Exosomal liten RNA-sekvensering - Illumina
Drag
● Exosomalt totalt RNA används som insatsmaterial. Under reningen används miRNA-kulor för att isolera miRNA.
● Bioinformatisk analys centrerad kring miRNA-prediktion och deras mål.
Servicefördelar
● Omfattande bioinformatisk analys: Möjliggör identifiering av både kända och nya miRNA, identifiering av miRNA-mål och motsvarande funktionell annotering och berikning med flera databaser (KEGG, GO).
● Rigorös kvalitetskontroll: Vi implementerar centrala kontrollpunkter i alla steg, från prov- och biblioteksberedning till sekvensering och bioinformatik. Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av genomgående hög kvalitet.
● Support efter köpet: Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Plattform | Rekommenderade uppgifter | Datakvalitetskontroll |
| Isolering av exosomalt miRNA | Illumina SE50 | 10–20 miljoner läsningar | Q30≥85% |
Exempelkrav
Nukleotider:
| Mängd (ng) | Volym (μL) |
| 40 | 20 |
Vävnad:
Exosom: 100 μL; 40 μg; >10^9 partiklar/ml
Serum/plasma: 5 ml
Cellkultursupernatant: 100 ml
Urin: 100 ml
Saliv: 15 ml
Nästörning: 15 ml
Cerebrospinalvätska: 15 ml
Fostervatten: 50 ml
Sperma: 5 ml
Galla: 5 ml
Ascites: 50 ml
Mjölk: 15 ml
Follikulär vätska: 15 ml
Fekal supernatant: 50 ml
Mikrobiell kultursupernatant: 100 ml
Djurvävnad: 3 g
Växtvävnad: 1 g
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Bioinformatik
● Kvalitetskontroll av rådata
● sRNA-klassificering
● Anpassning till ett referensgenom
● Identifiering av kända och nya miRNA
● Differentiell miRNA-expressionsanalys
● Funktionell annotering av miRNA-mål
Identifiering av miRNA: struktur och djup
Differentiell expression av miRNA – hierarkisk klustring
Funktionell annotering av målet för differentiellt uttryckta miRNA
