Analys av bulksegregant
Servicefördelar
Takagi et al., Växtjournalen, 2013
● Noggrann lokalisering: Blanda bulkar med 30+30 till 200+200 individer för att minimera bakgrundsbrus; prediktion av kandidatregioner baserade på icke-synonyma mutanter.
● Omfattande analys: Djupgående annotering av kandidatgenfunktioner, inklusive NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.
● Snabbare leveranstid: Snabb genlokalisering inom 45 arbetsdagar.
● Omfattande erfarenhet: BMK har bidragit med lokalisering av tusentals egenskaper, som täcker en mängd olika arter som grödor, vattenlevande produkter, skog, blommor, frukter etc.
Servicespecifikationer
Befolkning:
Segregerande avkomma från föräldrar med motsatta fenotyper.
t.ex. F2-avkomma, återkorsning (BC), rekombinant inavlad linje (RIL)
Blandningsbassäng
För kvalitativa egenskaper: 30 till 50 individer (minst 20)/bulk
För kvantitativ tratis: de översta 5 % till 10 % individer med någon av extrema fenotyper i hela populationen (minst 30+30).
Rekommenderat sekvenseringsdjup
Minst 20X/förälder och 1X/avkommaindivid (t.ex. för en blandningspool av 30+30 individer för avkommor blir sekvenseringsdjupet 30X per bulk)
Bioinformatiska analyser
● Omsekvensering av hela genomet
● Databehandling
● SNP/Indel-anrop
● Granskning av kandidatregioner
● Annotering av kandidatgenfunktioner
Provkrav och leverans
Exempelkrav:
Nukleotider:
| gDNA-prov | Vävnadsprov |
| Koncentration: ≥30 ng/μl | Växter: 1–2 g |
| Mängd: ≥2 μg (Volym ≥15 μl) | Djur: 0,5–1 g |
| Renhet: OD260/280 = 1,6-2,5 | Helblod: 1,5 ml |
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
1. Associationsanalys baserad på euklidiskt avstånd (ED) för att identifiera kandidatregion. I följande figur
X-axel: Kromosomnummer; Varje punkt representerar ett ED50-värde för en SNP. Den svarta linjen motsvarar det anpassade ED50-värdet. Ett högre ED50-värde indikerar en mer signifikant association mellan platsen och fenotypen. Den röda streckade linjen representerar tröskeln för signifikant association.
2. Associationsanalys baserad på inget SNP-index
X-axel: Kromosomnummer; Varje punkt representerar SNP-indexvärdet. Den svarta linjen står för det anpassade SNP-indexvärdet. Ju större värdet är, desto mer signifikant är sambandet.
BMK-fallet
Det huvudsakliga kvantitativa egenskapslocus Fnl7.1 kodar för ett protein som är rikligt förekommande i sen embryogenes associerat med frukthalslängd hos gurka
Publicerad: Tidskrift för växtbioteknik, 2020
Sekvenseringsstrategi:
Föräldrar (Jin5-508, YN): Helgenomsekvensering för 34× och 20×.
DNA-pooler (50 långhalsade och 50 korthalsade): Omsekvensering för 61× och 52×
Viktiga resultat
I denna studie genererades en segregerande population (F2 och F2:3) genom att korsa långhalsad gurklinje Jin5-508 och korthalsad YN. Två DNA-pooler konstruerades av 50 extremt långhalsade individer och 50 extremt korthalsade individer. Major-effekt QTL identifierades på Chr07 genom BSA-analys och traditionell QTL-mappning. Kandidatregionen begränsades ytterligare genom finmappning, genuttryckskvantifiering och transgena experiment, vilket avslöjade nyckelgenen för att kontrollera halslängd, CsFnl7.1. Dessutom fann man att polymorfism i CsFnl7.1-promotorregionen var associerad med motsvarande uttryck. Ytterligare fylogenetisk analys antydde att Fnl7.1-locus mycket sannolikt härstammar från Indien.
 QTL-mappning i BSA-analys för att identifiera kandidatregion associerad med gurkahalslängd |  LOD-profiler av gurkahalslängd QTL identifierad på Chr07 |
Xu, X., et al. ”Det kvantitativa egenskapslocuset Fnl7.1, som är den huvudsakliga effekten, kodar för ett protein som är rikligt förekommande i sen embryogenes och är associerat med fruktens halslängd hos gurka.” Plant Biotechnology Journal 18.7 (2020).
