Pacbio Transkriptom i full längd

PacBio Full-Length Transcriptome Sequencing, Isoseq, möjliggör korrekt identifiering av transkriptisoformer, vilket belyser alternativ polyadenylering och splitsning, och leder till mer noggrann genuttrycksanalys. BMKCloud PacBio Full-Length Transcriptome-pipelinen är utformad för att analysera cDNA-bibliotek sekvenserade i Circular Consensus Sequencing (CCS)-läge och identifierar Full-Length Non-Chimeric (FLNC)-sekvenser, vilka sedan klustras till icke-redundanta transkript. En efterföljande BUSCO-analys bedömer fullständigheten av transkriptomsammansättningen. Från det sammansatta transkriptomet utförs flera analyser: alternativ splitsning, enkel sekvensupprepning (SSR), prediktion av lncRNA och motsvarande målgener, prediktion av nya gener, genfamiljeanalys, transkriptionsfaktoranalys och funktionell annotering av transkript.