-
Metagenomisk sekvensering (NGS)
Metagenom hänvisar till en samling av totalt genetiskt material från en blandad gemenskap av organismer, såsom miljömetagenom, mänskligt metagenom, etc. Det innehåller genom från både odlingsbara och oodlingsbara mikroorganismer.Metagenomisk sekvensering är ett molekylärt verktyg som används för att analysera de blandade genomiska materialen som extraherats från miljöprover, vilket ger detaljerad information om arternas mångfald och överflöd, populationsstruktur, fylogenetisk relation, funktionella gener och korrelationsnätverk med miljöfaktorer.
Plattform:Illumina NovaSeq6000
-
Metagenomisk sekvensering-Nanopore
Metagenomics är ett molekylärt verktyg som används för att analysera de blandade genomiska materialen som extraheras från miljöprover, vilket ger detaljerad information om arternas mångfald och överflöd, populationsstruktur, fylogenetisk relation, funktionella gener och korrelationsnätverk med miljöfaktorer, etc. Nanopore-sekvenseringsplattformar har nyligen introducerats till metagenomiska studier.Dess enastående prestanda i läslängd förbättrade till stor del nedströms metagenomisk analys, särskilt metagenommontering.Genom att dra fördelar av läslängd, kan Nanopore-baserad metagenomisk studie uppnå mer kontinuerlig montering jämfört med hagelgevärsmetagenomik.Det har publicerats att Nanopore-baserad metagenomik framgångsrikt genererade kompletta och slutna bakteriegenom från mikrobiomer (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)
Plattform:Nanopore PromethION P48
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Subenheten på 16S och 18S rRNA som innehåller både mycket konserverade och hypervariabla regioner är ett perfekt molekylärt fingeravtryck för identifiering av prokaryota och eukaryota organismer.Genom att dra fördel av sekvensering kan dessa amplikoner riktas mot de konserverade delarna och de hypervariabla regionerna kan helt karakteriseras för mikrobiell identifiering, vilket bidrar till studier som täcker analys av mikrobiell mångfald, taxonomi, fylogeni, etc. Enkelmolekyl i realtid (SMRT) ) sekvensering av PacBio-plattformen möjliggör erhållande av mycket exakta långa avläsningar, som kan täcka amplikoner i full längd (ca 1,5 Kb).Den vidgade synen på genetiskt fält förbättrade avsevärt upplösningen i artanteckningar i bakterier eller svampar.
Plattform:PacBio uppföljare II
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
16S/18S/ITS amplikonsekvensering syftar till att avslöja fylogeni, taxonomi och artöverflöd i ett mikrobiellt samhälle genom att undersöka PCR-produkter från hushållningsgenetiska markörer som innehåller både mycket konverserade och hypervariabla delar.Införandet av dessa perfekta molekylära fingeravtryck av Woeses et al, (1977) möjliggör isoleringsfri mikrobiomprofilering.Sekvensering av 16S (bakterier), 18S (svampar) och Internt transkriberad spacer (ITS, svampar) möjliggör identifiering av både förekommande arter såväl som sällsynta och oidentifierade arter.Denna teknik har blivit ett allmänt tillämpat och viktigt verktyg för att identifiera differentiell mikrobiell sammansättning i olika miljöer, såsom mänsklig mun, tarmar, avföring, etc.
Plattform:Illumina NovaSeq6000
-
Omsekvensering av hela genomet av bakterier och svampar
Omsekvensering av hela genomet av bakterier och svampar är ett viktigt verktyg för att komplettera genomen från kända bakterier och svampar, samt för att jämföra flera genom eller för att kartlägga genom från nya organismer.Det är av stor vikt att sekvensera hela genom av bakterier och svampar för att generera korrekta referensgenom, för att göra mikrobiell identifiering och andra jämförande genomstudier.
Plattform: Illumina NovaSeq 6000
-
Svampgenom
Biomarker Technologies tillhandahåller genomundersökning, fint genom och pene-komplett genom av svamp beroende på specifika forskningsmål.Genomsekvensering, sammansättning och funktionell annotering kan uppnås genom att kombinera nästa generations sekvensering + tredje generationens sekvensering för att uppnå genomsammansättning på hög nivå.Hi-C-teknologi kan också användas för att underlätta genomsammansättning på kromosomnivå.
Plattform:PacBio uppföljare II
Nanopore PromethION P48
Illumina NovaSeq 6000
-
Bakterier komplett genom
Biomarker Technologies tillhandahåller sekvenseringstjänst för att konstruera komplett genom av bakterier med noll gap.Huvudarbetsflödet för bakteriers kompletta genomkonstruktion inkluderar tredje generationens sekvensering, montering, funktionell annotering och avancerad bioinformatisk analys som uppfyller specifika forskningsmål.En mer omfattande profilering av bakteriegenomet ger möjlighet att avslöja grundläggande mekanismer som ligger bakom deras biologiska processer, vilket också kan ge värdefull referens för genomisk forskning i högre eukaryota arter
Plattform:Nanopore PromethION P48 + Illumina NovaSeq 6000
PacBio uppföljare II
