De novo bakteriegenomsamling
Vi erbjuder en komplett tjänst för sammansättning av bakteriegenom, vilket garanterar 0 gap. Detta är möjligt genom att integrera långtidssekvenseringstekniker, såsom Nanopore och PacBio för sammansättning, och korttidssekvensering med Illumina för sammansättningsvalidering och felkorrigering av ONT-avläsningar. Vår tjänst tillhandahåller ett komplett bioinformatiskt arbetsflöde från sammansättning, funktionell annotering och avancerad bioinformatisk analys, vilket uppfyller specifika forskningsmål. Denna tjänst möjliggör utveckling av exakta referensgenom för olika genetiska och genomiska studier. Dessutom utgör den grunden för tillämpningar som stamoptimering, genteknik och utveckling av mikrobiell teknik, vilket säkerställer tillförlitliga och gapfria genomiska data som är avgörande för att främja vetenskapliga insikter och bioteknisk innovation.
Servicefunktioner
● Med två möjliga alternativ att välja mellan beroende på önskad grad av genomfullständighet.
● Utkast till genomalternativ: Kortläsningssekvensering med Illumina NovaSeq PE150.
● Komplett 0-gapsgenom.
● Långtidsavläsningssekvensering på Nanopore PromethION 48 eller PacBio Revio för genomassemblering.
● Kortläsningssekvensering på Illumina NovaSeq för genomvalidering och felkorrigering (Nanopore) eller för att generera ett utkast till genom.
Servicefördelar
●Genom utan gap garanteratDetta beror på integrationen av Illumina-sekvensering med long read-sekvensering (Nanopore eller PacBio).
●Komplett bioinformatisk arbetsflöde:Detta inkluderar genomsammansättning och prediktion av flera genomiska element, funktionell genannotering och genomvisualiseringar såsom Circos-plot.
●Omfattande expertisMed över 20 000 mikrobiella genom sammansatta har BMKGENE över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt support efter köpet.
●Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
●Flera tillgängliga sekvenseringsstrategier:För olika forskningsmål och krav på genomfullständighet.
Servicespecifikationer
| Service | Sekvenseringsstrategi |
| Utkast till genom | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap-genom | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (tillval) |
Exempelkrav:
| Koncentration (ng/µL) | Total mängd (µg) | Volym (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterier: ≥3,5x1010 celler
Servicearbetsflöde
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Inkluderar följande analys:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Genommontering
● Genomkomponentanalys: Prediktion av CDS och flera genomiska element
● Funktionell annotering med flera allmänna databaser (GO, KEGG, etc.) och avancerade databaser (CARD, CAZy, etc.)
● Genomvisualisering
Vi tillhandahåller genomet i ett lättillgängligt FASTA-format och genomannoteringsfilen (gff).
Genannotering – GO
Genannotering – CYGA kolhydrater
Genomvisualisering – Circos-diagram
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes tjänster för sammansättning av bakteriegenom genom en kuraterad samling publikationer.
Dai, W. et al. (2023) 'Upptäckten av Bacteroides uniformis F18-22 som en säker och ny probiotisk bakterie för behandling av ulcerös kolit i frisk mänsklig kolon',Internationell tidskrift för molekylära vetenskaper, 24(19), s. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Multidrugresistenta Proteus mirabilis-isolat som bär på blaOXA-1 och blaNDM-1 från vilda djur i Kina: ökande folkhälsorisk',Integrativ zoologi, 16(6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Komplett genomsekvens för endofyt Bacillus flexus KLBMP 4941 avslöjar dess tillväxtfrämjande mekanism och genetiska grund för salttolerans',Tidskrift för bioteknik, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Multipelreplikonresistensplasmider hos Klebsiella medierar omfattande spridning av antimikrobiella gener',Gränser inom mikrobiologi, 12, sid. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
