-
Hi-C-baserad kromatininteraktion
Hi-C är en metod utformad för att fånga genomkonfiguration genom att kombinera sonderande närhetsbaserade interaktioner och högkapacitetssekvensering. Metoden är baserad på kromatintvärbindning med formaldehyd, följt av digestion och religering på ett sätt som gör att endast fragment som är kovalent länkade bildar ligeringsprodukter. Genom att sekvensera dessa ligeringsprodukter är det möjligt att studera genomets 3D-organisation. Hi-C möjliggör studier av fördelningen av de delar av genomet som är lätt packade (A-fack, eukromatin) och mer sannolikt är transkriptionellt aktiva, och de regioner som är mer tätt packade (B-fack, heterokromatin). Hi-C kan också användas för att lokalisera topologiskt associerade domäner (TAD), regioner i genomet som har veckade strukturer och sannolikt har liknande uttrycksmönster, och för att identifiera kromatinöglor, DNA-regioner som är förankrade tillsammans av proteiner och som ofta är berikade med reglerande element. BMKGenes Hi-C-sekvenseringstjänst ger forskare möjlighet att utforska de rumsliga dimensionerna av genomik, vilket öppnar nya vägar för att förstå genomreglering och dess implikationer för hälsa och sjukdom.
-
Kromatinimmunoprecipitationssekvensering (ChIP-seq)
Kromatinimmunoprecipitation (CHIP) är en teknik som utnyttjar antikroppar för att selektivt anrika DNA-bindande proteiner och deras motsvarande genomiska mål. Dess integration med NGS möjliggör genomomfattande profilering av DNA-mål associerade med histonmodifiering, transkriptionsfaktorer och andra DNA-bindande proteiner. Denna dynamiska metod möjliggör jämförelser av bindningsställen över olika celltyper, vävnader eller tillstånd. ChIP-Seqs tillämpningar sträcker sig från att studera transkriptionsreglering och utvecklingsvägar till att belysa sjukdomsmekanismer, vilket gör det till ett oumbärligt verktyg för att förstå genomiska regleringslandskap och främja terapeutiska insikter.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
Helgenombisulfitsekvensering (WGBS)
Denna teknik, baserad på bisulfitbehandling av DNA för att inducera omvandlingen av ometylerade cytosiner till uracil (C till U), samtidigt som metylerade cytosiner lämnas oförändrade, står som guldstandardmetodik för djupgående utforskning av DNA-metylering, särskilt den femte positionen i cytosin (5-mC), en central regulator av genuttryck och cellulär aktivitet.
Denna teknik erbjuder enbasupplösning, vilket gör det möjligt för forskare att heltäckande undersöka metylomet och avslöja onormala metyleringsmönster i proverna. Genom att använda WGBS kan forskare få oöverträffade insikter i genomomfattande metyleringslandskap, vilket ger en nyanserad förståelse av de epigenetiska mekanismer som ligger till grund för olika biologiska processer och sjukdomar.
-
Analys för transposas-tillgänglig kromatin med högkapacitetssekvensering (ATAC-seq)
ATAC-seq är en högkapacitetssekvenseringsteknik som används för genomomfattande kromatintillgänglighetsanalys. Dess användning ger en djupare förståelse för de komplexa mekanismerna bakom global epigenetisk kontroll över genuttryck. Metoden använder ett hyperaktivt Tn5-transposas för att samtidigt fragmentera och märka öppna kromatinregioner genom att infoga sekvenseringsadaptrar. Efterföljande PCR-amplifiering resulterar i skapandet av ett sekvenseringsbibliotek, vilket möjliggör omfattande identifiering av öppna kromatinregioner under specifika rumtidsförhållanden. ATAC-seq ger en helhetsbild av tillgängliga kromatinlandskap, till skillnad från metoder som enbart fokuserar på bindningsställen för transkriptionsfaktorer eller specifika histonmodifierade regioner. Genom att sekvensera dessa öppna kromatinregioner avslöjar ATAC-seq regioner som är mer benägna att ha aktiva regulatoriska sekvenser och potentiella bindningsställen för transkriptionsfaktorer, vilket ger värdefulla insikter i den dynamiska moduleringen av genuttryck över genomet.
-
Reducerad representationsbisulfitsekvensering (RRBS)
Reducerad representationsbisulfitsekvensering (RRBS) bygger på anrikning av CpG-ö-rika regioner genom MspI-klyvning följt av storleksselektion av 200-500/600 bps-fragment. Följaktligen sekvenseras endast regioner proximala CpG-öar, medan de med avlägsna CpG-öar exkluderas från analysen. Denna process, i kombination med bisulfitsekvensering, möjliggör högupplöst detektion av DNA-metylering, och sekvenseringsmetoden, PE150, fokuserar specifikt på ändarna av insatserna snarare än mitten, vilket ökar effektiviteten i metyleringsprofileringen.
Denna teknik har framstått som ett kostnadseffektivt och effektivt alternativ till helgenombisulfitsekvensering (WGBS) inom DNA-metyleringsforskning. Medan WGBS ger omfattande insikter genom att undersöka hela genomet med en enda basupplösning, kan dess höga kostnad vara en begränsande faktor, vilket RRBS strategiskt mildrar denna utmaning genom att selektivt analysera en representativ del av genomet. Denna metod är ett ovärderligt verktyg som möjliggör kostnadseffektiv DNA-metyleringsforskning och fördjupar kunskapen om epigenetiska mekanismer.
