Prokaryotisk RNA-sekvensering

Prokaryotisk RNA-sekvensering använder nästa generations sekvensering (NGS) för att avslöja närvaron och kvantiteten av RNA vid ett givet ögonblick, genom att analysera det föränderliga cellulära transkriptomet.Vårt företags prokaryota RNA-sekvensering, syftar specifikt till prokaryoter med referensgenom, vilket ger dig transkriptomprofilering, genstrukturanalys, etc. Den har använts i stor utsträckning för grundläggande vetenskaplig forskning, läkemedelsforskning och utveckling, med mera.

Plattform: Illumina NovaSeq Plattform

Kontakta oss

Servicedetaljer

Servicespecifikationer

Plattform: Illumina NovaSeq-plattform, PE150

Bibliotekstyp: 350bp insert cDNA-bibliotek (beror på toppfördelning)

Sekvenseringsstrategi: Paired-End 150 bp

Rekommenderad datamängd: 2 Gb rådata/prov

Bioinformatik

(1) Kvalitetskontroll av sekvenseringsdata: nukleotidfördelning, baskvalitetsfördelning, bedömning av rRNA-förhållandet;

(2) Analys av sekvensinriktning: Statistik över anpassningsresultat, Mättnad av sekvensering, Täckning av sekvensering;

(3) Referensgenomnotering (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Expressionsanalys: Expressionsfördelning (Med två eller flera prover), Analys av uttryck mellan prover (Vennanalys, Korrelationsanalys, PCA-analys);

(5) Differentiell expressionsanalys (med två eller flera prover);

(6) Genuppsättningsanalys: Vennanalys, Klusteranalys, Funktionsannoteringsanalys (COG, GO, KEGG), Funktionsanrikningsanalys (GO, KEGG), Funktionsanrikningsackordgraf, Ipath-analys;

(7) sRNA-analys: sRNA-förutsägelse, sRNA-annotering (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), förutsägelse av sekundär sRNA-struktur, förutsägelse av sRNA-målgen;

(8) Transkriptionsstrukturanalys: operonanalys, förutsägelse av transkriptionsstart- och slutplatser, UTR-anteckning och analys, promotorsekvensprediktion, SNP/InDel-analys (SNP/InDel-anteckning, SNP/InDel-regional distribution, SNP-statistik).