och alikvotera slamprov i sterilt EP-rör eller kryotub för reservation |
| Vattenkropp | För prov med begränsad mängd mikrobiella, såsom kranvatten, brunnsvatten, etc., Samla upp minst 1 L vatten och passera genom 0,22 μm filter för att berika mikrobiella på membranet.Förvara membranet i sterilt rör. |
| Hud | Skrapa försiktigt hudytan med en steril bomullspinne eller kirurgiskt blad och placera den i ett sterilt rör. |
Rekommenderad provleverans
Frys in proverna i flytande kväve i 3-4 timmar och förvara i flytande kväve eller -80 grader till långtidsreservation.Provfrakt med torris krävs.
Service Arbetsflöde
Provleverans
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
1.Artfördelning
2. Värmekarta: Artrikedomsklustring
3.Sällsynt fraktionskurva
4.NMDS-analys
5.Lefse analys
BMK Fall
Överviktiga individer med och utan typ 2-diabetes uppvisar olika tarmmikrobiella funktionella kapacitet och sammansättning
Publicerad:Cellvärd och mikrober, 2019
Sekvenseringsstrategi:
Mager icke-diabetes (n=633);Överviktiga icke-diabetes (n=494);fetma typ 2-diabetes (n=153);
Målregion: 16S rDNA V1-V2
Plattform: Illumina Miseq (NGS-baserad amplikonsekvensering)
Delmängder av DNA-extrakt utsattes för metagenomisk sekvensering på Illumina Hiseq
Nyckelresultat
Mikrobiella profiler av dessa metabola sjukdomar differentierades framgångsrikt.
Genom att jämföra mikrobiella egenskaper genererade av 16S-sekvensering, visade sig fetma vara associerad med förändringar i mikrobiell sammansättning, individuella egenskaper, särskilt signifikant minskning av Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, etc. Dessutom fann man T2D associerat med ökning av Escherichia/shigella .
Referens
Thingholm, LB, et al."Fetma individer med och utan typ 2-diabetes uppvisar olika tarmmikrobiella funktionella kapacitet och sammansättning."Cellvärd & mikrob26.2 (2019).
