-
Enkelkärniga RNA-sekvensering
Framstegen inom encellsfångande och individuell bibliotekskonstruktionsteknik i kombination med högkapacitetssekvensering möjliggör genuttrycksstudier på cell-för-cell-basis.Det möjliggör en djupare och komplett systemanalys av komplexa cellpopulationer, där den i stort sett undviker att maskera deras heterogenitet genom att ta medelvärdet av alla celler.
Vissa celler är dock inte lämpliga att göra om till encellssuspension, så andra provberedningsmetoder – kärnextraktion från vävnader behövs, det vill säga kärnan extraheras direkt från vävnader eller cell och prepareras till enkärnssuspension för enkel- cellsekvensering.
BMK tillhandahåller 10× Genomics ChromiumTM-baserad encellig RNA-sekvenseringstjänst.Denna tjänst har använts i stor utsträckning i studier av sjukdomsrelaterade studier, såsom immuncellsdifferentiering, tumörheterogenitet, vävnadsutveckling, etc.
Spatiellt transkriptomchip: 10× Genomics
Plattform: Illumina NovaSeq Plattform
-
Sekvensering av hela genomet av växter/djur
Återsekvensering av hela genomet, även känd som WGS, möjliggör avslöjande av både vanliga och sällsynta mutationer i hela genomet, inklusive Single Nucleotide Polymorphism (SNP), InDel-deletion (InDel), Strukturvariation (SV) och Copy Number Variation (CNV) ).SV:er utgör en större del av variationsbasen än SNP:er och har en större inverkan på genomet, vilket har en betydande effekt på levande organismer.Långläst återsekvensering möjliggör mer exakt identifiering av stora fragment och komplicerade variationer eftersom långa avläsningar gör det mycket lättare att kromosomala korsningar över komplicerade regioner som tandemupprepningar, GC/AT-rika regioner och hypervariabla regioner.
Plattform: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics står i spetsen för vetenskaplig innovation, vilket ger forskare möjlighet att fördjupa sig i komplicerade genuttrycksmönster i vävnader samtidigt som deras rumsliga kontext bevaras.Bland olika plattformar har BMKGene utvecklat BMKManu S1000 Spatial Transcriptome Chip, med ettförbättrad upplösningpå 5 µM, når det subcellulära området och möjliggörinställningar för flernivåupplösning.S1000-chippet, med cirka 2 miljoner fläckar, använder mikrobrunnar skiktade med pärlor laddade med rumsligt streckkodade infångningssonder.Ett cDNA-bibliotek, berikat med rumsliga streckkoder, förbereds från S1000-chippet och sekvenseras därefter på Illumina NovaSeq-plattformen.Kombinationen av rumsligt streckkodade prover och UMI:er säkerställer noggrannheten och specificiteten hos de genererade data.BMKManu S1000-chipets unika egenskap ligger i dess mångsidighet, som erbjuder upplösningsinställningar på flera nivåer som kan finjusteras till olika vävnader och detaljnivåer.Denna anpassningsförmåga positionerar chippet som ett enastående val för olika rumsliga transkriptomiska studier, vilket säkerställer exakt rumslig klustring med minimalt brus.
Med hjälp av BMKManu S1000-chippet och andra spatial transcriptomics-teknologier kan forskare få en bättre förståelse för den rumsliga organisationen av celler och de komplexa molekylära interaktioner som sker inom vävnader, vilket ger ovärderliga insikter i de mekanismer som ligger bakom biologiska processer inom ett brett spektrum av områden, inklusive onkologi, neurovetenskap, utvecklingsbiologi, immunologi och botaniska studier.
Plattform: BMKManu S1000-chip och Illumina NovaSeq
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Spatial transcriptomics är en banbrytande teknologi som gör det möjligt för forskare att undersöka genuttrycksmönster i vävnader samtidigt som de bevarar deras rumsliga kontext.En kraftfull plattform inom denna domän är 10x Genomics Visium i kombination med Illumina-sekvensering.Principen för 10X Visium ligger på ett specialiserat chip med ett avsett infångningsområde där vävnadssnitt placeras.Detta fångstområde innehåller streckkodade fläckar, som var och en motsvarar en unik rumslig plats i vävnaden.De fångade RNA-molekylerna från vävnaden märks sedan med unika molekylära identifierare (UMI) under den omvända transkriptionsprocessen.Dessa streckkodade fläckar och UMI: er möjliggör exakt rumslig kartläggning och kvantifiering av genuttryck vid en encellsupplösning.Kombinationen av rumsligt streckkodade prover och UMI:er säkerställer noggrannheten och specificiteten hos de genererade data.Genom att använda denna Spatial Transcriptomics-teknologi kan forskare få en djupare förståelse för den rumsliga organisationen av celler och de komplexa molekylära interaktionerna som förekommer inom vävnader, vilket ger ovärderliga insikter i de mekanismer som ligger bakom biologiska processer inom flera områden, inklusive onkologi, neurovetenskap, utvecklingsbiologi, immunologi och botaniska studier.
Plattform: 10X Genomics Visium och Illumina NovaSeq
-
Fullängds mRNA-sekvensering-Nanopore
Medan NGS-baserad mRNA-sekvensering fungerar som ett mångsidigt verktyg för kvantifiering av genuttryck, begränsar dess beroende av korta läsningar dess effektivitet i komplexa transkriptomiska analyser.Nanopore-sekvensering, å andra sidan, använder långläst teknologi, vilket möjliggör sekvensering av fullängds mRNA-transkript.Detta tillvägagångssätt underlättar en omfattande utforskning av alternativ splitsning, genfusioner, polyadenylering och kvantifiering av mRNA-isoformer.
Nanopore-sekvensering förlitar sig på nanopore enmolekylära elektriska signaler i realtid.Styrt av motorproteiner binder dubbelsträngat DNA till nanoporeproteiner inbäddade i en biofilm och lindas upp när det passerar genom nanoporekanalen under en spänningsskillnad.De distinkta elektriska signalerna som genereras av olika baser på DNA-strängen detekteras och klassificeras i realtid, vilket underlättar exakt och kontinuerlig nukleotidsekvensering.Detta innovativa tillvägagångssätt övervinner begränsningar av kortläsning och ger en dynamisk plattform för intrikat genomisk analys, inklusive komplexa transkriptomiska studier.
Plattform: Nanopore Promethion P48
-
Fullängds mRNA-sekvensering -PacBio
Medan NGS-baserad mRNA-sekvensering är ett mångsidigt verktyg för att kvantifiera genuttryck, begränsar dess beroende av korta läsningar dess användning i komplexa transkriptomiska analyser.PacBio-sekvensering (Iso-Seq), å andra sidan, använder långläst teknologi, vilket möjliggör sekvensering av fullängds mRNA-transkript.Detta tillvägagångssätt underlättar en omfattande utforskning av alternativ splitsning, genfusioner och polyadenylering även om det inte är det primära valet för kvantifiering av genuttryck, på grund av den höga mängden data som krävs.
PacBio-sekvenseringsteknologin bygger på sekvensering av en molekyl i realtid (SMRT), vilket ger en tydlig fördel när det gäller att fånga fullängds mRNA-transkript.Detta innovativa tillvägagångssätt involverar användningen av nolllägesvågledare (ZMW), mikrotillverkade brunnar som möjliggör realtidsobservation av DNA-polymerasaktivitet under sekvensering.Inom dessa ZMW syntetiserar PacBios DNA-polymeras en komplementär DNA-sträng, vilket genererar långa läsningar som spänner över hela mRNA-transkripten.PacBio-drift i läget Circular Consensus Sequencing (CCS) förbättrar noggrannheten genom att upprepade gånger sekvensera samma molekyl.De genererade HiFi-läsningarna har en noggrannhet som är jämförbar med NGS, vilket ytterligare bidrar till en omfattande och tillförlitlig analys av komplexa transkriptomiska funktioner.Plattform: PacBio Sequel II
-
Eukaryot mRNA Sequencing-Illumina
mRNA-sekvensering möjliggör en omfattande profilering av alla mRNA-transkript i celler under specifika förhållanden.Denna banbrytande teknologi fungerar som ett kraftfullt verktyg som avslöjar invecklade genuttrycksprofiler, genstrukturer och molekylära mekanismer förknippade med olika biologiska processer.MRNA-sekvensering, som är allmänt antagen inom grundforskning, klinisk diagnostik och läkemedelsutveckling, ger insikter om invecklad celldynamik och genetisk reglering.
Plattform: Illumina NovaSeq X
-
Icke-referensbaserad mRNA Sequencing-Illumina
mRNA-sekvensering möjliggör en omfattande profilering av alla mRNA-transkript i celler under specifika förhållanden.Denna banbrytande teknologi fungerar som ett kraftfullt verktyg som avslöjar invecklade genuttrycksprofiler, genstrukturer och molekylära mekanismer förknippade med olika biologiska processer.MRNA-sekvensering, som är allmänt antagen inom grundforskning, klinisk diagnostik och läkemedelsutveckling, ger insikter om invecklad celldynamik och genetisk reglering.
Plattform: Illumina NovaSeq X
-
Lång icke-kodande sekvensering-Illumina
Långa icke-kodande RNA (lncRNA) är RNA längre än 200 nukleotider som har minimal kodningspotential och är centrala element inom icke-kodande RNA.Finns i kärnan och cytoplasman, dessa RNA spelar avgörande roller i epigenetisk, transkriptionell och post-transkriptionell reglering, vilket understryker deras betydelse för att forma cellulära och molekylära processer.LncRNA-sekvensering är ett kraftfullt verktyg för celldifferentiering, ontogenes och mänskliga sjukdomar.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
Liten RNA-sekvensering-Illumina
Små RNA (sRNA) molekyler, vanligtvis under 200 nukleotider långa, inkluderar mikroRNA (miRNA), små interfererande RNA (siRNA) och piwi-interagerande RNA (piRNA).Bland dessa är miRNA, runt 20-24 nukleotider långa, särskilt anmärkningsvärda för sina centrala regulatoriska roller i olika cellulära processer.Med vävnadsspecifika och stegspecifika uttrycksmönster uppvisar miRNA hög bevarande över olika arter.
Plattform: Illumina NovaSeq
-
circRNA-sekvensering-Illumina
Cirkulär RNA-sekvensering (circRNA-seq) är att profilera och analysera cirkulära RNA, en klass av RNA-molekyler som bildar slutna slingor på grund av icke-kanoniska splitsningshändelser, vilket ger dessa RNA ökad stabilitet.Medan vissa circRNAs har visat sig fungera som mikroRNA-svampar, binda mikroRNA och förhindra dem från att reglera sina mål-mRNA, kan andra circRNA interagera med proteiner, modulera genuttryck eller ha roller i cellulära processer.circRNA-expressionsanalys ger insikter i de reglerande rollerna för dessa molekyler och deras betydelse i olika cellulära processer, utvecklingsstadier och sjukdomstillstånd, vilket bidrar till en djupare förståelse av komplexiteten i RNA-reglering i samband med genuttryck.
-
Hela transkriptomsekvensering – Illumina
Hela transkriptomsekvensering erbjuder ett heltäckande tillvägagångssätt för att profilera olika RNA-molekyler, som omfattar både kodande (mRNA) och icke-kodande RNA (lncRNA, circRNA och miRNA).Denna teknik fångar hela transkriptomet av specifika celler vid ett givet ögonblick, vilket möjliggör en holistisk förståelse av cellulära processer.Även känd som "total RNA-sekvensering", syftar den till att avslöja intrikata regulatoriska nätverk på transkriptomnivå, vilket möjliggör djupgående analys såsom konkurrerande endogent RNA (ceRNA) och gemensam RNA-analys.Detta markerar det första steget mot funktionell karakterisering, särskilt för att reda ut de regulatoriska nätverken som involverar circRNA-miRNA-mRNA-baserade ceRNA-interaktioner.
