DNA/RNA-sekvensering -PacBio Sequencer
Funktioner
Två sekvenseringslägen på PacBio sequencer: Continuous Long Read (CLR) och Circular Consensus Read (CCS)
| Sekvenseringsläge | Bibliotekets storlek | Teoretiska dataUtbyte (per cell) | EnkelbasNoggrannhet | Ansökningar |
| CLR | 20Kb, 30Kb, etc. | 80 Gb till 130 Gb | Cirka.85 % | De novo, SV ringer osv. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 till 40 Gb/cell (Sequel II) 70 till 110 Gb/cell (Revio) Beror på proverna | Cirka.99 % | De novo, SNP/Indel/SV-anrop, Iso-Seq, |
Jämförelse av prestanda och funktioner i Revio och Sequel II
| Villkor | Sequel II-system | Revio system | Öka |
| Högre densitet | 8 miljoner ZMW | 25 miljoner ZMW | 3x |
| Oberoende stadier | 1 | 4 | 4x |
| Kortare körtider | 30 timmar | 24 timmar | 1,25x |
| 30X HiFi mänskliga genom/år | 88 | 1 300 | 15x totalt |
Servicefördelar
● Över 8 års erfarenhet av PacBio sekvenseringsplattform med tusentals stängda projekt med olika arter.
● Fullt utrustad med de senaste PacBio Sequencing-plattformarna, Revio för att garantera tillräcklig genomströmning av sekvensering.
● Snabbare omläggningstid, högre datautbyte och mer exakt data.
● Bidragit i hundratals högeffektiva PacBio-baserade publikationer.
Exempel på krav
| Provtyp | Belopp | Koncentration （Qubit®） | Volym | Renhet | Andra |
| Genomiskt DNA | Beror på datakrav | ≥50 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5; Klar topp vid 260 nm，inga föroreningar | Koncentrationen måste mätas med Qubit och Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| Totalt RNA | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15 μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;inga föroreningar | RIN-värde ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Service arbetsflöde
Provberedning
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Projekt leverans
1.In-house Data Yield
Data genererad från 63 CCS-celler (från 26 arter)
| DATA-PacBio-CCS-15 Kb | Genomsnitt | Max | Min | Median |
| Avkastning - delläsningar (Gb) | 421,12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25,93 | 38,59 | 10,86 | 25.43 |
| Polymeras N50 | 145,651 | 175 430 | 118,118 | 144,689 |
| Underläser N50 | 17 509 | 23,924 | 12.485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14 490 | 19 034 | 9,876 | 14,747 |
| Medellängd - Polymeras | 67 995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Medellängd-Subreads | 15,866 | 21 036 | 11 657 | 16 012 |
| Medellängd-CCS | 14,489 | 19 074 | 8,575 | 14 655 |
Data genererad från 16 CLR-celler (från 76 arter)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Genomsnitt | Max | Min | Median |
| Avkastning - delläsningar (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Polymeras N50 | 39,456 | 121,191 | 15 389 | 35,231 |
| Underläser N50 | 28 490 | 41 012 | 14 430 | 29 063 |
| Medellängd - Polymeras | 22 063 | 48,886 | 8,747 | 21 555 |
| Medellängd-Subreads | 17 720 | 27 225 | 8,293 | 17,779 |
2. Data QC – DemoStatistik över datautbyte
| Prov | ccs Läser Num | Totalt antal kopior-baser (bp) | ccs Läser N50 (bp) | ccs medellängd (bp) | ccs längsta lästa (bp) | subreads Baser (bp) | ccs rate (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
