-
PacBio-Full-längd 16S/18S/ITS Amplikonsekvensering
Amplicon-plattformen (16S/18S/ITS) är utvecklad med många års erfarenhet av projektanalys av mikrobiell mångfald, vilken innehåller standardiserad grundanalys och personlig analys: grundanalysen täcker det vanliga analysinnehållet i aktuell mikrobiell forskning, analysinnehållet är rikt och omfattande, och analysresultaten presenteras i form av projektrapporter. Innehållet i den personliga analysen är mångsidigt. Prover kan väljas och parametrar kan ställas in flexibelt enligt den grundläggande analysrapporten och forskningssyftet, för att uppnå personliga krav. Windows operativsystem, enkelt och snabbt.
-
PacBio-Transkriptom i full längd (icke-referens)
Med hjälp av Pacific Biosciences (PacBio) isoformsekvenseringsdata som indata kan den här appen identifiera transkriptsekvenser i full längd (utan assemblering). Genom att mappa fullängdssekvenser mot referensgenomet kan transkript optimeras med hjälp av kända gener, transkript, kodande regioner etc. I detta fall kan en mer exakt identifiering av mRNA-strukturer, såsom alternativ splicing etc., uppnås. Sammanfattad analys med NGS transkriptomsekvenseringsdata möjliggör mer omfattande annotering och mer exakt kvantifiering av uttryck på transkriptnivå, vilket i hög grad gynnar nedströms differentiell uttryck och funktionell analys.
-
Verktygslådor
BMKCloud är en ledande bioinformatisk plattform som erbjuder en komplett lösning för genomiska program, och är allmänt förtroendefull bland forskare inom olika områden, inklusive medicin, jordbruk, miljö etc. BMKCloud har åtagit sig att tillhandahålla integrerade, tillförlitliga och effektiva tjänster, inklusive bioinformatiska analysplattformar och verktyg, datorresurser, offentliga databaser, bioinformatiska onlinekurser etc. BMKCloud har olika ofta använda bioinformatiska verktyg, inklusive genannotering, evolutionär genetiska verktyg, ncRNA, datakvalitetskontroll, montering, justering, dataextraktion, mutationer, statistik, figurgenerator, sekvensanalys etc.
-
Litet RNA
Små RNA är en typ av kort icke-kodande RNA med en genomsnittlig längd på 18–30 nt, inklusive miRNA, siRNA och piRNA. Dessa små RNA har i stor utsträckning rapporterats vara involverade i olika biologiska processer såsom mRNA-nedbrytning, translationshämning, heterokromatinbildning etc. SmallRNA-sekvenseringsanalys har använts i stor utsträckning i studier av djurs/växters utveckling, sjukdomar, virus etc. Plattformen för sekvenseringsanalys av små RNA består av standardanalys och avancerad datautvinning. Baserat på RNA-sekvenseringsdata kan standardanalys uppnå miRNA-identifiering och -prediktion, miRNA-målgenprediktion, annoterings- och uttrycksanalys. Avancerad analys möjliggör anpassad miRNA-sökning och extraktion, generering av Venn-diagram, samt byggande av miRNA- och målgennätverk.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS är en plattform för analys av helgenomsekvensering, utvecklad baserat på omfattande erfarenhet inom biomarkörteknologi. Denna lättanvända plattform möjliggör snabb inlämning av ett integrerat analysarbetsflöde genom att helt enkelt ställa in några få grundläggande parametrar, vilka passar för DNA-sekvenseringsdata genererade från både Illumina-plattformen och BGI-sekvenseringsplattformen. Plattformen distribueras på en högpresterande datorserver, vilket möjliggör mycket effektiv dataanalys på mycket begränsad tid. Personlig datautvinning är tillgänglig baserat på standardanalys, inklusive muterade genfrågor, PCR-primerdesign etc.
-
mRNA (referens)
Transkriptom är länken mellan genomisk genetisk information och proteomet för biologisk funktion. Transkriptionsnivåreglering är det viktigaste och mest studerade regleringsmetoden för organismer. Transkriptomsekvensering kan sekvensera transkriptomet när som helst eller under alla förhållanden, med en upplösning som är noggrann ner till en enda nukleotid. Den kan dynamiskt återspegla nivån av gentranskription, samtidigt identifiera och kvantifiera sällsynta och normala transkript, och ge strukturell information om provspecifika transkript.
För närvarande har transkriptomsekvenseringsteknik använts i stor utsträckning inom agronomi, medicin och andra forskningsområden, inklusive reglering av djurs och växters utveckling, miljöanpassning, immuninteraktion, genlokalisering, genetisk evolution av arter och detektion av tumörer och genetiska sjukdomar.
-
Metagenomik (NGS)
Denna analysplattform är utformad för metagenomisk dataanalys baserat på många års erfarenhet. Den består av ett integrerat arbetsflöde som innehåller olika vanligt förekommande metagenomiska analyser, inklusive databehandling, studier på artnivå, studier på genfunktionsnivå, metagenombinning etc. Dessutom finns anpassade datautvinningsverktyg tillgängliga i standardanalysarbetsflödet, inklusive gen- och artfrågor, parameterinställning, personlig figurgenerering etc.
-
LncRNA
Långa icke-kodande RNA (lncRNA) är en typ av transkript med längd längre än 200 nt, som inte kan koda till proteiner. Ackumulerande bevis tyder på att de flesta lncRNA med stor sannolikhet är funktionella. Högkapacitetssekvenseringstekniker och bioinformatiska analysverktyg gör det möjligt för oss att avslöja lncRNA-sekvenser och positionsinformation mer effektivt och leder oss till att upptäcka lncRNA med avgörande reglerande funktioner. BMKCloud är stolta över att förse våra kunder med en plattform för lncRNA-sekvenseringsanalys för att uppnå snabb, tillförlitlig och flexibel lncRNA-analys.
-
GWAS
Genomomfattande associationsstudier (GWAS) syftar till att identifiera genetiska varianter (genotyp) som är associerade med specifika egenskaper (fenotyp). GWA-studier undersöker genetiska markörer som tvärs över hela genomet hos ett stort antal individer och förutsäger genotyp-fenotyp-associationer genom statistisk analys på populationsnivå. Helgenomsekvensering kan potentiellt upptäcka alla genetiska varianter. Kopplat med fenotypiska data kan GWAS bearbetas för att identifiera fenotyprelaterade SNP:er, QTL:er och kandidatgener, vilket starkt stöder modern djur-/växtavel. SLAF är en egenutvecklad förenklad genomsekvenseringsstrategi som upptäcker genomomfattande distribuerade markörer, SNP:er. Dessa SNP:er kan, som molekylärgenetiska markörer, bearbetas för associationsstudier med riktade egenskaper. Det är en kostnadseffektiv strategi för att identifiera komplexa egenskaper som är associerade med genetiska variationer.
-
Nanopore Fullängds transkriptomik
Komplexa och variabla alternativa isoformer i organismer är viktiga genetiska mekanismer för att reglera genuttryck och proteindiversitet. Noggrann identifiering av transkriptstrukturer är grunden för djupgående studier av genuttrycksregleringsmönster. Nanopore-sekvenseringsplattformen har framgångsrikt tagit transkriptomiska studier till isoformnivå. Denna analysplattform är utformad för att analysera RNA-Seq-data genererade på Nanopore-plattformen baserat på referensgenomet, vilket uppnår kvalitativa och kvantitativa analyser på både gennivå och transkriptnivå.
-
circ-RNA
Cirkulärt RNA (circRNA) är en typ av icke-kodande RNA som nyligen visat sig spela en viktig roll i regleringsnätverk involverade i utveckling, miljöresistens etc. Till skillnad från linjära RNA-molekyler, t.ex. mRNA, lncRNA, är 3'- och 5'-ändarna av circRNA sammanfogade för att bilda en cirkulär struktur, vilket skyddar dem från att smälta exonukleas och är mer stabila än de flesta linjära RNA. CircRNA har visat sig ha olika funktioner i att reglera genuttryck. CircRNA kan fungera som ceRNA, vilket binder miRNA kompetitivt, känt som miRNA-svamp. CircRNA-sekvenseringsanalysplattformen möjliggör analys av circRNA-struktur och uttryck, målprediktion och samanalys med andra typer av RNA-molekyler.
-
BSA
Plattformen för Bulked Segregant Analysis består av standardanalys i ett steg och avancerad analys med anpassad parameterinställning. BSA är en teknik som används för att snabbt identifiera fenotypassocierade genetiska markörer. Det huvudsakliga arbetsflödet för BSA inkluderar: 1. val av två grupper av individer med extremt motsatta fenotyper; 2. poolning av DNA, RNA eller SLAF-sekvenser (utvecklade av Biomarker) från alla individer för att bilda två bulkar av DNA; 3. identifiering av differentiella sekvenser mot referensgenomet eller däremellan, 4. förutsägelse av kandidatlänkade regioner med hjälp av ED- och SNP-indexalgoritm; 5. Funktionell analys och anrikning av gener i kandidatregioner etc. Mer avancerad datautvinning, inklusive screening av genetiska markörer och primerdesign, finns också tillgänglig.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Amplicon-plattformen (16S/18S/ITS) är utvecklad med många års erfarenhet av projektanalys av mikrobiell mångfald, vilken innehåller standardiserad grundanalys och personlig analys: grundanalysen täcker det vanliga analysinnehållet i aktuell mikrobiell forskning, analysinnehållet är rikt och omfattande, och analysresultaten presenteras i form av projektrapporter. Innehållet i den personliga analysen är mångsidigt. Prover kan väljas och parametrar kan ställas in flexibelt enligt den grundläggande analysrapporten och forskningssyftet, för att uppnå personliga krav. Windows operativsystem, enkelt och snabbt.
