-
Metagenomisk sekvensering -NGS
Ett metagenom är en samling av det totala genetiska materialet från en blandad gemenskap av organismer, såsom miljö- och mänskliga metagenom. Det innehåller genom från både odlingsbara och icke-odlingsbara mikroorganismer. Hagelgevärsmetagenomsekvensering med NGS möjliggör studier av dessa invecklade genomiska landskap inbäddade i miljöprover genom att ge mer än taxonomisk profilering, utan också ge detaljerade insikter i artsdiversitet, förekomstdynamik och komplexa populationsstrukturer. Utöver taxonomiska studier erbjuder hagelgevärsmetagenomik också ett funktionellt genomiskt perspektiv, vilket möjliggör utforskning av kodade gener och deras förmodade roller i ekologiska processer. Slutligen bidrar etableringen av korrelationsnätverk mellan genetiska element och miljöfaktorer till en helhetsförståelse av det invecklade samspelet mellan mikrobiella samhällen och deras ekologiska bakgrund. Sammanfattningsvis står metagenomsekvensering som ett centralt instrument för att reda ut de genomiska invecklade detaljerna hos olika mikrobiella samhällen och belysa de mångfacetterade relationerna mellan genetik och ekologi inom dessa komplexa ekosystem.
Plattformar: Illumina NovaSeq och DNBSEQ-T7
-
Metagenomisk sekvensering-TGS
Ett metagenom är en samling av genetiskt material från en blandad gemenskap av organismer, såsom miljö- och mänskliga metagenom. Det innehåller genom från både odlingsbara och icke-odlingsbara mikroorganismer. Metagenomisk sekvensering möjliggör studier av dessa invecklade genomiska landskap inbäddade i ekologiska prover genom att tillhandahålla mer än taxonomisk profilering. Den erbjuder också ett funktionellt genomiskt perspektiv genom att utforska de kodade generna och deras förmodade roller i miljöprocesser. Medan traditionella hagelgevärsmetoder med Illumina-sekvensering har använts i stor utsträckning i metagenomiska studier, har tillkomsten av Nanopore- och PacBio-längdsekvensering förändrat området. Nanopore- och PacBio-tekniken förbättrar bioinformatiska analyser nedströms, särskilt metagenomsammansättning, vilket säkerställer mer kontinuerliga sammansättningar. Rapporter indikerar att Nanopore-baserad och PacBio-baserad metagenomik framgångsrikt har genererat kompletta och slutna bakteriegenom från komplexa mikrobiom (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Att integrera Nanopore-avläsningar med Illumina-avläsningar ger en strategisk metod för felkorrigering, vilket mildrar Nanopores inneboende låga noggrannhet. Denna synergistiska kombination utnyttjar styrkorna hos varje sekvenseringsplattform och erbjuder en robust lösning för att övervinna potentiella begränsningar och förbättra precisionen och tillförlitligheten hos metagenomiska analyser.
Plattform: Nanopore PromethION 48, Illumia och PacBio Revio
-
16S/18S/ITS Amplikonsekvensering-PacBio
16S- och 18S-rRNA-generna, tillsammans med ITS-regionen (Internal Transcribed Spacer), fungerar som centrala molekylära fingeravtrycksmarkörer på grund av deras kombination av starkt konserverade och hypervariabla regioner, vilket gör dem till ovärderliga verktyg för att karakterisera prokaryota och eukaryota organismer. Amplifiering och sekvensering av dessa regioner erbjuder en isoleringsfri metod för att undersöka den mikrobiella sammansättningen och mångfalden i olika ekosystem. Medan Illumina-sekvensering vanligtvis riktar in sig på korta hypervariabla regioner som V3-V4 av 16S och ITS1, har det visats att överlägsen taxonomisk annotering kan uppnås genom att sekvensera hela längden av 16S, 18S och ITS. Denna omfattande metod resulterar i högre andelar av noggrant klassificerade sekvenser, vilket uppnår en upplösningsnivå som sträcker sig till artidentifiering. PacBios Single-Molecule Real-Time (SMRT) sekvenseringsplattform utmärker sig genom att tillhandahålla mycket noggranna långa avläsningar (HiFi) som täcker amplikonerna i full längd, vilket konkurrerar med precisionen hos Illumina-sekvensering. Denna förmåga gör det möjligt för forskare att uppnå en oöverträffad fördel – en panoramavy över det genetiska landskapet. Den utökade täckningen ökar avsevärt upplösningen vid artannotering, särskilt inom bakterie- eller svampsamhällen, vilket möjliggör en djupare förståelse av mikrobiella populationers komplexitet.
-
16S/18S/ITS Amplikonsekvensering-NGS
Amplikonsekvensering med Illumina-teknik, specifikt inriktad på de genetiska markörerna 16S, 18S och ITS, är en kraftfull metod för att reda ut fylogeni, taxonomi och artförekomst inom mikrobiella samhällen. Denna metod involverar sekvensering av de hypervariabla regionerna hos genetiska markörer för hushållning. Ursprungligen introducerades det som ett molekylärt fingeravtryck avWoeses m.fl.År 1977 revolutionerade denna teknik profilering av mikrobiom genom att möjliggöra isoleringsfria analyser. Genom sekvensering av 16S (bakterier), 18S (svampar) och interna transkriberade spacers (ITS, svampar) kan forskare identifiera inte bara förekommande arter utan även sällsynta och oidentifierade. Amplikonsekvensering, som i stor utsträckning används som ett centralt verktyg, har blivit avgörande för att urskilja olika mikrobiella sammansättningar i olika miljöer, inklusive den mänskliga munnen, tarmarna, avföringen och mer därtill.
-
Omsekvensering av bakteriell och svampgenom
Projekt för omsekvensering av hela genom hos bakterier och svampar är avgörande för att främja mikrobiell genomik genom att möjliggöra komplettering och jämförelse av mikrobiella genom. Detta underlättar fermenteringsteknik, optimering av industriella processer och utforskning av sekundära metabolismvägar. Dessutom är omsekvensering av svampar och bakterier avgörande för att förstå miljöanpassning, optimera stammar och avslöja genetisk evolutionsdynamik, med breda implikationer inom medicin, jordbruk och miljövetenskap.
-
Prokaryot RNA-sekvensering
RNA-sekvensering möjliggör omfattande profilering av alla RNA-transkript i celler under specifika förhållanden. Denna banbrytande teknik fungerar som ett kraftfullt verktyg som avslöjar invecklade genuttrycksprofiler, genstrukturer och molekylära mekanismer associerade med olika biologiska processer. RNA-sekvensering, som används i stor utsträckning inom grundforskning, klinisk diagnostik och läkemedelsutveckling, ger insikter i komplexiteten hos celldynamik och genetisk reglering. Vår prokaryota RNA-provbearbetning är skräddarsydd för prokaryota transkriptomer, vilket involverar rRNA-utarmning och riktad biblioteksberedning.
-
Metatranskriptomsekvensering
Genom att utnyttja Illumina-sekvenseringstekniken avslöjar BMKGENES metatranskriptomsekvenseringstjänst det dynamiska genuttrycket hos en mängd olika mikrober, allt från eukaryoter till prokaryoter och virus, i naturliga miljöer som jord, vatten, hav, avföring och tarm. Vår omfattande tjänst ger forskare möjlighet att fördjupa sig i komplexa mikrobiella samhällens kompletta genuttrycksprofiler. Utöver taxonomisk analys underlättar vår metatranskriptomsekvenseringstjänst utforskning av funktionell anrikning och belyser differentiellt uttryckta gener och deras roller. Avslöja en mängd biologiska insikter när du navigerar i de komplexa landskapen av genuttryck, taxonomisk mångfald och funktionell dynamik inom dessa olika miljönischer.
-
De novo Fungal Genome Assembly
BMKGENE erbjuder mångsidiga lösningar för svampgenom, som tillgodoser olika forskningsbehov och önskad genomfullständighet. Genom att enbart använda kortläsning av Illumina-sekvensering kan ett utkast till genom genereras. Kortläsningar och långläsning av sekvensering med Nanopore eller Pacbio kombineras för ett mer förfinat svampgenom med längre kontiger.
-
De novo bakteriegenomsamling
Vi erbjuder en komplett tjänst för sammansättning av bakteriegenom, vilket garanterar 0 gap. Detta är möjligt genom att integrera långtidssekvenseringstekniker, såsom Nanopore och PacBio för sammansättning, och korttidssekvensering med Illumina för sammansättningsvalidering och felkorrigering av ONT-avläsningar. Vår tjänst tillhandahåller ett komplett bioinformatiskt arbetsflöde från sammansättning, funktionell annotering och avancerad bioinformatisk analys, vilket uppfyller specifika forskningsmål. Denna tjänst möjliggör utveckling av exakta referensgenom för olika genetiska och genomiska studier. Dessutom utgör den grunden för tillämpningar som stamoptimering, genteknik och utveckling av mikrobiell teknik, vilket säkerställer tillförlitliga och gapfria genomiska data som är avgörande för att främja vetenskapliga insikter och bioteknisk innovation.
