mRNA-sekvensering (NGS) – De novo

mRNA-sekvensering möjliggör profilering av alla mRNA-transkript i celler under specifika förhållanden och är en allmänt använd teknik inom olika forskningsområden. BMKCloud De novo mRNA-seq-pipelinen är utformad för att analysera poly-A-berikade sekvenseringsbibliotek när inget referensgenom finns tillgängligt. Pipelinen börjar med kvalitetskontroll, följt avpå nytttranskriptassemblering och val av unikenuppsättning. Unigenstrukturanalysen förutsäger kodande sekvens (CDS) och enkla sekvensupprepningar (SSR). Därefter hittar differentialexpressionsanalysen differentiellt uttryckta gener (DEG) bland de testade förhållandena, följt av funktionell annotering och anrikning av DEG för att extrahera biologiska insikter.