Helgenomsekvensering av växter/djur
Servicefunktioner
På nytt
Denna teknik är särskilt användbar med utmanande genom såsom de med hög grad av heterozygositet, repetitiva regioner, polypoloida genom, onormalt CG-innehåll etc.
Vår helhetslösning erbjuder integrerade sekvenseringstjänster och bioinformatisk analys som levererar ett högkvalitativt de novo-sammansatt genom. En initial genomundersökning med Illumina ger uppskattningar av genomets storlek och komplexitet, och denna information används för att vägleda nästa steg med långtidssekvensering med PacBio HiFi, följt avpå nyttsammansättning av contigs. Den efterföljande användningen av HiC-sammansättning möjliggör förankring av contigs till genomet, vilket erhåller en sammansättning på kromosomnivå. Slutligen annoteras genomet genom genprediktion och genom sekvensering av uttryckta gener, med hjälp av transkriptomer med korta och långa avläsningar.
-- Integrering av flera sekvenserings- och bioinformatiska tjänster i en enda lösningTjänst lämplig för att bygga romanen
-- genom eller förbättring av befintliga referensgenom för arter av intresse.
Omsekvensering
-- Biblioteksberedning kan vara standard eller PCR-fri
-- Finns i fyra sekvenseringsplattformar: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 eller PacBio Revio.
-- Bioinformatisk analys fokuserad på variantkallning: SNP, InDel, SV och CNV
Servicefördelar
●Omfattande expertis och publikationshistorikFörpå nytttjänster har vi samlat på oss massiv erfarenhet av högkvalitativ genomsammansättning av olika arter, inklusive diploida genom och mycket komplexa genom av polyploida och allopolyploida arter. Sedan 2018 har vi bidragit till över 300 publikationer med stor genomslagskraft, och över 20 av dem är publicerade i Nature Genetics. Vid omsekvensering av genomet ackumulerade vi över 1000 arter, vilket resulterade i över 1000 publicerade fall med en kumulativ impact factor på över 5000.
●En enda lösningPåpå nyttsekvensering kombinerar vår integrerade metod flera sekvenseringstekniker och bioinformatiska analyser i ett sammanhängande arbetsflöde, vilket levererar ett högkvalitativt sammansatt genom.
●Skräddarsydd efter dina behovVårt arbetsflöde för tjänster är anpassningsbart, vilket möjliggör anpassning för genom med olika egenskaper och specifika forskningsbehov.
●Högkvalificerat bioinformatik- och laboratorieteamOavsett om det är förpå nyttOavsett om det gäller sekvensering eller omsekvensering, har vårt team en skicklig uppsättning verktyg och kunskaper för att garantera projektets framgång. Detta kan bekräftas av den serie patent och upphovsrätter till mjukvara som de har utvecklat.
● Support efter köpet:Vårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
●Omfattande bioinformatisk analysInklusive variationsanrop och funktionsannotering.
●Omfattande annotering för sekvenseringVi använder flera databaser för att funktionellt annotera generna med identifierade variationer och utföra motsvarande anrikningsanalys, vilket ger insikter i era forskningsprojekt.
Servicespecifikationer
| Varianter som ska identifieras | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderat djup |
| SNP och InDel | Illumina NovaSeq PE150 eller MGI T7 | 10 gånger |
| SV och CNV (mindre exakta) | 30 gånger | |
| SV och CNV (mer exakt) | Nanopore Prom P48 | 20 gånger |
| SNP, Indel, SV och CNV | PacBio Revio | 10 gånger |
Exempelkrav
| Vävnad eller extraherade nukleinsyror | Illumina/MGI | Nanopore | PacBio
| ||
| Djurens inälvor | 0,5–1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Djurmuskel | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Däggdjursblod | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Blod från fjäderfä/fisk | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Växt - Färska blad | 1–2 gram | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Odlade celler |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insekts mjukvävnad/Individuell | 0,5–1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Extraherat DNA
| Koncentration: ≥ 1 ng/µL Mängd: ≥ 30 ng Begränsad eller ingen nedbrytning eller kontaminering
| Koncentration Belopp
OD260/280
OD260/230
Begränsad eller ingen nedbrytning eller kontaminering
| ≥ 40 ng/µL 4 µg/flödescell/prov
1,7–2,2
≥1,5 | Koncentration Belopp
OD260/280
OD260/230
Begränsad eller ingen nedbrytning eller kontaminering | ≥ 50 ng/µL 10 µg/flödescell/prov
1,7–2,2
1,8–2,5 |
| PCR-fri biblioteksberedning: Koncentration ≥ 40 ng/µL Mängd ≥ 500 ng | |||||
Servicearbetsflöde
Provleverans
DNA-extraktion
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Dataleverans
På nyttbioinformatikpipeline
Om du vill se en översikt över våra olika rörledningar för monteringen:
Komplett bioinformatisk analys, uppdelad i fyra steg:
1. Genomstudie, baserad på k-mer-analys med NGS-avläsningar.Den kommer att ge oss information om:
- Uppskattning av genomstorlek
- Uppskattning av heterozygositet
- Uppskattning av repetitiva regioner
2. Genommontering med PacBio HiFi.Att använda långa läsningar ger oss:
- På nyttmontering
- Assembly-bedömning: inklusive BUSCO-analys för genomfullständighet och kartläggning av NGS- och PacBio HiFi-avläsningar bakåt
3. Hi-C-montering.När vi väl har sammanställt materialet kommer information om genomets 3D-struktur att fördjupa kunskapen och berika referensgenomet vi bygger.
- Hi-C-bibliotekets kvalitetskontroll för att uppskatta giltiga Hi-C-interaktioner.
- Hi-C-assemblering. Vi kommer att klustra contigs i grupper, följt av contig-ordning inom varje grupp och tilldela contig-orientering.
- Hi-C-utvärdering
4. Genomannotering:
- Icke-kodande RNA-prediktion
- Identifiering av repetitiva sekvenser (transposoner och tandemupprepningar)
- Genförutsägelse
- På nyttab initio-algoritmer
- Baserat på homologi
- Baserat på transkriptom, med långa och korta avläsningar: avläsningarna ärpå nyttsammansatt eller mappad till utkastets genom
- Annotering av förutspådda gener med flera databaser
Omsekvenseringbioinformatikpipeline
Inkluderar följande analys:
- Kvalitetskontroll av rådata
- Statistik över anpassning till referensgenomet
- Variantidentifiering: SNP, InDel, SV och CNV
- Funktionell annotering av varianter
Statistik över anpassning till referensgenom – sekvenseringsdjupsfördelning
SNP-anrop bland flera prover
InDel-identifiering – statistik över InDel-längden i CDS-regionen och den genomomfattande regionen
Variantfördelning över genomet – Circos-diagram
Funktionell annotering av gener med identifierade varianter – Genontologi
Chai, Q. et al. (2023) 'Ett glutation S-transferas GhTT19 bestämmer blombladspigmentering via reglering av antocyaninackumulering i bomull',Tidskrift för växtbioteknik21(2), sid. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Kromosomnivåvilt genom för Hevea brasiliensis ger nya verktyg för genomassisterad avel och värdefulla loci för att höja gummiavkastningen',Tidskrift för växtbioteknik, 21(5), s. 1058–1072. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) 'Genomsekvenser avslöjar globala spridningsvägar och antyder konvergenta genetiska anpassningar i sjöhästars evolution',Naturkommunikation, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) 'Storskaliga kromosomförändringar leder till förändringar i uttryck på genomnivå, miljöanpassning och artbildning hos gayal (Bos frontalis)',Molekylärbiologi och evolution40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'Genomsammansättning och genetisk dissektion av en framträdande torktålig majs-groddplasma',Naturgenetik 202355:3, 55(3), s. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'Avslöjar evolutionen av tropanalkaloidbiosyntes genom att analysera två genom i familjen Solanaceae',Naturkommunikation2023 14:1, 14(1), s. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analys av genom- och metyleringsförändringar hos kinesiska inhemska kycklingar över tid ger insikt i artbevarande',Kommunikationsbiologi, 5(1), s. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Utmanande fallstudier:
Telomer-till-telomer-sammansättning:Fu, A. et al. (2023) 'Telomer-till-telomer-genomsammansättning hos bittermelon (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) avslöjar genetiska egenskaper för fruktutveckling, sammansättning och mognad',Trädgårdsforskning10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotypmontering:Hu, W. et al. (2021) 'Alleldefinierat genom avslöjar biallelisk differentiering under kassavautveckling',Molekylär växt, 14(6), s. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Jättegenomsamling:Yuan, J. et al. (2022) 'Genomisk grund för giga-kromosomerna och giga-genomet hos trädpionen Paeonia ostii',Naturkommunikation2022 13:1, 13(1), s. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Polyploid genomsammansättning:Zhang, Q. et al. (2022) 'Genomiska insikter i den senaste kromosomreduktionen hos autopolyploida sockerrör Saccharum spontaneum',Naturgenetik 202254:6, 54(6), s. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
