BMKCloud Logga in

Produkter

Hi-C-baserad kromatininteraktion

Hi-C är en metod utformad för att fånga genomkonfiguration genom att kombinera sonderande närhetsbaserade interaktioner och högkapacitetssekvensering. Metoden är baserad på kromatintvärbindning med formaldehyd, följt av digestion och religering på ett sätt som gör att endast fragment som är kovalent länkade bildar ligeringsprodukter. Genom att sekvensera dessa ligeringsprodukter är det möjligt att studera genomets 3D-organisation. Hi-C möjliggör studier av fördelningen av de delar av genomet som är lätt packade (A-fack, eukromatin) och mer sannolikt är transkriptionellt aktiva, och de regioner som är mer tätt packade (B-fack, heterokromatin). Hi-C kan också användas för att lokalisera topologiskt associerade domäner (TAD), regioner i genomet som har veckade strukturer och sannolikt har liknande uttrycksmönster, och för att identifiera kromatinöglor, DNA-regioner som är förankrade tillsammans av proteiner och som ofta är berikade med reglerande element. BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjänst ger forskare möjlighet att utforska de rumsliga dimensionerna av genomik, vilket öppnar nya vägar för att förstå genomreglering och dess implikationer för hälsa och sjukdom.

Kontakta oss

Servicedetaljer

Bioinformatik

Demoresultat

Utvalda publikationer

Servicefunktioner

● Sekvensering på Illumina NovaSeq med PE150.

● Tjänsten kräver vävnadsprover, istället för extraherade nukleinsyror, för att tvärbinda med formaldehyd och bevara DNA-protein-interaktionerna.

● Hi-C-experimentet innefattar restriktion och ändreparation av de klibbiga ändarna med biotin, följt av cirkularisering av de resulterande trubbiga ändarna samtidigt som interaktionerna bevaras. DNA:t dras sedan ner med streptavidinkulor och renas för efterföljande biblioteksberedning.

Servicefördelar

●Optimal restriktionsenzymdesignFör att säkerställa hög Hi-C-effektivitet på olika arter med upp till 93 % giltiga interaktionspar.

●Omfattande expertis och publikationshistorik:BMKGene har omfattande erfarenhet av >2000 Hi-C-sekvenseringsprojekt från 800 olika arter och diverse patent. Över 100 publicerade fall med en ackumulativ impact factor på över 900.

●Högkvalificerat bioinformatikteam:med interna patent och upphovsrätter till programvara för Hi-C-experiment och dataanalys samt en egenutvecklad programvara för visualiseringsdata.

●Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.

●Omfattande annoteringVi använder flera databaser för att funktionellt annotera generna med identifierade variationer och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter i flera forskningsprojekt.

Servicespecifikationer

Bibliotek

Sekvenseringsstrategi

Rekommenderad datautmatning

Hi-C-signalupplösning

Hi-C-bibliotek

Illumina PE150

Kromatinögla: 150x

TAD: 50x

Kromatinloop: 10 kb

TAD: 40 kB

Servicekrav

Provtyp	Nödvändigt belopp
Djurvävnad	≥2g
Helblod	≥2 ml
Svampar	≥1 g
Växt - ung vävnad	1 g/alikvot, 2–4 alikvoter rekommenderas
Odlade celler	≥1x10⁷

Tidigare: TGuide Smart Magnetic Plant DNA Kit

Nästa: DNBSEQ-förberedda bibliotek

Inkluderar följande analys:

● Kvalitetskontroll av rådata;

● Mappning och Hi-C-biblioteks-QC: giltiga interaktionspar och interaktionsavklingningsexponenter (IDE);

● Genomomfattande interaktionsprofilering: cis/trans-analys och Hi-C-interaktionskarta;

● Analys av A/B-fackfördelning;

● Identifiering av TAD och kromatinloopar;

● Differentiell analys av 3D-kromatinstrukturelement bland prover och motsvarande funktionell annotering av associerade gener.

Cis- och trans-proportionsfördelning

Värmekarta över kromosomala interaktioner mellan prover

Genomomfattande distribution av A/B-fack

Genomomfattande distribution av kromatinslingor

Visualisering av TAD:er

Utforska de forskningsframsteg som möjliggörs av BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjänster genom en kuraterad samling publikationer.

Meng, T. et al. (2021) 'En jämförande integrerad multiomikanalys identifierar CA2 som ett nytt mål för kordom',Neuro-onkologi, 23(10), s. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) '3D-disorganisation och omorganisering av genomet ger insikter i patogenesen av NAFLD genom integrerad Hi-C-, Nanopore- och RNA-sekvensering',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), s. 3150-3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.