BMKCloud Logga in

Produkter

Evolutionär genetik

Evolutionär genetik är en omfattande sekvenseringstjänst utformad för att erbjuda en insiktsfull tolkning av evolutionen inom en stor grupp av individer, baserat på genetiska variationer, inklusive SNP, InDel, SV och CNV. Denna tjänst omfattar alla viktiga analyser som behövs för att belysa evolutionära förändringar och genetiska egenskaper hos populationer, inklusive bedömningar av populationsstruktur, genetisk mångfald och fylogenetiska samband. Dessutom fördjupar den sig i studier av genflöde, vilket möjliggör uppskattningar av effektiv populationsstorlek och divergenstid. Evolutionära genetiska studier ger värdefulla insikter i arters ursprung och anpassningar.

På BMKGENE erbjuder vi två vägar för att genomföra evolutionära genetiska studier på stora populationer: att använda helgenomsekvensering (WGS) eller att välja en metod för genomsekvensering med reducerad representation, det egenutvecklade Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Medan WGS passar mindre genom, framstår SLAF som ett kostnadseffektivt alternativ för att studera större populationer med längre genom, vilket effektivt minimerar sekvenseringskostnaderna.

Kontakta oss

Servicedetaljer

Bioinformatik

Demoresultat

Utvalda publikationer

Servicefördelar

Takagi m.fl.,Växtjournalen, 2013

●Omfattande bioinformatisk analys:möjliggör uppskattning av genetisk mångfald, vilket återspeglar arters evolutionära potential, och avslöjar tillförlitliga fylogenetiska relationer mellan arter med minimerat inflytande av konvergent evolution och parallell evolution

●Valfri anpassad analys: såsom uppskattning av divergenstid och -hastighet baserat på variationer på nukleotid- och aminosyranivå.

●Omfattande expertis och publikationshistorikBMKGene har samlat på sig massiv erfarenhet av populations- och evolutionär genetiska projekt i över 15 år, vilka täcker tusentals arter etc. och bidragit till över 1000 högnivåprojekt publicerade i Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.

● Mycket kompetent bioinformatikteam och kort analyscykelMed stor erfarenhet av avancerad genomisk analys levererar BMKGenes team omfattande analyser med snabb handläggningstid.

● Support efter köpet:Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.

Servicespecifikationer och krav

Typ av sekvensering

Rekommenderad populationsskala

Sekvenseringsstrategi

Nukleotidkrav

Helgenomsekvensering

≥ 30 individer, med ≥ 10 individer från varje undergrupp

10 gånger

Koncentration: ≥ 1 ng/µL

Total mängd ≥ 30 ng

Begränsad eller ingen nedbrytning eller kontaminering

Specifikt lokusamplifierat fragment (SLAF)

Taggdjup:

10 gånger

Antal taggar:

<400 Mb: WGS rekommenderas

<1 Gb: 100 000 taggar

1 GB

>2 Gb: 300 000 taggar

Max 500 000 taggar

Koncentration ≥ 5 ng/µL

Total mängd ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280=1,6–2,5

Agarosgel: ingen eller begränsad nedbrytning eller kontaminering

Servicearbetsflöde

Experimentdesign

Provleverans

Biblioteksbyggnation

Sekvensering

Dataanalys

Eftermarknadstjänster

Tidigare: Analys av bulksegregant

Nästa: Metabolomik

Tjänsten omfattar analys av populationsstruktur (fylogenetiskt träd, PCA, populationsstratifieringsdiagram), populationsdiversitet och populationsurval (kopplingsobalans, selektivt svepande urval av fördelaktiga platser). Tjänsten kan också inkludera anpassad analys (t.ex. divergenstid, genflöde).

*Demoresultaten som visas här är alla från genom publicerade med BMKGENE

1. Evolutionsanalys innehåller konstruktionen av fylogenetiskt träd, populationsstruktur och PCA baserat på genetiska variationer.

Fylogenetiskt träd representerar taxonomiska och evolutionära släktskap mellan arter med gemensam förfader.
PCA syftar till att visualisera närhet mellan delpopulationer.
Populationsstrukturen visar förekomsten av genetiskt distinkt delpopulation i termer av allelfrekvenser.

3-1 Fylogenetiskt träd 3-2PCA 3-3 Befolkningsstruktur

Chen m.fl.PNAS, 2020

2. Selektiv svepning

Selektiv svep avser en process genom vilken en fördelaktig plats väljs ut och frekvensen av länkade neutrala platser ökar och frekvensen av olänkade platser minskar, vilket resulterar i en minskning av regionala.

Genomomfattande detektion på selektiva svepregioner bearbetas genom att beräkna populationsgenetiskt index (π, Fst, Tajimas D) för alla SNP:er inom ett glidande fönster (100 Kb) vid ett visst steg (10 Kb).

Nukleotiddiversitet (π)
4Nukleotiddiversitet(π）

Tajimas D
5Tajima's-D

Fixeringsindex (Fst)

6Fixeringsindex (Fst)

Wu m.fl.Molekylär växt, 2018

3. Genflöde

7Genflöde

Wu m.fl.Molekylär växt, 2018

4. Demografisk historia

8Demografisk historia

Zhang m.fl.Naturekologi och evolution, 2021

5. Divergenstid

9Divergenstid

Zhang m.fl.Naturekologi och evolution, 2021

Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes evolutionära genetiktjänster genom en kuraterad samling publikationer:

Hassanyar, AK et al. (2023) 'Upptäckten av SNP-molekylära markörer och kandidatgener associerade med resistens mot sacbroodvirus hos Apis cerana cerana-larver genom helgenomsekvensering',Internationell tidskrift för molekylära vetenskaper24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.

Chai, J. et al. (2022) 'Upptäckten av en vild, genetiskt ren kinesisk jättesalamander skapar nya möjligheter till bevarande',Zoologisk forskning, 2022, vol. 43, nummer 3, sidor: 469-480, 43(3), s. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.

Han, M. et al. (2022) 'Fylogeografiskt mönster och populationsutvecklingshistoria hos den inhemska Elymus sibiricus L. på den Qinghai-tibetanska platån',Gränser inom växtvetenskap, 13, s. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.

Wang, J. et al. (2022) 'Genomiska insikter i longanutveckling från en genomsammansättning på kromosomnivå och populationsgenomik av longanaccessioner',Trädgårdsforskning, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.