Prokaryot RNA-sekvensering
Drag
● RNA-provbearbetning innefattade rRNA-utarmning följt av riktad RNA-biblioteksberedning.
● Bioinformatisk analys baserad på anpassning till ett referensgenom
● Analysen inkluderar genuttryck och DEG men även transkriptstruktur och sRNA-analys
Servicefördelar
●Rigorös kvalitetskontrollVi implementerar centrala kontrollpunkter i alla steg, från prov- och biblioteksberedning till sekvensering och bioinformatik. Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av resultat av genomgående hög kvalitet.
●Strandspecifika sekvenseringsdata: på grund av att RNA-bibliotekets beredning är riktad, vilket möjliggör identifiering av antisense-transkript.
●Komplett analys skräddarsydd för prokaryota transkriptomerDen bioinformatiska pipelinen inkluderar inte bara analys av genuttryck utan även analys av transkriptstrukturen, inklusive identifiering av operoner, UTR och promotorer. Den inkluderar även analys av sRNA, nämligen annotering och prediktion av sekundärstruktur och mål.
●Support efter försäljningVårt engagemang sträcker sig bortom projektets slutförande med en 3-månaders eftermarknadsservice. Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att besvara eventuella frågor relaterade till resultaten.
Provkrav och leverans
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Rekommenderade data | Kvalitetskontroll |
| rRNA-utarmat riktningsbibliotek | Illumina PE150 | 1–2 Gb | Q30≥85% |
Exempelkrav:
| Konc. (ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1,8–2,0 OD260/230=1,0–2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontaminering påvisad på gelen. | RIN≥6,5 |
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (Folie rekommenderas inte)
Exempelmärkning: Grupp+replikera t.ex. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Transport:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och begravas i torris.
2. RNAstable-rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och transporteras i rumstemperatur.
Servicearbetsflöde
Provleverans
Biblioteksbyggnation
Sekvensering
Dataanalys
Eftermarknadstjänster
Arbetsflöde för bioinformatisk analys
Inkluderar följande analys:
● Kvalitetskontroll av rådata
● Anpassning till referensgenomet
● Kvalitetsbedömning av bibliotek: RNA-fragmenteringsslumpmässighet, insertstorlek och sekvenseringsmättnad
● Funktionell annotering av förutspådda kodande gener
● Uttrycksanalys: korrelation och principalkomponentanalys (PCA)
● Differentiell genuttryckning (DEG)
● Funktionell annotering och anrikning av DEG:er
● sRNA-analys: prediktion, annotering, mål- och sekundärstrukturprediktion
● Analys av transkriptstruktur: operoner, start- och slutpositioner, otranslaterad region (UTS), promotor och SNP/InDel-analys
Sekvensmättnad
Funktionell annotering av kodande gener
Korrelation mellan prover
Analys av differentiellt uttryckta gener (DEG)
Funktionell anrikningsanalys
sRNA-annotering
Utforska de framsteg som möjliggjorts av BMKGenes Nanopore mRNA-sekvenseringstjänster i full längd i denna utvalda publikation.
Guan, CP et al. (2018) 'Globala transkriptomförändringar hos biofilmbildande Staphylococcus epidermidis som svar på totala alkaloider hos Sophorea alopecuroides',Polsk tidskrift för mikrobiologi67(2), sid. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
