Genomomfattande associationsanalys
Arbetsflöde
Servicefördelar
●Omfattande expertis och publikationshistorikMed ackumulerad erfarenhet av globala världsklassificering (GWAS) har BMKGene slutfört hundratals artprojekt inom populations-GWAS-forskning, hjälpt forskare att publicera mer än 100 artiklar, och den kumulativa effektfaktorn har nått 500.
● Omfattande bioinformatisk analysArbetsflödet inkluderar SNP-egenskapsassociationsanalys, som levererar en uppsättning kandidatgener och deras motsvarande funktionella annoteringar.
●Mycket kompetent bioinformatikteam och kort analyscykelMed stor erfarenhet av avancerad genomisk analys levererar BMKGenes team omfattande analyser med snabb handläggningstid.
●Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Tjänstespecifikationer och krav
| Typ av sekvensering | Rekommenderad populationsskala | Sekvenseringsstrategi | Nukleotidkrav |
| Helgenomsekvensering | 200 prover | 10 gånger | Koncentration: ≥ 1 ng/µL Total mängd ≥ 30 ng Begränsad eller ingen nedbrytning eller kontaminering |
| Specifikt lokusamplifierat fragment (SLAF) | Taggdjup: 10x Antal taggar: < 400 Mb: WGS rekommenderas < 1 Gb: 100 000 taggar 1 GB > 2 GB: 300 000 taggar Max 500 000 taggar | Koncentration ≥ 5 ng/µL Total mängd ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6–2,5 Agarosgel: ingen eller begränsad nedbrytning eller kontaminering
|
Materialval
Olika sorter, underarter, lantraser/genbanker/blandade familjer/vilda resurser
Olika sorter, underarter, lantraser
Halvsyskonfamilj/helsyskonfamilj/vilda resurser
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Inkluderar följande analys:
- Genomomfattande associationsanalys: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM-modell
- Funktionell annotering av kandidatgener
SNP-egenskapsassociationsanalys – Manhattan-diagram
SNP-egenskapsassociationsanalys – QQ-diagram
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes de GWAS-tjänster genom en kuraterad samling publikationer:
Lv, L. et al. (2023) 'Insikt i den genetiska grunden för ammoniak-tolerans hos rakknivmussla Sinonovacula constricta genom genomomfattande associationsstudie',Vattenbruk, 569, s. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multiomikanalyser av 398 accessioner av rävsvanshirs avslöjar genomiska regioner associerade med domesticering, metabolitegenskaper och antiinflammatoriska effekter',Molekylär växt, 15(8), s. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genomomfattande associationskartläggning av Hulless Barely-fenotyper i torka miljöer',Gränser inom växtvetenskap, 13, s. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, som kodar för ett sulfotransferas, ger resistens mot sojabönsmosaikvirusstammarna G2 och G3',Växt, cell och miljö, 44(8), s. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
