CircRNA-sekvensering-Illumina
Drag
● rRNA-utarmning följt av riktad bibliotekspreparering, vilket möjliggör strängspecifik sekvenseringsdata.
● Bioinformatiskt arbetsflöde möjliggör circRNA-prediktion och kvantifiering av uttryck.
Servicefördelar
●Omfattande expertisVi har bearbetat över 20 000 prover, som spänner över olika provtyper, och vi bidrar med vår breda expertis till varje projekt.
●Rigorös kvalitetskontrollVi implementerar centrala kontrollpunkter i alla steg, från provberedning till biblioteksberedning, sekvensering och bioinformatik. Vår noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av genomgående hög kvalitet.
●Mer omfattande RNA-bibliotek:Vi använder rRNA-utarmning istället för linjär RNA-utarmning i vår förberedelse före biblioteket, vilket säkerställer att sekvenseringsdata inte bara inkluderar circRNA utan även mRNA och lncRNA, vilket möjliggör gemensam analys av dessa datamängder.
●Valfri analys av konkurrerande endogena RNA-nätverk (ceRNA)Ger djupare insikter i cellulära regleringsmekanismer.
● Support efter köpetVi förstår hur viktigt det är att vara närvarande, därför sträcker sig vårt engagemang bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Plattform | Rekommenderade uppgifter | Datakvalitetskontroll |
| rRNA-utarmat riktningsbibliotek | Illumina PE150 | 16–20 GB | Q30≥85% |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | RIN≥6,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
● Växter:
Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarm: 450 mg
Inälvor eller hjärna: 240 mg
Muskel: 600 mg
Ben, hår eller hud: 1,5 g
● Leddjur:
Insekter: 9 g
Kräftdjur: 450 mg
● Helblod:2 rör
● Celler: 106 celler
● Serum och plasma: 6 ml
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Bioinformatik
- Datakvalitetskontroll
- Genomjustering
- CircRNA-identifiering
- CircRNA-uttryck
- Differentiell uttrycksanalys
circRNA-prediktion: kromosomfördelning
Differentiellt uttryckta circRNA – Vulkandiagram
Differentiellt uttryckta circRNA – hierarkisk klustring
Funktionell anrikning av circRNA:s värdgener
Utforska de forskningsframsteg som möjliggörs av BMKGene's circRNA-sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.
Wang, X. et al. (2021) 'CPSF4 reglerar circRNA-bildning och mikroRNA-medierad gensläckning vid hepatocellulärt karcinom',Onkogen2021 40:25, 40(25), s. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) 'X oo-responsivt transkriptom avslöjar rollen av det cirkulära RNA133 i sjukdomsresistens genom att reglera uttrycket av OsARAB i ris',Fytopatologisk forskning, 5(1), s. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al. (2023) 'CPSF3 modulerar balansen mellan cirkulära och linjära transkript vid hepatocellulärt karcinom'. doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) 'Omfattande utvärdering av circRNA vid cirrotisk kardiomyopati före och efter levertransplantation',Internationell immunfarmakologi114, sid. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
