Nanopore Fullängds transkriptom

Nanopore-transkriptomsekvensering är en kraftfull metod för att sekvensera fullängds-cDNA, och korrekt identifiera och kvantifiera transkriptisoformer. BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline är utformad för att analysera RNA-Seq-data genererad på Nanopore-plattformen mot ett högkvalitativt, välannoterat referensgenom, vilket ger kvalitativ och kvantitativ analys på både gen- och transkriptnivå. Efter kvalitetskontroll erhålls fullängds icke-chimära (FLNC) sekvenser och konsensussekvenser mappas till referensgenomet för att ta bort redundanta transkript. Från denna transkriptuppsättning kvantifieras uttrycket och differentiellt uttryckta gener och transkript identifieras och funktionellt annoteras. Pipelinen inkluderar även alternativ polyadenyleringsanalys (APA), alternativ splitsningsanalys, enkel sekvensupprepningsanalys (SSR), prediktion av lncRNA och motsvarande mål, prediktion av kodande sekvenser (CDS), genfamiljeanalys, transkriptionsfaktoranalys, prediktion av nya gener och funktionell annotering av transkript.