● Två exompaneler tillgängliga baserat på målberikning med prober: Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) och xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT).
● Sekvensering på Illumina NovaSeq.
● Bioinformatisk pipeline riktad mot sjukdomsanalys eller tumöranalys.
●Riktar sig mot proteinkodande regionGenom att fånga och sekvensera proteinkodande regioner används hWES för att avslöja varianter relaterade till proteinstruktur.
●Kostnadseffektiv:hWES ger cirka 85 % av de sjukdomsassocierade mutationerna från 1 % av det mänskliga genomet.
●Hög noggrannhetMed högt sekvenseringsdjup underlättar hWES detektion av både vanliga varianter och sällsynta varianter med frekvenser lägre än 1 %.
●Rigorös kvalitetskontrollVi implementerar fem centrala kontrollpunkter i alla steg, från prov- och biblioteksberedning till sekvensering och bioinformatik. Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av genomgående hög kvalitet.
●Omfattande bioinformatisk analysVår forskningsportfölj går utöver att identifiera variationer i referensgenomet, eftersom den innehåller avancerad analys utformad för att specifikt ta itu med forskningsfrågor relaterade till genetiska aspekter av sjukdomar eller tumöranalys.
●Support efter försäljning:Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
| Exon Capture Strategy | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderad datautmatning |
| Sure Select Human All Exon v6 (Agilent) eller xGen Exome Hybridization Panel v2 (IDT)
| Illumina NovaSeq PE150 | 5–10 GB För Mendelska sjukdomar/sällsynta sjukdomar: > 50x För tumörprover: ≥ 100x |
| Provtyp
| Belopp(Qubit®)
| Koncentration | Volym
| Renhet (NanoDrop™) |
|
Genomiskt DNA
| ≥ 50 ng | ≥ 6 ng/μL | ≥ 15 μL | OD260/280=1,8–2,0 ingen nedbrytning, ingen kontaminering
|
Bioinformatisk analys av hWES-sjukdomsprover inkluderar:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Referensgenomjustering
● Identifiering av SNP:er och InDels
● Funktionell annotering av SNP:er och InDels
Bioinformatisk analys av tumörprover inkluderar:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Referensgenomjustering
● Identifiering av SNP, InDels och somatiska variationer
● Identifiering av groddlinjevarianter
● Analys av mutationssignaturer
● Identifiering av drivgener baserat på gain-of-function-mutationer
● Mutationsannotering på läkemedelskänslighetsnivå
● Heterogenitetsanalys – beräkning av renhet och ploiditet
Data QC – Statistik över exominfångning
Variantidentifiering – InDels
Avancerad analys: identifiering och distribution av skadliga SNP:er/InDels – Circos-diagram
Tumöranalys: identifiering och distribution av somatiska mutationer – Circos-diagram
Tumöranalys: klonala linjer