BMKCloud Logga in

Produkter

16S/18S/ITS Amplikonsekvensering-PacBio

16S- och 18S-rRNA-generna, tillsammans med ITS-regionen (Internal Transcribed Spacer), fungerar som centrala molekylära fingeravtrycksmarkörer på grund av deras kombination av starkt konserverade och hypervariabla regioner, vilket gör dem till ovärderliga verktyg för att karakterisera prokaryota och eukaryota organismer. Amplifiering och sekvensering av dessa regioner erbjuder en isoleringsfri metod för att undersöka den mikrobiella sammansättningen och mångfalden i olika ekosystem. Medan Illumina-sekvensering vanligtvis riktar in sig på korta hypervariabla regioner som V3-V4 av 16S och ITS1, har det visats att överlägsen taxonomisk annotering kan uppnås genom att sekvensera hela längden av 16S, 18S och ITS. Denna omfattande metod resulterar i högre andelar av noggrant klassificerade sekvenser, vilket uppnår en upplösningsnivå som sträcker sig till artidentifiering. PacBios Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekvenseringsplattform utmärker sig genom att tillhandahålla mycket noggranna långa avläsningar (HiFi) som täcker amplikonerna i full längd, vilket konkurrerar med precisionen hos Illumina-sekvensering. Denna förmåga gör det möjligt för forskare att uppnå en oöverträffad fördel – en panoramavy över det genetiska landskapet. Den utökade täckningen ökar avsevärt upplösningen vid artannotering, särskilt inom bakterie- eller svampsamhällen, vilket möjliggör en djupare förståelse av mikrobiella populationers komplexitet.

Kontakta oss

Servicedetaljer

Bioinformatik

Demoresultat

Utvalda publikationer

Servicefunktioner

● Sekvenseringsplattform: PacBio Revio

● Sekvenseringsläge: CCS (HiFi-läsning)

● Amplifiering av målregionen följt av tandemlänkning av amplikoner före förberedelse av HiFi SMRT-klockbibliotek

Servicefördelar

●Högre taxonomisk upplösning: THan-sekvensering med korta amplikoner,möjliggör högre OTU-klassificeringsgrader på artnivå.

●Mycket exakt basanropPacBio CCS-lägessekvensering (HiFi-läsningar).

●IsoleringsfriSnabb identifiering av mikrobiell sammansättning i miljöprover.

●Brett tillämpbarDiverse studier av mikrobiella samhällsgrupper.

●Omfattande bioinformatisk analysDet senaste QIIME2-paketet (kvantitativ insikt i mikrobiell ekologi) med olika analyser vad gäller databas, annotering, OTU/ASV.

●Omfattande expertisMed tusentals amplikonsekvenseringsprojekt som genomförs årligen, har BMKGENE över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt support efter köpet.

Servicespecifikationer

Bibliotek	Sekvenseringsstrategi	Rekommenderade data
Amplikon	PacBio Revio	10/30/50 000 taggar (CCS)

Exempelkrav

Koncentration (ng/µL)	Total mängd (µg)	Volym (µL)
≥5	≥0,3	≥20

Rekommenderad provleverans

Frys in proverna i flytande kväve i 3–4 timmar och förvara dem i flytande kväve eller -80 grader för långtidsförvaring. Proverna ska skickas med torris.

Servicearbetsflöde

Provleverans

Biblioteksbyggnation

Sekvensering

Dataanalys

Eftermarknadstjänster

Tidigare: 16S/18S/ITS Amplikonsekvensering-NGS

Nästa: Analys för transposas-tillgänglig kromatin med högkapacitetssekvensering (ATAC-seq)

Inkluderar följande analys:

● Kvalitetskontroll av rådata

● OTU-klustring/brusreducering (ASV)

●OTU-annotering

●Alfadiversitetsanalys: flera index, inklusive Shannon, Simpson och ACE.

● Betadiversitetsanalys

● Analys mellan grupper

●Korrelationsanalys: mellan miljöfaktorer och OUT-sammansättning och mångfald

●16S funktionell genprediktion

Histogram över taxonomisk distribution

Fylogenetiskt träd för samhällsfördelning

Alfadiversitetsanalys: ACE

index

Betadiversitetsanalys: PCoA

Intergruppsanalys: ANOVA

Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes amplikonsekvenseringstjänster med PacBio genom en kuraterad samling publikationer.

Gao, X. och Wang, H. (2023) 'Jämförande analys av bakterieprofiler och funktioner i vom under anpassning till olika fenologier (regreen vs. gräsbevuxen) hos alpina merinofår med två tillväxtstadier på en alpin äng', Fermentation, 9(1), s. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.

Li, S. et al. (2023) 'Att fånga den mikrobiella mörka materian i ökenjordar med hjälp av kulturomikbaserad metagenomik och högupplöst analys', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.

Mu, L. et al. (2022) 'Effekter av fettsyrasalter på fermenteringsegenskaper, bakteriell mångfald och aerob stabilitet hos blandad ensilage beredd med alfalfa, rishalm och vetekli', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), s. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.

Yang, J. et al. (2023) 'Interaktionen mellan oxidativa stressmarkörer och tarmfloran i de antioxidanta effekterna av extrakt från Sonchus brachyotus DC. i oxazoloninducerad intestinal oxidativ stress hos vuxna zebrafiskar', Antioxidants 2023, vol. 12, sida 192, 12(1), s. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.