Hi-C-baserad genommontering
Hi-C är en metod utformad för att fånga kromosomkonfiguration genom att kombinera sonderande närhetsbaserade interaktioner och högkapacitetssekvensering. Intensiteten hos dessa interaktioner tros vara negativt korrelerad med fysiskt avstånd på kromosomer. Därför används Hi-C-data för att vägleda klustring, ordning och orientering av sammansatta sekvenser i ett utkast till genom och förankring av dessa till ett visst antal kromosomer. Denna teknik möjliggör en genomsammansättning på kromosomnivå i avsaknad av en populationsbaserad genetisk karta. Varje enskilt genom behöver ett Hi-C.
Servicefunktioner
● Sekvensering på Illumina NovaSeq med PE150.
● Tjänsten kräver vävnadsprover, istället för extraherade nukleinsyror, för att tvärbinda med formaldehyd och bevara DNA-protein-interaktionerna.
● Hi-C-experimentet innefattar restriktion och ändreparation av de klibbiga ändarna med biotin, följt av cirkularisering av de resulterande trubbiga ändarna samtidigt som interaktionerna bevaras. DNA:t dras sedan ner med streptavidinkulor och renas för efterföljande biblioteksberedning.
Servicefördelar
Översikt över Hi-C
(Lieberman-Aiden E m.fl.,Vetenskap, 2009)
●Eliminera behovet av genetiska populationsdata:Hi-C ersätter den väsentliga information som krävs för contig-förankring.
●Hög markördensitet:vilket leder till en hög contig-förankringsgrad över 90 %.
●Omfattande expertis och publikationshistorik:BMKGene har omfattande erfarenhet av mer än 2000 fall av Hi-C-genommontering från 1000 olika arter och diverse patent. Över 200 publicerade fall har en ackumulativ impact factor på över 2000.
●Mycket kompetent bioinformatikteam:Med interna patent och upphovsrätter till programvara för Hi-C-experiment och dataanalys möjliggör den egenutvecklade programvaran för visualiseringsdata manuell blockförflyttning, reversering, återkallelse och omgörning.
●Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
●Omfattande annoteringVi använder flera databaser för att funktionellt annotera generna med identifierade variationer och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter i flera forskningsprojekt.
Servicespecifikationer
| Biblioteksförberedelser | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderad datautmatning | Kvalitetskontroll |
| Hi-C-bibliotek | Illumina NovaSeq PE150 | 100 gånger | Q30 ≥ 85 % |
Exempelkrav
| Vävnad | Nödvändigt belopp |
| Djurens inälvor | ≥ 2 g |
| Djurmuskel | |
| Däggdjursblod | ≥ 2 ml |
| Blod från fjäderfä/fisk | |
| Växt - Färska blad | ≥ 3 g |
| Odlade celler | ≥ 1x107 |
| Insekt | ≥ 2 g |
Servicearbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
1) Kvalitetskontroll av rådata
2) Hi-C-bibliotekets kvalitetskontroll: uppskattning av giltiga Hi-C-interaktioner
3) Hi-C-assemblering: gruppering av contigs i grupper, följt av contig-ordning inom varje grupp och tilldelning av contig-orientering
4) Hi-C-utvärdering
Hi-C Library QC – uppskattning av giltiga HiC-interaktionspar
Hi-C-montering – statistik
Utvärdering efter montering – värmekarta över signalintensitet mellan bin
Utforska de framsteg som BMKGenes Hi-C-monteringstjänster möjliggör genom en kuraterad samling publikationer.
Tian, T. et al. (2023) 'Genomsammansättning och genetisk dissektion av en framträdande torktålig majs-groddplasma', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'En kromosomskalig sammansättning av det asiatiska honungsbiet Apis cerana-genomet', Frontiers in Genetics, 11, s. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Avslöjar evolutionen av tropanalkaloidbiosyntes genom att analysera två genom i familjen Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Banyanträdets och pollinerande getingens genom ger insikter i fikon-getingens samevolution', Cell, 183(4), s. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
