Metagenomisk sekvensering-TGS
Ett metagenom är en samling av genetiskt material från en blandad gemenskap av organismer, såsom miljö- och mänskliga metagenom. Det innehåller genom från både odlingsbara och icke-odlingsbara mikroorganismer. Metagenomisk sekvensering möjliggör studier av dessa invecklade genomiska landskap inbäddade i ekologiska prover genom att tillhandahålla mer än taxonomisk profilering. Den erbjuder också ett funktionellt genomiskt perspektiv genom att utforska de kodade generna och deras förmodade roller i miljöprocesser. Medan traditionella hagelgevärsmetoder med Illumina-sekvensering har använts i stor utsträckning i metagenomiska studier, har tillkomsten av Nanopore- och PacBio-längdsekvensering förändrat området. Nanopore- och PacBio-tekniken förbättrar bioinformatiska analyser nedströms, särskilt metagenomsammansättning, vilket säkerställer mer kontinuerliga sammansättningar. Rapporter indikerar att Nanopore-baserad och PacBio-baserad metagenomik framgångsrikt har genererat kompletta och slutna bakteriegenom från komplexa mikrobiom (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Att integrera Nanopore-avläsningar med Illumina-avläsningar ger en strategisk metod för felkorrigering, vilket mildrar Nanopores inneboende låga noggrannhet. Denna synergistiska kombination utnyttjar styrkorna hos varje sekvenseringsplattform och erbjuder en robust lösning för att övervinna potentiella begränsningar och förbättra precisionen och tillförlitligheten hos metagenomiska analyser.
Plattform: Nanopore PromethION 48, Illumia och PacBio Revio
Servicefunktioner
● Långtidsavläsningssekvensering på Nanopore P48 (10Kb-bibliotek); PacBio Revio (8Kb-bibliotek)
● Felkorrigering: sekvensering på Illumina NovaSeq (PE150-bibliotek)
Servicefördelar
●Högkvalitativ metagenommontering:Med färre contigs som har högre kontinuitet.
●Högre noggrannhet:Artidentifiering och funktionell genprediktion.
●Förbättrad monteringUnderlättar bakteriegenomisolering och jämförande metagenomanalys.
●Omfattande bioinformatisk analys:Vår analys fokuserar inte bara på taxonomisk mångfald utan även på samhällets funktionella mångfald.
●Omfattande erfarenhetVårt team bidrar med en mängd erfarenhet till varje projekt. Med en meritlista av att framgångsrikt avsluta flera metagenomikprojekt inom olika forskningsområden och bearbeta över 200 000 prover bidrar vårt team med en mängd erfarenhet till varje projekt.
Servicespecifikationer
| Sekvenseringsplattform | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 6 GB |
| Nanopore P48 | 10 kb | 6/10 Gb |
| PacBio Revio | 8 kb | 10/20 Gb |
Exempelkrav
| Koncentration (ng/µL) | Total mängd (µg) | Volym (µL) | |
| Illumina PE150-biblioteket | ≥1 | ≥0,03 | ≥20 |
| Nanopore 10 kb-bibliotek | ≥40 | ≥2 | ≥20 |
| PacBio 8 kb-bibliotek | ≥50 | 10 µg/cell | ≥20 |
Servicearbetsflöde
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Inkluderar följande analys:
● Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata
● Metagenomsammansättning och genprediktion
● Genannotering
● Taxonomisk alfadiversitetsanalys
● Funktionell analys av samhället: Biologisk funktion, metabolisk, antibiotikaresistens
● Analys av både funktionell och taxonomisk mångfald:
Betadiversitetsanalys
Intergruppsanalys
Korrelationsanalys: mellan miljöfaktorer och OUT-sammansättning och mångfald
Icke-redundant genuppsättningsfördelning:
Genannotering: KEGG-vägen
Genannotering: eggNOG
Genannotering: KASIGA kolhydrater
Artkorrelationsnätverk:
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes metagenomiska sekvenseringstjänst med Nanopore + Illumina med denna utvalda publikation:
Jin, H. et al. (2023) 'En högkvalitativ genomsamling av den mänskliga tarmmikrobiomen hos inre mongoler', Nature Microbiology 2023 8:1, 8(1), s. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.
