Fullängds mRNA-sekvensering - PacBio
Drag
● cDNA-syntes från poly-A mRNA följt av biblioteksberedning
● Sekvensering i CCS-läge, generering av HiFi-avläsningar
● Sekvensering av transkripten i full längd
● Analysen kräver inte ett referensgenom; den kan dock användas
● Bioinformatisk analys möjliggör analys av transkript, isoformen lncRNA, genfusioner, polyadenylering och genstruktur
Servicefördelar
●Hög noggrannhetHiFi-avläsningar med en noggrannhet på >99,9 % (Q30), jämförbar med NGS
● Alternativ skarvningsanalys: sekvensering av hela transkripten möjliggör isoformidentifiering och karakterisering
●Omfattande expertisMed en meritlista av att ha slutfört över 1100 PacBio-projekt med full längd på transkriptomer och bearbetat över 2300 prover, bidrar vårt team med en mängd erfarenhet till varje projekt.
●Support efter försäljningVårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data | Kvalitetskontroll |
| PolyA-anrikat mRNA CCS-bibliotek | PacBio-uppföljaren II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Exempelkrav:
Nukleotider:
● Växter:
Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarm: 300 mg
Inälvor eller hjärna: 240 mg
Muskel: 450 mg
Ben, hår eller hud: 1 g
● Leddjur:
Insekter: 6 g
Kräftdjur: 300 mg
● Helblod1 rör
● Celler: 106 celler
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | För växter: RIN≥7,5; För djur: RIN ≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tennfolie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Inkluderar följande analys:
● Kvalitetskontroll av rådata
● Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
● Analys av fusionstranskript
● Alternativ skarvningsanalys
● Benchmarking av BUSCO-analys (Universal Single-Copy Orthologs)
● Ny transkriptanalys: prediktion av kodande sekvenser (CDS) och funktionell annotering
● lncRNA-analys: prediktion av lncRNA och mål
● Mikrosatellitidentifiering (SSR)
BUSCO-analys
Alternativ skarvningsanalys
Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
Funktionell annotering av nya transkript
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes Nanopore mRNA-sekvenseringstjänster i full längd i denna utvalda publikation.
Ma, Y. et al. (2023) 'Jämförande analys av PacBio- och ONT-RNA-sekvenseringsmetoder för identifiering av gift hos Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Utvecklingsdynamiken hos Populus-stamtranskriptomet', Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamiska förändringar i askorbinsyrainnehållet under fruktutveckling och mognad hos Actinidia latifolia (en askorbatrik fruktgröda) och de associerade molekylära mekanismerna', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effektiv förutsägelse av biosyntetiska signalvägsgener involverade i bioaktiva polyfylliner i Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinerad PacBio Iso-Seq och Illumina RNA-Seq-analys av Tuta absoluta (Meyrick) transkriptom- och cytokrom P450-gener', Insects, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'En undersökning av transkriptomkomplexitet med hjälp av PacBio realtidsanalys av enskilda molekyler i kombination med Illumina RNA-sekvensering för en bättre förståelse av ricinolsyrabiosyntes i Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
