16S/18S/ITS Amplikonsekvensering-NGS
Servicefunktioner
● Sekvenseringsplattform: Illumina NovaSeq.
● Amplifiering av korta regioner av 16S, 18S och ITS, bland andra amplifieringsmål.
● Flexibla val av amplikon.
● Tidigare projekterfarenhet med flera amplifieringsmål.
Servicefördelar
●Isoleringsfri:Snabb identifiering av mikrobiell sammansättning i miljöprover.
●Hög upplösningI lågt förekommande komponenter i miljöprover.
●Brett tillämpligDiverse studier av mikrobiella samhällsgrupper.
●Omfattande bioinformatisk analysDet senaste QIIME2-paketet (kvantitativ insikt i mikrobiell ekologi) med olika analyser vad gäller databas, annotering, OTU/ASV.
●Omfattande expertisMed 150 000 amplikonsekvenseringsprojekt som genomförs årligen, har BMKGENE över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt support efter köpet.
Servicespecifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300K taggar (läspar) |
Servicekrav
| Koncentration (ng/µL) | Totalbelopp (ng) | Volym (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Jord/slam: 1–2 g
● Tarminnhåll - djur: 0,5–2 g
● Tarminnehåll - insekt: 0,1–0,25 g
● Växtyta (anrikat sediment): 0,1–0,5 g
● Fermenteringsbuljongberikat sediment): 0,1–0,5 g
● Avföring (stora djur): 0,5–2 g
● Avföring (mus): 3–5 korn
● Pulmonell alveolär lavagevätska: filterpapper
● Vaginalprovtagning: 5–6 provtagningspinnar
● Hud-/genitalprov/salivprov/mjukvävnadsprov från munnen/svalgprov/rektalprov: 2–3 prover
● Ytmikroorganismer: filterpapper
● Vattenmassa/luft/biofilm: filterpapper
● Endofyter: 1–2 g
● Plack: 0,5–1 g
Servicearbetsflöde
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Inkluderar följande analys:
- Kvalitetskontroll av rådata
- OTU-klusterning / Brusreducering (ASV)
- OTU-annotering
- Alfadiversitetsanalys: flera index, inklusive Shannon, Simpson och ACE.
- Betadiversitetsanalys
- Intergruppsanalys
- Korrelationsanalys: mellan miljöfaktorer och OUT-sammansättning och mångfald
- 16S funktionell genprediktion
Histogram över taxonomisk distribution
taxonomisk värmekarta för förekomst av kluster
Alfadiversitetsanalys: förtunningskurva
beta-diversitetsanalys: NMDS
Intergruppsanalys: Upptäckt av LEFSE-biomarkörer
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes amplikonsekvenseringstjänster med Illumina genom en kuraterad samling publikationer.
Dong, C. et al. (2022) 'Sammansättning, kärnmikrobiota och funktion av rhizosfärens jord- och barkmikrobiota i Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Syntetisk bakteriell konsortietransplantation för behandling av Gardnerella vaginalis-inducerad bakteriell vaginos hos möss', Microbiome, 11(1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. och Liu, H. (2022) 'Mikrobiom av luftdamm insamlat under det markbaserade slutna bioregenerativa livsuppehållande experimentet "Lunar Palace 365"', Environmental Microbiomes, 17(1), s. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Råmaterialberoende förekomst av funktionella gener relaterade till kväveomvandling kontrollerade kväveförluster vid kompostering', Bioresource Technology, 361, s. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
