PacBio 2+3 mRNA-lösning i full längd
Drag
● Studiedesign:
Poolat prov sekvenserat med PacBio för att identifiera transkriptisoformer
Separata prover (replikat och förhållanden som ska testas) sekvenserade medNGS för att kvantifiera transkriptuttryck
● PacBio-sekvensering i CCS-läge, generering av HiFi-avläsningar
● Sekvensering av transkripten i full längd
● Analys kräver inte ett referensgenom; den kan dock användas
● Bioinformatisk analys inkluderar inte bara uttryck på gen- och isoformnivå utan även analys av lncRNA, genfusioner, polyadenylering och genstruktur
Fördelar
● Hög noggrannhetHiFi-avläsningar med en noggrannhet på >99,9 % (Q30), jämförbar med NGS
● Alternativ skarvningsanalysSekvensering av alla transkript möjliggör isoformidentifiering och karakterisering.
● Kombination av PacBio och NGS styrkorDet möjliggör kvantifiering av uttryck på isoformnivå, vilket avslöjar förändringar som kan maskeras vid analys av hela genuttrycket.
● Omfattande expertisVi har bearbetat över 2300 prover, och vårt team bidrar med en mängd erfarenhet till varje projekt.
● Support efter köpetVårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data | Kvalitetskontroll |
| PolyA-anrikat mRNA CCS-bibliotek | PacBio-uppföljaren II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A-berikad | Illumina PE150 | 6–10 GB | Q30≥85% |
Nukleotider
|
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| Illumina-biblioteket | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | För växter: RIN≥4,0; För djur: RIN ≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
| PacBio-biblioteket | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7–2,5 OD260/230=0,5–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | Växter: RIN≥7,5 Djur: RIN≥8.0 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjd |
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris:Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Inkluderar följande analys:
- Rådata
- Kvalitetskontroll
- Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
- Fusionstranskriptanalys
- Alternativ skarvningsanalys
- Benchmarking av BUSCO-analys (Universal Single-Copy Orthologs)
- Ny transkriptanalys: prediktion av kodande sekvenser (CDS) och funktionell annotering
- lncRNA-analys: förutsägelse av lncRNA och mål
- Mikrosatellitidentifiering (SSR)
- Analys av differentiellt uttryckta transkript (DET)
- Analys av differentiellt uttryckta gener (DEG)
- Funktionell annotering av DEG och DET
BUSCO-analys
Alternativ skarvningsanalys
Alternativ polyadenyleringsanalys (APA)
Differentiellt uttryckta gener (DEG) och transkript (DETs9-analys)
Protein-protein-interaktionsnätverk av DET och DEG
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes PacBio 2+3 fullängds mRNA-sekvensering genom en kuraterad samling publikationer.
Chao, Q. et al. (2019) 'Utvecklingsdynamiken hos Populus-stamtranskriptomet',Tidskrift för växtbioteknik, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamiska förändringar i askorbinsyrainnehållet under fruktutveckling och mognad hos Actinidia latifolia (en askorbatrik fruktgröda) och de associerade molekylära mekanismerna',Internationell tidskrift för molekylära vetenskaper23(10), sid. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Effektiv förutsägelse av biosyntetiska signalvägsgener involverade i bioaktiva polyfylliner i Paris polyphylla',Kommunikationsbiologi2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kombinerad PacBio Iso-Seq och Illumina RNA-Seq-analys av Tuta absoluta (Meyrick) transkriptom- och cytokrom P450-gener',Insekter, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'En undersökning av transkriptomkomplexitet med hjälp av PacBio realtidsanalys av enskilda molekyler i kombination med Illumina RNA-sekvensering för en bättre förståelse av ricinolsyrabiosyntes i Ricinus communis',BMC-genomik, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
