Enkelkärniga RNA-sekvensering

Enkelkärnans RNA-sekvensering Utvald bild

Framstegen inom encellsfångande och individuell bibliotekskonstruktionsteknik i kombination med högkapacitetssekvensering möjliggör genuttrycksstudier på cell-för-cell-basis.Det möjliggör en djupare och komplett systemanalys av komplexa cellpopulationer, där den i stort sett undviker att maskera deras heterogenitet genom att ta medelvärdet av alla celler.

Vissa celler är dock inte lämpliga att göra om till encellssuspension, så andra provberedningsmetoder – kärnextraktion från vävnader behövs, det vill säga kärnan extraheras direkt från vävnader eller cell och prepareras till enkärnssuspension för enkel- cellsekvensering.

BMK tillhandahåller 10× Genomics ChromiumTM-baserad encellig RNA-sekvenseringstjänst.Denna tjänst har använts i stor utsträckning i studier av sjukdomsrelaterade studier, såsom immuncellsdifferentiering, tumörheterogenitet, vävnadsutveckling, etc.

Rumsligt transkriptomchip: 10× Genomics

Plattform: Illumina NovaSeq Plattform

Kontakta oss

Servicedetaljer

Bioinformatik

Demoresultat

Teknisk princip

Isoleringen av kärnor uppnås genom 10× Genomics ChromiumTM, som består av åtta-kanals mikrofluidiksystem med dubbla korsningar.I detta system är en gelkula med streckkoder och primer, enzymer och en enda kärna inkapslade i nanoliterstor oljedroppe, vilket genererar Gel Bead-in-Emulsion (GEM).När GEM väl har bildats utförs celllys och frisättning av streckkoder i varje GEM.mRNA transkriberas omvänt till cDNA-molekyler med 10× streckkoder och UMI, som vidare är föremål för standard sekvenseringsbibliotekskonstruktion.

Vävnaden är inte lämplig för beredning av en cellsuspension

Cell/vävnad	Anledning
Ofärsk frusen vävnad	Det går inte att få nya eller länge sparade organisationer
Muskelceller, Megakaryocyter, Fett...	Celldiametern är för stor för att komma in i instrumentet
Lever…	För ömtålig för att gå sönder, oförmögen att urskilja enstaka celler
Neuroncell, hjärna...	Mer känslig, lätt att stressa, kommer att förändra sekvenseringsresultaten
Bukspottkörteln, sköldkörteln...	Rik på endogena enzymer som påverkar produktionen av encellssuspension

Enkelkärna vs enkelcell

Enkelkärna	Enstaka cell
Obegränsad celldiameter	Celldiameter: 10-40 μm
Materialet kan vara frusen vävnad	Materialet måste vara färsk vävnad
Låg stress av frusna celler	Enzymbehandling kan orsaka cellstressreaktion
Inga röda blodkroppar behöver tas bort	Röda blodkroppar måste tas bort
Nukleär uttrycker bioinformation	Hela cellen uttrycker bioinformation