Analys för transposas-tillgänglig kromatin med högkapacitetssekvensering (ATAC-seq)
Servicefunktioner
● Tjänsten kräver vävnadsprover, istället för extraherade nukleinsyror, för att bevara DNA-protein-interaktionerna.
● ATAC-metoden innefattar vävnadsdissociation, följt av kärnisolering, Tn5-behandling och rening, PCR-amplifiering, storleksval och sekvensering.
● Sekvensering i Illumina NovaSeq
Servicefördelar
●Hög känslighet:En låg mängd startceller är tillräcklig för biblioteksberedning och sekvensering.
●Mycket informativ teknik: avslöjar samtidigt de genomiska platserna för öppet kromatin och aktiva reglerande element såsom bindningsställen för transkriptionsfaktorer.
●God experimentell reproducerbarhetTekniska replikat visar utmärkt repeterbarhet.
●Omfattande expertisMed hundratals framgångsrikt genomförda ATAC-sekvenseringsprojekt har BMKGENE över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt support efter köpet.
●Möjlighet att delta i transkriptomikanalys: möjliggör integrerad analys av ATAC-sekvensering med andra omikdata såsom RNA-sekvensering.
● Omfattande bioinformatisk analysmöjliggör inte bara identifiering av kromatinets öppna regioner och deras motsvarande funktionalitet (promotorer, UT, exoner, introner) utan även analys av skillnader mellan kromatinets öppna regioner bland prover.
Servicespecifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderad datautmatning | Kvalitetskontroll |
| ATAC-sekvens | Illumina PE150 | > 20 miljoner läsningar Beroende på genomstorlek (Människa: 50 miljoner avläsningar) | Q30≥85% |
Exempelkrav
Provtyp: Vävnader, levande eller frysta celler, blod
● Mobilnummer: ≥ 106celler
● Vävnadsvikt: ≥ 200 mg färsk vävnad
● Blod: ≥ 4 ml
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
DNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Inkluderar följande analys:
● Kvalitetskontroll av rådata;
● Toppbestämning baserad på mappning till referensgenom;
● Genannotering på toppposition;
● Motivanalys: identifiering av bindningsställen för transkriptionsfaktorer (TFBS);
● Differentiell toppanalys och annotering.
1. Värmekarta på ATAC avläser distribution vid TSS och angränsande regioner (±3 kb)
2. Fördelning av öppen kromatinregion i olika genomkomponenter
3. Differentiell toppanropning mellan grupper
Utforska de forskningsframsteg som möjliggörs av BMKGenes ATAC-sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Fu, A.m.fl.(2023) 'Telomer-till-telomer-genomsammansättning hos bittermelon (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) avslöjar fruktens utveckling, sammansättning och genetiska egenskaper för mognad',Trädgårdsforskning10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Gong, B.m.fl.(2023) 'Epigenetisk och transkriptionell aktivering av det sekretoriska kinaset FAM20C som en onkogen i gliom',Tidskrift för genetik och genomik, 50(6), s. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Han, Y.m.fl.(2023) 'Butyrat reverserar ferroptosresistens vid kolorektal cancer genom att inducera c-Fos-beroende xCT-suppression',Redoxbiologi, 65, s. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
