De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE erbjuder mångsidiga lösningar för svampgenom, som tillgodoser olika forskningsbehov och önskad genomfullständighet. Genom att enbart använda kortläsning av Illumina-sekvensering kan man generera ett utkast till ett genom. Kortläsningar och långläsning av sekvensering med Nanopore eller Pacbio kombineras för ett mer förfinat svampgenom med längre contigs. Dessutom förbättrar integrationen av Hi-C-sekvensering ytterligare funktionerna, vilket möjliggör uppnåendet av ett komplett genom på kromosomnivå.
Servicefunktioner
Med tre möjliga alternativ att välja mellan beroende på önskad grad av genomfullständighet:
● Utkast till genomalternativ: Kortläsningssekvensering med Illumina NovaSeq PE150.
● Alternativ för fina svampgenom:
Genomundersökning: Illumina NovaSeq PE150.
Genommontering: PacBio Revio (HiFi-läsningar) eller Nanopore PromethION 48.
● Svampgenom på kromosomnivå:
Genomundersökning: Illumina NovaSeq PE150.
Genommontering: PacBio Revio (HiFi-läsningar) eller Nanopore PromethION 48.
Contig-förankring med Hi-C-montering.
Servicefördelar
●Flera sekvenseringsstrategier tillgängligaFör olika forskningsmål och krav på genomfullständighet
●Komplett bioinformatisk arbetsflöde:Detta inkluderar genomsammansättning och förutsägelse av flera genomiska element, funktionell genannotering och contig-förankring.
●Omfattande expertisMed över 12 000 mikrobiella genom sammansatta har vi över ett decennium av erfarenhet, ett mycket skickligt analysteam, omfattande innehåll och utmärkt support efter köpet.
●Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Servicespecifikationer
| Service | Sekvenseringsstrategi | Kvalitetskontroll |
| Utkast till genom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Fint genom | Genomundersökning: Illumina PE150 50 x Montering: PacBio HiFi 30x eller Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT encellig) contig N50 ≥500kb (Övriga) |
| Genom på kromosomnivå | Genomundersökning: Illumina PE150 50 x Montering: PacBio HiFi 30x eller Nanopore 100x Hi-C-montering 100x | Kontig förankringsförhållande >90 %
|
Servicekrav
| Koncentration (ng/µL) | Total mängd (µg) | Volym (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7–2,2 | 1,0–3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Encellig svamp: ≥3,5x1010 celler
Makrosvamp: ≥10 g
Servicearbetsflöde
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Inkluderar följande analys:
Genomundersökning:
- Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
- Genomuppskattning: storlek, heterozygositet, repetitiva element
Fin genommontering:
- Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
- På nyttMontering
- Genomkomponentanalys: Prediktion av CDS och flera genomiska element
- Funktionell annotering med flera allmänna databaser (GO, KEGG, etc.) och avancerade databaser (CARD, VFDB, etc.)
Hi-C-montering:
- Hi-C-biblioteksbedömning.
- Contigs förankring av kluster, ordning och orientering
- Utvärdering av HI-C-sammansättning: Baserat på referensgenom och värmekarta
Genomundersökning: k-merfördelning
Genomsammansättning: genhomolog annotering (NR-databas)
Genommontering: funktionell genannotering (GO)
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes tjänster för sammansättning av svampgenom genom en kuraterad samling publikationer.
Hao, J. et al. (2023) 'Integrerad omisk profilering av medicinsvampen Inonotus obliquus under nedsänkta förhållanden',BMC-genomik, 24(1), s. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genomsekvensering avslöjar evolutionen och de patogena mekanismerna hos den vassa ögonfläckspatogenen Rhizoctonia cerealis hos vete',Grödojournalen, 11(2), s. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genomresurser för fyra Clarireedia-arter orsakar fläckar på olika gräsmattor',Växtsjukdom, 107(3), s. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetiska och molekylära bevis för ett tetrapolärt parningssystem hos den ätbara svampen Grifola frondosa',Tidskrift för svampar, 9(10), s. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
